genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78765447--78765576	40	3.2	40	76	6	147	23	23	28	24	2.00
78765409--78765576	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	23	2.00
78767008--78767071	31	2.1	31	93	0	110	21	21	15	40	1.91
78767264--78767406	24	6.0	24	85	4	191	25	22	23	28	1.99
78767264--78767405	47	3.0	47	89	4	205	26	22	23	28	1.99
78767457--78767516	20	3.0	20	92	0	102	33	20	8	38	1.82
78767559--78767606	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
78769646--78769844	27	7.4	27	88	0	272	25	14	19	40	1.89
78769646--78769874	81	2.8	81	82	3	266	25	14	18	40	1.89
78769661--78769865	27	7.6	27	83	3	173	27	13	19	40	1.88
78770187--78770256	18	3.9	18	83	3	88	20	20	14	45	1.85
78771584--78771637	20	2.7	20	100	0	108	11	31	38	18	1.86
78776291--78776339	25	2.0	25	87	0	71	26	20	18	34	1.95
78778616--78778671	22	2.6	21	71	18	53	25	0	0	75	0.81
78778621--78778686	32	2.1	32	91	5	109	24	1	0	74	0.91
78781447--78781602	47	3.3	46	77	15	176	29	29	17	23	1.97
78781391--78781657	93	2.9	93	90	2	412	29	29	19	22	1.98
78781386--78781650	46	5.7	46	73	15	215	29	28	19	22	1.98
78784365--78784421	30	1.9	29	89	3	87	56	17	15	10	1.67
78787406--78787527	47	2.6	47	92	0	199	30	27	18	22	1.98
78787353--78787573	46	4.8	46	72	13	166	31	26	19	22	1.97
78792673--78792774	42	2.4	42	79	12	111	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78796553--78796657	43	2.4	43	84	3	131	25	15	23	35	1.94
78802810--78802852	20	2.2	20	95	0	77	48	30	6	13	1.69
78810224--78810331	40	2.7	40	82	0	117	33	25	18	23	1.97
78815013--78815065	27	2.0	27	92	0	88	32	16	18	32	1.94
78822267--78822422	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
78823986--78824016	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
78824538--78824607	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
78826678--78826727	25	2.0	25	92	0	82	40	4	22	34	1.72
78828869--78828926	28	2.1	28	100	0	116	25	15	17	41	1.89
78829132--78829183	15	3.5	15	74	10	61	63	3	1	30	1.23
78829127--78829187	30	2.0	30	100	0	122	59	3	3	34	1.30
78834930--78834982	27	2.0	27	100	0	106	26	20	18	33	1.96
78834938--78834995	27	2.3	26	85	8	75	27	20	13	37	1.91
78837890--78837962	29	2.4	29	81	4	83	49	15	10	24	1.76
78852497--78852544	22	2.3	22	82	10	66	35	0	0	64	0.94
78852668--78852724	29	1.9	30	82	3	71	35	10	14	40	1.80
78853451--78853484	14	2.5	13	81	9	50	52	0	5	41	1.25
78853948--78854001	15	3.3	15	74	18	54	44	1	1	51	1.22
78853946--78853995	15	2.9	17	72	21	59	46	2	2	50	1.24
78854078--78854137	20	3.2	20	72	27	60	51	0	0	48	1.00
78854114--78854146	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
78869229--78869256	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78869588--78869870	131	2.2	132	86	1	399	31	19	17	31	1.95
78869588--78869941	131	2.7	131	82	3	363	29	19	18	32	1.96
78874050--78874138	40	2.3	38	79	12	92	62	4	3	29	1.31
78874460--78874507	24	2.0	24	91	0	78	31	10	56	2	1.45
78886983--78887094	38	2.8	40	78	6	129	27	22	25	24	2.00
78886992--78887169	40	4.5	39	76	12	141	25	21	28	24	1.99
78887028--78887177	79	1.9	80	84	4	205	24	22	29	24	1.99
78887028--78887214	40	4.7	40	80	4	164	23	22	29	24	1.99
78887031--78887209	79	2.2	79	79	3	180	24	23	29	22	1.99
78895171--78895279	39	2.7	39	87	2	146	22	22	30	23	1.99
78895130--78895279	79	1.9	80	84	4	205	24	22	28	24	1.99
78895130--78895335	40	5.2	40	79	2	173	24	22	29	23	1.99
78895133--78895311	79	2.2	80	80	3	182	24	24	29	22	1.99
78901800--78901847	21	2.3	21	100	0	96	33	25	4	37	1.75
78914115--78914186	28	2.6	29	84	6	103	29	11	30	29	1.91
78918589--78918670	23	3.6	22	85	4	110	23	24	20	31	1.98
78918648--78918697	26	2.0	25	84	4	64	32	22	18	28	1.97
78928358--78928395	20	2.0	19	85	10	51	52	13	26	7	1.67
78928477--78928501	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
