genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30330142--30330199	15	3.7	15	76	6	53	70	3	1	24	1.12
30331482--30331517	11	3.2	11	88	7	54	52	11	2	33	1.51
30331483--30331510	12	2.3	12	100	0	56	64	7	0	28	1.20
30333891--30333938	19	2.5	20	86	3	62	31	4	2	62	1.26
30335028--30335357	164	2.0	164	89	1	500	29	13	14	42	1.84
30337480--30337523	12	3.5	12	77	22	54	43	11	0	45	1.40
30338091--30338336	130	1.9	130	81	3	298	22	37	13	26	1.91
30338666--30338742	40	1.9	40	91	0	127	37	9	9	44	1.68
30341495--30341531	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
30349612--30349642	10	3.1	10	95	0	53	32	9	38	19	1.84
30353450--30353577	46	2.8	46	89	2	186	20	19	29	30	1.97
30356431--30356474	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
30358859--30358986	46	2.8	46	90	0	193	20	21	29	28	1.98
30364171--30364346	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
30364167--30364338	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
30365743--30365767	12	2.1	12	100	0	50	40	36	0	24	1.55
30367709--30367736	11	2.5	11	100	0	56	42	17	0	39	1.50
30370492--30370676	40	4.7	39	81	9	205	24	23	27	24	2.00
30370545--30370709	79	2.1	79	83	6	201	25	22	27	24	2.00
30377138--30377170	13	2.5	13	100	0	66	33	24	6	36	1.80
30379541--30379707	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
30379541--30379707	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30380532--30380577	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
30387550--30387716	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
30387550--30387716	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
30388542--30388587	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
30390366--30390475	42	2.7	43	83	8	124	23	15	26	34	1.94
30390375--30390483	39	2.7	40	81	9	116	22	15	27	33	1.95
30398797--30398851	27	2.0	27	100	0	110	30	18	21	29	1.97
30403927--30404136	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
30407246--30407454	79	2.6	80	89	2	296	22	28	23	25	1.99
30407246--30407454	40	5.2	40	88	3	296	22	28	23	25	1.99
30410858--30411005	51	2.9	50	83	6	190	27	23	13	35	1.92
30411029--30411255	52	4.4	52	89	1	339	24	24	14	36	1.93
30411094--30411244	24	6.0	24	74	11	131	24	23	13	38	1.91
30414803--30414890	6	14.3	6	68	17	56	50	14	15	19	1.79
30414812--30414890	19	4.3	18	70	17	72	50	13	16	18	1.78
30414812--30414890	31	2.5	31	83	0	104	50	13	16	18	1.78
30414993--30415140	67	2.2	67	93	2	253	31	20	27	20	1.98
30415374--30415433	27	2.2	27	78	0	66	30	20	13	36	1.90
30415437--30415501	27	2.4	27	84	0	85	41	4	23	30	1.74
30420262--30420982	365	2.0	366	93	0	1237	29	24	16	29	1.97
30420915--30421054	29	4.9	29	79	2	131	27	29	15	27	1.96
30423853--30423992	29	4.9	28	79	7	122	27	15	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30427160--30427198	16	2.4	16	95	0	69	28	28	10	33	1.90
30434638--30434822	40	4.7	40	82	7	209	24	21	27	26	1.99
30434641--30434794	79	1.9	80	85	6	215	24	20	28	26	1.99
30434672--30434855	79	2.3	77	78	10	183	27	20	26	26	1.99
30443522--30443652	40	3.3	40	80	4	158	23	26	24	25	2.00
30446864--30447038	46	3.8	46	78	13	214	29	29	20	21	1.98
30446872--30447042	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
30448712--30448856	40	3.7	40	83	7	188	24	22	28	25	1.99
30448712--30448875	40	4.1	40	81	10	185	25	21	28	25	1.99
30448712--30448863	79	1.9	80	82	6	193	25	21	28	25	1.99
30448765--30448889	39	3.2	40	82	4	112	26	20	28	24	1.99
30451119--30451145	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
30460350--30460473	39	3.2	39	88	1	185	23	20	31	25	1.98
30460367--30460503	39	3.5	40	86	1	143	23	23	31	21	1.98
30460350--30460503	79	1.9	79	84	2	202	23	21	31	24	1.98
30463379--30463414	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
30466219--30466315	51	1.9	51	89	4	151	26	25	15	31	1.96
30466339--30466461	52	2.4	52	91	0	210	25	24	14	35	1.93
