Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  286  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88325300--88325408
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4.3
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1.94
88329364--88329479
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2.1
54
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3
162
37
22
23
17
1.94
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26
4.2
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1.79
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1.9
20
88
0
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2.0
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37
0
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56
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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0
0
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5
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88388705--88388760
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2.9
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1.55
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2.2
25
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2.0
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23
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5.1
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2.0
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19
21
22
1.94
88429328--88429433
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2.4
45
82
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126
35
19
21
22
1.96
88431144--88431205
31
2.0
31
93
0
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24
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1.94
88431927--88431984
21
2.8
21
75
15
66
50
8
3
37
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88433316--88433379
31
2.1
31
100
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15
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1.12
88437510--88437604
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0
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0
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0
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18
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5
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1.07
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17
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18
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1.07
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92
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1.98
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57
3
0
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1.17
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7
3
15
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2.0
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1.12
88445083--88445213
67
2.0
64
89
4
199
46
1
3
48
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88455381--88455535
33
4.7
33
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1
168
34
19
7
38
1.80
88455381--88455535
66
2.3
66
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0
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34
19
7
38
1.80
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4.3
29
93
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1.94
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27
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22
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38
100
0
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26
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24
13
10
50
1.73
88464629--88464706
21
3.8
21
72
14
81
26
1
6
65
1.25
88464772--88464817
22
2.1
22
83
0
56
71
2
4
21
1.14
88466285--88466309
9
2.8
9
100
0
50
12
0
8
80
0.92
88466268--88466328
14
4.6
13
78
8
52
16
1
4
77
1.03
88466323--88466425
43
2.4
42
80
13
113
40
0
0
58
1.05
88466344--88466449
22
4.8
21
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11
124
37
0
0
61
1.03
88466359--88466412
12
4.9
11
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10
67
37
0
0
62
0.95
88466339--88466432
44
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47
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144
39
0
0
60
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88466368--88466436
11
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0
0
62
0.96
88466339--88466449
43
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44
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15
131
38
0
0
60
1.03
88466344--88466465
21
5.5
21
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40
0
0
58
1.04
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21
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80
16
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0
0
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15
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14
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46
0
3
50
1.16
88466514--88466555
21
2.0
21
86
9
59
42
0
0
57
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88466533--88466578
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3.1
15
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9
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0
2
58
1.10
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18
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18
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0
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2
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18
1.9
17
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5
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50
0
2
47
1.16
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21
2.9
21
74
18
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0
1
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1.10
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20
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20
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0
1
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1.10
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13
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2
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1.04
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17
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2
2
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0.97
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0
0
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1
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42
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1
0
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17
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13
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4
0
18
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24
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3
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1.03
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22
4.0
22
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1
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1.10
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2
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2
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0
0
50
1.00
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2.1
15
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0
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15
6
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1.36
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21
6.0
21
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94
18
24
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88473214--88473357
42
3.4
42
84
3
173
18
23
17
40
1.90
88475650--88475746
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2.0
48
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0
149
36
3
5
55
1.38
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2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88489789--88489878
12
7.2
12
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20
60
53
3
2
41
1.30
88489829--88489880
20
2.8
18
78
21
63
51
3
1
42
1.31
88493689--88493789
26
3.9
26
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168
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5
25
35
1.80
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26
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24
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21
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0
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20
2.5
20
89
0
71
34
0
6
59
1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325