genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28757406--28757437	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28761718--28761743	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28763740--28763800	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28778347--28778455	43	2.5	43	73	8	105	33	24	12	28	1.92
28778420--28778775	49	7.5	47	71	12	210	26	28	16	28	1.97
28778369--28778658	141	2.1	141	92	1	492	29	27	16	26	1.97
28781513--28781598	40	2.2	39	85	2	109	29	27	16	26	1.97
28782943--28782989	15	3.1	15	79	14	51	36	4	4	55	1.39
28785558--28785729	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
28785550--28785725	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
28792237--28792390	42	3.6	42	77	10	161	29	23	16	31	1.96
28797803--28797867	34	1.9	34	87	6	96	29	26	18	26	1.98
28801701--28801809	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
28801880--28801964	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
28802614--28802638	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28804512--28804787	40	6.9	40	98	0	516	20	22	30	26	1.98
28808572--28808680	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
28808750--28808834	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
28819771--28819931	29	5.6	29	90	0	223	29	14	31	24	1.95
28819767--28819951	87	2.1	87	80	1	219	29	15	31	24	1.95
28827856--28828016	29	5.6	29	90	0	223	29	14	31	24	1.95
28827852--28828036	87	2.1	87	80	1	219	29	15	31	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28831171--28831202	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
28831227--28831256	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
28832742--28832800	6	11.6	5	81	15	52	76	0	3	20	0.93
28832742--28832800	23	2.6	23	76	15	61	76	0	3	20	0.93
28832746--28832792	22	2.1	22	85	14	62	78	0	2	19	0.85
28836489--28836550	30	2.1	30	90	0	97	29	24	8	38	1.84
28841868--28841910	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
28841939--28841968	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
28841938--28842022	42	2.0	42	95	0	152	50	4	4	40	1.44
28845035--28845156	42	2.9	42	80	7	140	28	25	14	31	1.95
28850397--28850946	143	3.8	142	86	1	726	28	23	19	28	1.98
28850572--28850937	44	7.8	44	67	13	176	28	23	19	28	1.98
28850670--28850927	45	5.6	45	69	12	164	26	24	18	30	1.98
28850397--28850946	286	1.9	286	87	1	816	28	23	19	28	1.98
28852038--28852138	1	101.0	1	68	0	58	4	10	0	84	0.77
28852037--28852135	6	16.0	6	75	19	71	5	12	0	82	0.81
28852046--28852138	5	18.8	5	80	15	70	5	10	0	83	0.79
28852039--28852127	11	7.9	11	78	13	83	5	11	0	83	0.81
28860244--28860277	4	8.5	4	86	0	50	70	0	5	23	1.09
28861869--28861913	23	2.0	23	82	4	56	48	6	4	40	1.49
28864413--28864456	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
28865262--28865296	17	2.1	17	89	5	54	28	22	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28867943--28867976	13	2.7	12	90	9	50	0	20	2	76	0.92
28868758--28868796	18	2.2	18	95	0	69	41	15	20	23	1.90
28869161--28869225	27	2.4	27	89	0	103	40	21	12	26	1.88
28871690--28871796	29	3.7	29	82	5	126	23	29	15	30	1.96
28879621--28879710	28	3.2	28	85	4	119	23	28	16	31	1.96
28885014--28885174	40	4.1	40	78	6	150	29	26	18	26	1.98
28890376--28890400	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
28891294--28891452	27	5.9	27	92	0	246	37	18	14	28	1.91
28892735--28892793	27	2.2	27	84	0	73	44	18	15	22	1.87
28893411--28893462	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28893501--28893560	27	2.3	27	85	2	77	23	21	20	35	1.96
28899074--28899143	27	2.6	27	80	6	88	40	20	11	28	1.87
28899936--28899999	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
28899961--28900020	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
28903216--28903443	49	4.6	49	81	3	267	29	27	17	25	1.97
