genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  231  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72261468--72261574	48	2.2	48	86	0	133	20	13	29	36	1.90
72264617--72264731	29	4.0	29	85	6	146	27	29	15	26	1.96
72264790--72264823	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
72268682--72268787	53	2.0	53	98	0	203	50	5	14	29	1.65
72270186--72270277	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
72270428--72270570	26	5.6	26	90	0	218	26	23	23	27	2.00
72271017--72271058	20	2.0	22	90	9	70	21	35	19	23	1.96
72271376--72271462	27	3.2	27	91	3	131	18	26	21	33	1.96
72271493--72272028	27	19.8	27	79	4	285	32	8	20	37	1.84
72271606--72271906	54	5.6	53	86	3	345	29	7	21	40	1.82
72271606--72271892	81	3.6	79	86	4	376	29	8	21	41	1.81
72271874--72272059	81	2.3	81	75	0	192	36	7	22	33	1.82
72273941--72274144	54	3.8	53	74	5	187	21	24	18	36	1.95
72277188--72277228	21	2.0	20	95	4	73	31	0	24	43	1.54
72278973--72279088	41	2.7	43	82	7	148	28	18	25	28	1.98
72282921--72282946	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
72284323--72284489	83	2.0	83	91	2	273	30	18	26	24	1.98
72295427--72295558	42	3.1	42	78	6	149	32	13	22	31	1.93
72295427--72295573	42	3.5	42	77	7	127	32	14	22	29	1.94
72295427--72295633	43	4.9	42	77	4	157	31	15	22	29	1.95
72299941--72300048	27	4.0	26	88	8	146	38	22	23	15	1.92
72301475--72301551	24	3.2	24	94	0	127	20	42	3	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72303717--72303789	38	1.9	38	88	0	110	32	9	26	31	1.88
72313350--72313498	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
72313391--72313498	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
72322362--72322492	47	2.8	48	82	3	140	34	27	14	23	1.94
72325066--72325270	40	5.2	40	88	4	299	28	25	21	23	1.99
72325066--72325270	79	2.6	81	90	4	321	28	25	21	23	1.99
72332259--72332384	40	3.2	39	89	3	180	27	26	21	24	1.99
72337437--72337566	40	3.2	40	77	4	145	25	25	27	21	1.99
72345492--72345701	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
72348509--72348710	39	5.2	39	79	9	191	26	20	27	25	1.99
72356601--72356768	40	4.2	40	75	8	146	25	22	27	25	2.00
72362547--72362888	169	2.0	169	96	0	630	26	27	17	28	1.98
72363584--72363611	12	2.3	12	100	0	56	21	0	14	64	1.29
72369965--72370172	40	5.2	39	79	5	184	25	22	26	25	2.00
72375994--72376175	48	3.8	46	81	6	193	27	18	28	25	1.98
72379016--72379057	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
72381101--72381215	27	4.3	26	80	11	108	37	22	21	18	1.94
72381144--72381214	28	2.6	28	88	2	99	35	25	23	15	1.94
72384998--72385053	28	2.0	28	85	0	76	19	37	19	23	1.94
72385408--72385519	27	4.2	26	82	7	116	40	20	18	20	1.92
72385428--72385517	28	3.3	28	81	4	112	40	23	17	18	1.92
72385406--72385512	54	2.0	53	83	3	133	38	19	20	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72387623--72387657	3	11.7	3	87	0	52	65	2	2	28	1.21
72394429--72394491	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
72396033--72396246	40	5.4	40	86	7	269	26	28	22	22	1.99
72400892--72401077	38	4.8	40	87	4	190	23	32	21	22	1.98
72400936--72401074	74	1.9	75	93	1	244	20	32	21	25	1.98
72400936--72401087	38	4.0	38	89	7	238	21	32	20	25	1.98
72405917--72405985	34	2.0	35	97	2	131	28	21	26	23	1.99
72413992--72414201	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
72419195--72419422	40	5.7	40	87	4	282	24	28	23	23	2.00
72419195--72419379	79	2.3	80	90	0	282	24	28	24	22	2.00
72419195--72419419	79	2.8	77	83	9	267	24	28	24	23	2.00
72427237--72427463	40	5.7	40	86	5	273	24	28	23	23	2.00
72427237--72427420	78	2.3	80	89	1	273	25	28	23	22	2.00
72435034--72435076	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
72435871--72435900	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
