genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  296  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90696961--90697007	15	3.5	15	72	21	50	63	0	2	34	1.06
90696957--90697008	18	3.1	17	73	18	54	61	0	1	36	1.07
90697683--90697728	23	2.0	24	87	12	69	8	8	13	69	1.36
90699969--90700000	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
90700472--90700580	54	2.0	54	98	0	209	19	19	18	43	1.89
90708988--90709062	22	3.3	23	70	17	57	50	1	1	46	1.18
90709204--90709249	21	2.2	21	92	0	74	30	39	8	21	1.84
90709788--90709858	27	2.6	27	90	0	88	25	7	25	42	1.80
90710455--90710520	28	2.4	27	85	12	89	19	3	28	48	1.64
90710520--90710585	21	3.2	20	72	12	62	25	0	22	51	1.48
90710506--90710615	42	2.7	40	81	7	123	24	0	20	53	1.51
90710619--90710661	22	2.0	21	82	13	52	25	0	23	51	1.49
90712013--90712043	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
90712885--90712918	7	4.9	7	92	0	59	29	0	26	44	1.55
90713135--90713203	29	2.4	29	81	15	81	28	1	20	49	1.58
90713371--90713464	20	4.6	21	74	12	70	17	1	28	53	1.51
90713363--90713469	27	4.0	25	74	13	88	17	0	28	53	1.50
90713371--90713464	7	13.7	7	74	12	61	17	1	28	53	1.51
90713692--90713871	7	26.6	7	70	14	67	20	0	23	56	1.42
90713692--90713821	13	9.8	13	67	18	65	20	0	21	57	1.41
90713784--90713930	20	7.2	20	66	15	61	22	0	20	56	1.47
90715373--90715542	80	2.1	80	84	4	227	24	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90715373--90715580	40	5.2	40	80	5	197	25	25	23	25	2.00
90722605--90722812	40	5.2	39	81	3	184	25	25	23	26	2.00
90722605--90722811	80	2.6	80	79	5	222	25	25	23	26	2.00
90723862--90723933	20	3.5	20	77	7	83	20	1	29	48	1.58
90723875--90723934	14	4.4	14	79	6	70	20	1	31	46	1.60
90723893--90723952	27	2.2	27	80	11	70	18	0	28	53	1.45
90723993--90724063	20	3.6	20	75	17	60	22	0	22	54	1.44
90724052--90724098	7	6.9	7	82	2	60	14	0	29	55	1.40
90724166--90724200	13	2.7	13	90	0	61	22	2	28	45	1.67
90723993--90724227	13	17.3	13	65	19	54	21	0	24	53	1.51
90724460--90724670	7	30.9	7	74	13	113	24	0	24	50	1.56
90724417--90724520	41	2.6	41	81	6	115	28	1	23	46	1.63
90724529--90724608	34	2.4	34	86	0	106	22	0	26	51	1.48
90724332--90724678	20	17.3	20	67	19	129	27	1	22	49	1.58
90724489--90724677	27	6.9	27	73	13	127	24	1	23	50	1.55
90724604--90724707	27	3.8	26	79	3	91	21	1	25	51	1.57
90725324--90725405	11	7.4	11	76	12	51	1	21	3	73	1.06
90725322--90725405	17	5.1	17	81	4	73	1	21	3	73	1.05
90725357--90725386	11	2.7	11	100	0	60	0	10	6	83	0.81
90728311--90728356	15	3.0	15	83	3	56	26	8	17	47	1.76
90739995--90740113	64	1.9	63	94	1	211	36	25	16	21	1.94
90746929--90746979	22	2.4	22	83	9	61	41	29	9	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90748333--90748370	16	2.3	18	86	13	55	73	0	15	10	1.09
90759906--90760231	88	3.6	88	89	2	465	29	16	20	33	1.95
90760162--90760387	79	2.9	77	86	2	344	29	15	21	33	1.94
90760165--90760405	77	3.1	77	85	2	338	30	15	20	33	1.94
90761197--90761223	14	1.9	14	100	0	54	7	51	7	33	1.58
90762355--90762394	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
90762576--90762624	22	2.4	20	86	10	64	32	4	4	59	1.35
90762647--90762684	17	2.2	18	85	4	51	28	2	2	65	1.19
90762665--90762737	21	3.2	21	71	21	58	30	4	4	61	1.33
90762665--90762745	22	3.6	21	71	21	58	30	4	3	60	1.35
90762731--90762769	19	2.1	19	90	0	60	28	15	5	51	1.64
90762911--90762958	23	2.1	23	84	7	62	35	8	4	52	1.51
90763252--90763283	15	2.1	15	100	0	64	40	0	6	53	1.26
90764816--90764881	3	21.3	3	93	6	114	66	0	0	33	0.92
90765487--90765516	16	1.9	15	93	6	51	16	0	0	83	0.65
90765877--90765947	22	3.2	23	90	4	101	8	5	53	32	1.54