28904958--28905103	49	2.9	50	81	3	168	26	25	19	28	1.99
28907820--28907930	24	4.6	24	87	3	143	27	17	22	33	1.96
28907820--28907930	48	2.3	48	89	3	170	27	17	22	33	1.96
28910258--28910301	15	2.9	15	90	6	63	59	13	13	13	1.62
28913024--28913199	50	3.5	48	83	6	217	31	26	16	25	1.96
28913024--28913207	101	1.8	99	84	4	253	30	26	16	25	1.97
28917029--28917114	28	3.0	28	83	3	100	30	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919692--28919731	18	2.2	19	86	13	57	20	30	37	12	1.89
28921759--28921939	40	4.6	40	88	2	258	23	19	30	26	1.98
28929698--28929917	40	5.6	40	90	2	338	23	20	29	25	1.99
28929698--28929917	79	2.8	80	90	3	338	23	20	29	25	1.99
28932090--28932147	24	2.4	24	91	2	89	29	22	12	36	1.90
28935693--28935727	17	2.1	17	88	0	52	57	2	0	40	1.14
28939100--28939255	81	1.9	82	80	7	183	48	2	1	46	1.26
28939141--28939213	29	2.6	29	82	6	87	49	5	1	43	1.34
28944530--28944647	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28944498--28944661	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28952100--28952217	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28952068--28952231	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28959208--28959264	20	2.8	20	83	5	60	26	14	5	54	1.61
28961382--28961437	28	2.0	28	92	0	94	41	25	17	16	1.89
28975049--28975255	53	3.8	54	78	1	209	38	18	24	19	1.93
28976535--28976901	50	7.5	50	73	11	244	28	19	27	24	1.99
28976535--28976903	98	3.8	98	81	2	411	28	20	27	24	1.99
28981751--28982179	49	8.8	49	97	0	786	27	7	33	31	1.85
28983771--28983855	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
28984086--28984188	29	3.6	29	94	0	179	26	16	32	25	1.96
28984054--28984188	58	2.3	59	87	5	195	25	17	31	25	1.97
28986023--28986304	49	5.8	49	96	0	510	28	8	32	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28996700--28996817	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28996668--28996831	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
29013199--29013253	21	2.7	21	81	13	69	54	0	3	41	1.18
29014840--29014887	21	2.3	21	96	3	89	50	20	4	25	1.66
29014782--29014940	79	2.0	79	96	0	291	37	19	8	35	1.82
29016496--29016543	23	2.0	24	84	4	62	27	2	4	66	1.21
29028949--29029058	46	2.4	46	80	4	114	43	1	0	53	1.17
29029496--29029657	43	3.8	41	82	6	189	31	27	17	23	1.97
29029497--29029706	86	2.4	87	82	5	239	32	27	17	22	1.96
29032895--29032941	19	2.5	18	82	6	58	55	23	10	10	1.65
29034034--29034088	14	3.9	14	76	9	58	41	34	3	20	1.69
29034232--29034274	22	1.9	23	90	4	70	32	41	2	23	1.67
29034232--29034352	14	8.5	14	64	12	50	39	33	4	21	1.75
29034494--29034542	21	2.3	23	82	13	68	42	34	0	22	1.54
29034580--29034710	7	18.4	7	71	13	63	51	24	0	22	1.53
29034629--29034662	15	2.4	14	95	5	59	58	20	0	20	1.39
29034733--29034826	41	2.3	41	87	3	127	22	25	14	37	1.93
29034832--29034948	7	17.0	7	72	3	67	20	1	30	47	1.60
29035471--29035678	41	5.1	41	78	10	187	26	24	18	30	1.98
29035475--29035678	82	2.5	81	81	7	232	26	25	18	29	1.98
29037468--29037497	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
29038496--29038580	19	4.4	18	75	20	75	37	0	5	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29038497--29038568	20	3.7	19	77	15	67	41	0	2	55	1.14
29038491--29038580	39	2.4	37	76	10	92	35	0	7	56	1.28
29045246--29045292	15	3.0	15	90	6	67	68	2	27	2	1.13
29045246--29045284	3	13.0	3	83	0	51	69	2	28	0	1.02
29050833--29050872	21	1.9	21	84	0	53	27	20	22	30	1.98
29055084--29055113	15	1.9	16	93	6	53	73	10	0	16	1.09
29056791--29056825	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
29057571--29057804	127	1.8	127	85	1	326	23	15	19	41	1.89
29058931--29058971	6	6.8	6	91	0	64	0	60	0	39	0.96
29061885--29061924	20	2.0	20	95	0	71	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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