78934442--78934515	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
78934499--78934574	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
78934442--78934574	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78942308--78942381	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
78942365--78942440	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
78942308--78942440	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
78948796--78948959	39	4.2	40	80	9	178	23	27	22	26	2.00
78948812--78948959	79	1.9	76	84	6	199	22	27	22	26	2.00
78955788--78955914	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
78963782--78963908	40	3.2	39	76	8	121	22	29	24	23	1.99
78967779--78967808	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
78968561--78968706	27	5.4	27	85	0	175	23	19	19	36	1.94
78974531--78974594	31	2.1	31	90	0	101	26	21	15	35	1.94
78974618--78974709	42	2.2	42	86	3	123	40	21	10	27	1.87
78974844--78974901	24	2.4	24	85	2	71	25	20	20	32	1.97
78974868--78975137	23	11.5	24	89	3	372	26	20	23	29	1.99
78974880--78975137	47	5.5	47	89	1	410	26	20	24	28	1.99
78975196--78975252	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78975183--78975254	20	3.6	20	94	0	126	31	20	11	36	1.88
78975189--78975243	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
78975291--78975338	25	1.9	25	95	0	87	25	12	25	37	1.91
78976499--78976563	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
78976617--78976819	27	7.4	27	79	4	147	33	9	18	37	1.84
78976594--78976819	54	4.1	54	76	4	202	33	10	19	37	1.85
78976798--78977087	27	10.8	27	85	4	313	41	8	23	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78977084--78977182	27	3.7	26	78	8	101	30	10	20	39	1.85
78977077--78977180	54	2.0	53	81	11	124	30	10	21	37	1.87
78977093--78977197	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
78979642--78979701	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
78979698--78979737	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78979732--78979907	67	2.6	67	95	0	307	30	21	28	18	1.97
78980362--78980392	10	3.1	10	95	0	53	25	9	32	32	1.88
78980551--78980696	27	5.4	27	84	0	184	25	20	18	35	1.95
78988437--78988559	39	3.2	39	94	2	203	26	32	19	21	1.97
78998977--78999144	40	4.2	40	83	6	191	26	28	22	23	1.99
78998977--78999144	80	2.1	80	85	6	225	26	28	22	23	1.99
78999107--78999450	124	2.8	124	92	0	544	32	25	11	31	1.90
79006991--79007079	46	1.9	46	88	0	133	29	30	21	19	1.97
79021669--79021695	13	2.1	13	100	0	54	22	29	40	7	1.81
79049116--79049260	40	3.6	40	81	2	130	27	22	26	22	1.99
79049155--79049283	40	3.2	39	83	6	143	24	21	27	26	1.99
79060174--79060212	20	2.1	19	85	9	53	2	25	17	53	1.56
79074435--79074504	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
79074513--79074617	41	2.6	41	98	0	201	22	32	14	30	1.94
79089322--79089488	23	7.1	23	89	3	244	27	21	22	28	1.99
79089322--79089490	47	3.6	47	91	2	268	27	21	23	28	1.99
79089301--79089488	70	2.7	70	90	5	281	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79089535--79089645	20	5.6	20	94	0	195	32	20	11	35	1.89
79089682--79089729	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
79090887--79090951	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
79091005--79091260	27	9.4	27	80	4	129	35	10	18	35	1.85
79091003--79091204	54	3.7	53	78	6	165	32	10	19	37	1.86
79091158--79091388	81	2.9	78	77	10	225	40	8	21	30	1.82
79091184--79091395	27	7.9	27	85	5	243	40	8	23	28	1.82
79091183--79091395	81	2.6	81	83	4	270	40	7	23	28	1.82
79091392--79091490	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
79091384--79091488	54	2.0	53	81	9	124	30	10	21	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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