genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69110611--69110694	39	2.1	40	82	2	98	28	20	27	23	1.99
69110892--69111254	29	12.7	29	96	2	671	26	17	31	23	1.97
69110892--69111248	85	4.2	85	97	0	642	27	17	31	24	1.97
69111738--69111836	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
69114557--69115192	49	13.4	49	90	6	961	28	7	33	30	1.85
69114557--69115176	235	2.6	235	96	0	1132	28	7	33	30	1.85
69114557--69115192	186	3.4	194	89	6	869	28	7	33	30	1.85
69115295--69115415	37	3.3	37	97	0	224	25	19	33	21	1.96
69122360--69122426	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
69122478--69122791	43	7.3	41	78	7	304	27	27	20	25	1.99
69122503--69122792	86	3.4	86	88	2	388	26	28	19	25	1.99
69134474--69134519	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
69138331--69138497	39	4.3	40	81	6	166	28	28	20	21	1.98
69138363--69138526	78	2.1	78	80	5	181	27	29	21	21	1.99
69138401--69138526	39	3.2	39	91	0	189	28	29	19	22	1.98
69145008--69145133	39	3.2	40	85	5	132	26	28	22	23	1.99
69145008--69145151	78	1.8	78	80	5	175	27	27	21	24	1.99
69145036--69145151	39	3.0	39	92	2	180	27	26	20	25	1.99
69148093--69148136	16	2.8	16	78	0	52	29	22	25	22	1.99
69148704--69148736	13	2.5	13	95	0	57	6	21	48	24	1.72
69155720--69155757	17	2.2	17	100	0	76	21	5	10	63	1.46
69159523--69159572	26	1.9	26	87	0	73	32	16	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69162095--69162180	37	2.3	37	95	0	154	24	32	19	23	1.98
69162225--69162466	48	5.0	48	85	1	331	30	26	5	36	1.80
69162225--69162462	96	2.5	95	89	2	379	30	27	5	36	1.81
69164563--69164659	28	3.5	28	85	4	135	19	7	26	46	1.76
69166441--69166484	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
69171952--69172011	29	2.1	28	84	3	75	45	0	23	31	1.53
69174700--69174726	12	2.2	12	100	0	54	25	7	25	40	1.82
69177677--69177713	6	6.2	6	100	0	74	35	0	16	48	1.46
69180112--69180136	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
69183853--69183924	36	2.0	36	100	0	144	58	5	8	27	1.50
69183959--69183983	12	2.1	12	100	0	50	0	0	8	92	0.40
69186358--69186577	110	2.0	110	90	0	350	27	23	10	38	1.88
69188768--69189259	40	12.2	40	84	7	611	25	20	25	28	1.99
69188715--69189259	286	1.9	285	96	0	1000	25	19	25	29	1.98
69188796--69189245	246	1.8	246	93	1	778	24	20	26	28	1.99
69193189--69193283	2	47.5	2	100	0	190	0	0	49	50	1.00
69203489--69203527	17	2.2	18	86	9	53	53	0	10	35	1.35
69204711--69204746	17	2.2	16	90	5	54	80	0	11	8	0.90
69204711--69204738	8	3.5	8	100	0	56	78	0	10	10	0.96
69206896--69206934	8	4.8	8	87	3	51	38	0	25	35	1.56
69207253--69207362	42	2.6	42	77	9	116	31	20	20	26	1.98
69207253--69207372	43	2.8	42	72	17	104	31	20	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69209359--69209415	27	2.1	27	84	12	73	33	0	26	40	1.56
69216216--69216245	15	2.0	15	93	0	51	16	13	30	40	1.87
69217543--69217577	18	1.9	18	88	0	52	65	8	11	14	1.46
69219536--69219764	49	4.6	49	80	3	269	29	24	19	26	1.98
69219536--69219764	100	2.3	99	83	3	289	29	24	19	26	1.98
69220010--69220063	27	2.0	27	85	0	72	38	12	5	42	1.67
69221151--69221178	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
69221949--69221999	20	2.5	20	83	0	66	50	0	29	19	1.48
69229921--69229974	17	3.2	17	91	0	81	29	25	20	24	1.99
69229963--69230111	48	3.1	48	87	0	208	28	30	18	22	1.97
69232539--69232602	23	2.8	23	85	0	74	32	21	26	18	1.97
69238210--69238283	29	2.6	29	86	0	85	24	33	16	25	1.95
69246191--69246322	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
69246162--69246322	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
69246162--69246322	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
69248767--69248852	43	2.0	43	93	0	145	47	16	8	27	1.74
69248882--69248921	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