30466339--30466461	24	4.7	26	83	15	155	25	24	14	35	1.93
30468870--30468911	14	2.9	14	82	13	50	61	2	2	33	1.21
30469191--30469225	16	2.1	17	89	5	54	51	8	0	40	1.33
30469808--30470235	138	3.1	137	89	2	642	45	5	7	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30470496--30470654	80	2.0	80	100	0	318	25	15	23	35	1.94
30476323--30476457	53	2.5	53	91	1	225	25	21	25	28	1.99
30478099--30478331	79	2.9	79	86	5	319	24	27	21	27	1.99
30478071--30478334	40	6.6	39	82	6	264	25	26	21	26	1.99
30496568--30496739	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30496561--30496736	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
30504242--30504413	93	1.8	93	92	2	292	27	29	21	21	1.99
30504235--30504410	46	3.8	45	78	12	189	28	28	21	21	1.98
30504243--30504429	46	4.0	44	72	18	132	28	28	20	21	1.98
30508188--30508504	137	2.3	138	90	0	492	44	5	9	40	1.62
30513053--30513234	81	2.2	81	95	0	319	52	10	9	26	1.68
30517844--30518036	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
30517874--30518036	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
30521457--30521617	29	5.6	29	89	0	214	25	31	14	28	1.95
30521428--30521617	87	2.2	87	79	0	209	25	32	15	26	1.95
30528533--30528692	29	5.6	29	90	0	214	25	30	15	29	1.95
30528504--30528692	58	3.3	58	84	0	191	24	32	15	27	1.95
30528495--30528692	87	2.3	86	77	1	207	25	31	15	27	1.95
30530663--30530715	21	2.5	21	84	3	70	20	35	7	35	1.81
30530668--30530704	18	2.1	18	89	0	56	18	37	10	32	1.86
30539711--30539850	54	2.6	55	82	2	165	20	25	27	27	1.99
30544459--30544505	17	2.6	18	86	6	60	38	12	25	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30547511--30547622	57	2.0	57	94	0	197	38	20	11	29	1.88
30549772--30549935	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
30549772--30549969	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
30562756--30562917	40	4.1	39	78	11	168	25	20	27	25	1.99
30568264--30568788	262	2.0	262	96	0	960	24	16	25	33	1.95
30572124--30572160	17	2.2	17	100	0	74	16	10	40	32	1.83
30575772--30575889	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
30575740--30575903	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
30583352--30583469	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
30583320--30583483	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
30587480--30587529	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
30587491--30587538	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
30590408--30590569	47	3.7	42	81	14	175	27	29	20	22	1.99
30590412--30590478	20	3.3	20	68	12	64	25	32	22	19	1.97
30590409--30590574	92	1.8	88	89	5	260	27	30	21	21	1.98
30592946--30592995	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
30592957--30593004	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
30595929--30596051	47	2.6	47	97	0	228	26	31	20	21	1.98
30600457--30600752	39	7.5	39	94	1	495	29	29	22	18	1.98
30607160--30607201	11	3.8	11	93	6	68	38	2	33	26	1.69
30607158--30607208	11	4.7	10	90	7	66	35	1	35	27	1.68
30607762--30607816	26	2.1	26	93	0	92	43	0	7	49	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30610280--30610463	79	2.3	81	83	7	225	25	22	26	26	2.00
30610280--30610470	40	4.8	40	81	11	178	25	21	26	25	2.00
30610313--30610496	79	2.3	77	80	10	201	27	21	25	26	1.99
30614989--30615080	46	2.0	46	95	0	166	33	13	10	42	1.78
30624751--30624781	14	2.2	14	94	0	53	45	19	6	29	1.75
30626604--30626643	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
30630249--30630349	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
30630278--30630353	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
30635070--30635121	21	2.5	21	96	0	95	23	30	34	11	1.90
30636456--30636626	92	1.9	92	96	0	315	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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