72436315--72436426	27	4.1	27	80	12	122	16	24	21	37	1.94
72436319--72436425	54	2.0	54	85	3	144	17	24	19	38	1.93
72437339--72437608	49	5.4	49	83	4	344	30	26	17	25	1.97
72437841--72437894	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
72441528--72441595	27	2.5	27	75	0	73	39	26	5	27	1.79
72441618--72441754	27	5.1	27	85	0	159	35	14	21	28	1.93
72441957--72442072	27	4.3	27	88	5	146	18	22	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72442213--72442244	12	2.7	12	90	0	55	21	9	9	59	1.57
72444240--72444303	27	2.4	27	79	10	69	29	29	9	31	1.88
72444254--72444314	27	2.3	27	79	0	68	40	22	6	29	1.79
72444310--72444446	54	2.6	54	90	2	206	33	15	22	28	1.94
72444310--72444449	27	5.2	27	86	0	183	33	15	22	28	1.95
72444653--72444742	28	3.3	28	90	4	139	18	21	23	36	1.95
72444651--72444742	27	3.4	27	91	5	141	18	20	23	36	1.94
72444667--72444766	27	3.7	26	86	5	83	22	24	19	35	1.96
72444651--72444766	54	2.2	53	83	9	137	19	21	21	37	1.95
72453066--72453396	48	6.9	48	81	2	306	25	29	18	25	1.98
72453066--72453397	96	3.5	95	79	6	337	26	29	18	25	1.98
72453066--72453397	144	2.3	144	82	2	362	26	29	18	25	1.98
72460749--72461125	48	7.9	47	77	6	294	24	29	18	27	1.98
72460749--72461125	144	2.6	142	80	3	400	24	29	18	27	1.98
72460943--72461166	96	2.3	96	81	1	243	25	28	19	27	1.98
72460749--72461176	144	3.0	144	79	3	382	24	28	18	27	1.98
72470642--72470770	28	4.6	28	91	0	204	21	14	36	27	1.93
72470642--72470799	56	2.8	56	87	2	183	24	15	35	25	1.94
72470642--72470799	84	1.9	85	84	6	214	24	15	35	25	1.94
72471106--72471581	27	17.7	26	80	7	411	39	18	9	32	1.82
72471106--72471581	54	8.8	54	81	5	475	39	18	9	32	1.82
72471106--72471608	81	6.2	81	80	5	520	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72473798--72473848	25	2.1	24	86	13	70	56	11	23	7	1.61
72473810--72473848	8	5.0	8	84	3	53	53	10	25	10	1.66
72475955--72475985	14	2.2	14	100	0	62	32	12	6	48	1.67
72490038--72490204	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
72490038--72490204	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
72491029--72491074	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
72498044--72498210	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
72498044--72498210	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
72499035--72499080	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
72505158--72505318	40	4.0	40	80	3	180	24	21	27	26	1.99
72508551--72508601	24	2.1	24	92	0	84	35	25	25	13	1.93
72510352--72510466	43	2.7	43	79	5	126	28	28	13	28	1.95
72514776--72514839	22	2.8	23	81	9	78	20	23	18	37	1.94
72514775--72514872	23	4.3	22	78	12	92	18	24	18	38	1.93
72527058--72527159	43	2.4	43	81	3	125	27	27	16	28	1.97
72528740--72528778	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
72529685--72529938	126	2.0	126	93	0	436	28	21	17	32	1.96
72531990--72532215	49	4.6	49	76	3	236	29	25	17	27	1.98
72531990--72532215	100	2.3	99	82	2	256	29	25	17	27	1.98
72534113--72534174	29	2.2	28	83	11	74	29	25	1	43	1.64
72537355--72537424	29	2.4	29	88	6	99	25	12	34	27	1.92
72537375--72537439	29	2.3	29	86	2	87	26	15	30	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72540384--72540545	43	3.8	43	76	12	129	32	27	17	22	1.97
72546627--72546778	40	3.8	40	83	5	173	28	23	25	23	1.99
72546623--72546795	40	4.4	38	76	10	152	28	21	26	23	1.99
72554549--72554738	56	3.4	56	87	0	263	31	15	21	32	1.94
72554532--72554738	112	1.8	112	89	0	324	31	15	20	31	1.94
72557861--72558063	40	5.1	40	87	4	259	28	20	24	26	1.99
72565900--72566082	40	4.7	40	85	8	209	25	22	25	26	2.00
72572430--72572592	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
72572447--72572628	39	4.6	40	86	0	154	21	21	32	23	1.98
72574247--72574316	27	2.5	28	93	2	115	28	12	30	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325