69253494--69253586	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
69253608--69253647	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
69256159--69256200	21	2.0	21	85	0	57	26	16	38	19	1.92
69260147--69260192	22	2.1	22	84	8	58	39	17	23	19	1.92
69261550--69261649	36	2.8	35	83	4	121	42	16	18	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69261626--69261683	29	2.0	29	86	0	80	39	18	13	27	1.89
69263892--69263955	25	2.5	26	97	2	121	39	15	10	34	1.83
69272811--69272934	66	1.9	66	89	0	194	27	23	20	28	1.99
69274896--69275088	94	2.0	95	92	1	325	31	21	15	31	1.95
69288444--69288618	45	3.8	46	80	13	225	28	29	21	20	1.98
69288452--69288622	93	1.8	92	96	1	315	27	30	21	20	1.98
69291000--69291087	29	3.0	30	77	11	92	57	15	15	10	1.64
69291000--69291078	15	5.4	15	77	10	83	59	13	16	10	1.60
69291011--69291087	15	5.2	15	75	12	70	57	15	15	11	1.66
69293999--69294170	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
69293991--69294166	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
69301020--69301117	48	2.0	50	86	4	137	26	19	26	27	1.99
69313213--69313274	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
69313379--69313468	28	3.3	28	90	4	139	20	22	22	35	1.96
69313378--69313492	27	4.3	26	87	5	131	20	22	21	35	1.96
69314130--69314169	20	2.0	20	100	0	80	35	15	25	25	1.94
69316336--69316462	63	2.0	63	100	0	254	33	18	26	22	1.96
69322801--69322833	17	2.0	16	94	5	57	6	30	0	63	1.18
69323753--69323816	26	2.4	26	84	2	92	37	23	9	29	1.86
69323919--69324008	28	3.3	28	87	4	130	21	22	21	35	1.96
69323931--69324011	27	3.0	26	87	5	90	22	23	19	34	1.96
69324460--69324485	10	2.6	10	100	0	52	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69326706--69326751	23	2.0	23	95	0	83	26	19	26	28	1.99
69338403--69338583	46	3.9	46	82	9	242	27	30	21	20	1.98
69344023--69344100	15	5.2	15	72	9	61	55	14	17	12	1.70
69347053--69347223	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
69347045--69347225	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
69351863--69351894	16	2.0	16	100	0	64	43	25	0	31	1.55
69352316--69352481	35	4.7	35	79	3	147	25	14	15	44	1.84
69352321--69352487	70	2.4	70	77	3	165	26	15	14	43	1.86
69364368--69364417	25	2.0	25	92	0	82	38	18	18	26	1.93
69370353--69370485	49	2.7	49	84	2	178	24	27	19	29	1.98
69370503--69370623	46	2.6	46	83	7	138	22	29	19	28	1.98
69377762--69377831	35	2.0	35	94	0	122	20	30	30	20	1.97
69388609--69388772	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
69388609--69388806	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69395646--69395809	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
69395646--69395843	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69397755--69397823	27	2.6	27	79	9	86	49	33	5	11	1.63
69403071--69403126	15	3.6	15	79	9	58	14	14	21	50	1.78
69414626--69414678	26	2.0	26	88	0	79	26	7	30	35	1.84
69414626--69414678	13	4.1	13	77	0	61	26	7	30	35	1.84
69415005--69415038	18	1.9	18	88	5	52	32	0	5	61	1.20
69415316--69415354	12	3.2	12	81	0	51	25	38	7	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69415320--69415356	18	2.1	18	89	0	56	24	37	8	29	1.84
69415953--69416060	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
69417502--69417576	26	2.8	26	81	4	78	34	20	12	33	1.89
69417678--69417821	54	2.7	54	94	2	245	17	25	22	34	1.96
69417681--69417821	27	5.2	27	85	10	182	17	24	22	34	1.96
69417694--69417839	27	5.4	26	76	16	120	19	25	19	34	1.96
69417681--69417839	81	2.0	80	84	8	207	18	25	21	34	1.96
69419242--69419274	16	2.2	15	89	10	50	72	0	0	27	0.85
69419834--69420170	72	4.7	72	81	3	369	51	14	6	26	1.67
69420595--69420661	18	3.9	18	78	11	77	40	10	11	37	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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