90766049--90766140	33	2.6	34	81	11	98	8	4	44	42	1.55
90766074--90766116	16	2.5	17	78	21	54	9	2	44	44	1.49
90769670--90769756	45	1.9	45	85	0	120	43	12	19	24	1.85
90774170--90774224	26	2.1	26	100	0	110	38	25	7	29	1.83
90784182--90784256	24	3.1	24	92	0	114	24	29	16	30	1.96
90784176--90784246	6	11.8	6	88	5	108	21	30	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90786824--90787177	185	1.9	183	92	2	593	44	19	13	21	1.86
90788288--90788316	14	2.0	15	93	6	51	55	10	20	13	1.68
90793137--90793203	9	7.4	9	86	0	53	43	19	10	26	1.83
90793129--90793203	18	4.2	18	70	13	55	45	18	9	26	1.80
90793129--90793203	27	2.8	27	70	8	71	45	18	9	26	1.80
90793216--90793256	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
90795548--90795606	26	2.3	26	87	0	82	23	40	11	23	1.88
90796338--90796403	29	2.3	27	77	10	69	63	1	7	27	1.30
90803395--90803436	22	1.9	22	85	9	59	38	33	11	16	1.86
90804671--90804709	21	1.9	21	84	5	53	41	5	2	51	1.38
90813219--90813268	20	2.5	19	87	6	73	36	16	10	38	1.82
90819094--90819136	22	2.0	22	86	9	61	37	0	9	53	1.33
90819323--90819347	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
90819291--90819335	23	1.9	24	81	4	56	37	2	6	53	1.40
90825066--90825183	59	2.0	59	100	0	236	42	10	20	27	1.84
90826689--90826758	31	2.3	31	82	9	90	38	7	2	51	1.44
90827014--90827117	34	3.1	34	98	0	199	17	16	31	34	1.92
90831818--90831878	20	2.9	21	81	11	72	52	19	1	26	1.55
90831818--90831879	22	3.0	21	83	9	74	53	19	1	25	1.54
90835817--90836054	36	6.1	36	70	18	161	62	11	4	21	1.47
90835817--90836049	82	2.8	82	99	0	457	62	11	4	21	1.47
90835847--90836022	46	4.0	46	75	14	156	63	12	4	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90836016--90836057	22	1.9	22	90	0	66	64	9	4	21	1.42
90850456--90850486	14	2.2	14	94	0	53	83	0	12	3	0.75
90851067--90851690	133	4.7	132	88	2	818	26	22	20	30	1.98
90865374--90865406	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
90869741--90869820	41	2.0	41	89	0	124	30	20	25	25	1.99
90873865--90873904	16	2.7	15	88	7	55	47	0	0	52	1.00
90878725--90878907	74	2.5	74	80	5	201	36	6	9	48	1.61
90880428--90880498	27	2.6	27	84	0	88	14	22	21	42	1.88
90885367--90885416	24	2.1	24	100	0	100	38	16	20	26	1.92
90906291--90906320	14	2.1	14	100	0	60	30	50	0	20	1.49
90909170--90909216	3	16.0	3	80	4	51	6	2	59	31	1.34
90911314--90911460	52	2.8	52	86	3	206	20	27	32	19	1.96
90912610--90912696	26	3.4	26	82	4	106	36	22	24	16	1.94
90914899--90914962	23	2.8	23	85	4	76	37	20	12	29	1.89
90914921--90914962	12	3.6	12	77	6	50	38	23	14	23	1.92
90919816--90919856	13	3.2	13	86	6	57	17	34	31	17	1.93
90923044--90923181	68	2.0	68	100	0	276	32	22	11	33	1.90
90923488--90923523	17	2.1	17	100	0	72	41	13	11	33	1.80
90928507--90928559	26	2.0	26	88	0	79	28	3	20	47	1.68
90928510--90928565	26	2.2	26	83	0	67	32	3	17	46	1.66
90928831--90928890	26	2.3	26	80	5	68	16	21	21	40	1.92
90934362--90934414	26	2.0	26	92	0	88	24	13	5	56	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90936408--90936475	9	7.6	9	88	0	91	42	19	13	25	1.87
90936495--90936541	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
90936566--90936590	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
90936567--90936604	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
90939124--90939152	6	4.8	6	100	0	58	34	65	0	0	0.93
90940835--90940872	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
90947915--90947965	3	17.3	3	77	4	50	33	58	1	5	1.33
90947981--90948011	3	10.3	3	100	0	62	67	32	0	0	0.91
90954417--90954509	48	1.9	49	88	2	143	48	15	8	27	1.74
90954548--90954573	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325