genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45012094--45012162	26	2.5	28	90	6	115	30	26	14	28	1.95
45014099--45014162	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
45014354--45014447	23	4.0	24	89	9	140	27	22	21	28	1.99
45014498--45014592	20	4.9	20	89	7	153	34	21	10	33	1.87
45014498--45014592	38	2.5	38	93	6	158	34	21	10	33	1.87
45014629--45014676	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
45022135--45022198	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
45022411--45022554	23	6.1	24	91	8	235	29	20	18	31	1.97
45022608--45022707	20	5.0	20	92	0	173	33	21	12	34	1.90
45022608--45022707	40	2.5	40	96	0	191	33	21	12	34	1.90
45022747--45022794	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
45028039--45028120	42	1.9	42	87	7	121	23	17	26	32	1.96
45028029--45028141	43	2.7	42	78	12	115	23	15	27	32	1.95
45029876--45029953	25	3.1	25	98	0	147	34	7	29	28	1.85
45032274--45032328	22	2.7	20	86	8	76	21	20	21	36	1.95
45035508--45035581	37	2.0	37	97	0	139	20	13	20	45	1.84
45036742--45036826	27	3.2	26	90	5	125	18	23	21	36	1.95
45043431--45043480	18	2.8	18	75	0	55	40	12	18	30	1.86
45043735--45043784	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
45043847--45043951	27	3.9	27	87	5	149	20	18	19	42	1.89
45043847--45043961	54	2.2	53	88	4	169	20	19	18	42	1.89
45043955--45044134	27	6.7	27	83	0	198	37	19	13	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45050804--45050941	40	3.5	39	86	6	172	23	28	23	23	1.99
45050830--45050945	40	2.9	40	88	5	180	24	28	22	25	1.99
45058998--45059326	180	1.8	180	89	0	514	34	17	8	39	1.81
45059653--45059684	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
45059895--45060276	50	7.6	50	79	2	363	31	25	16	26	1.96
45060628--45060674	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
45063018--45063068	25	2.0	27	84	7	70	52	7	11	27	1.65
45065959--45066130	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
45065951--45066126	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
45068509--45068597	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
45068509--45068588	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
45068520--45068597	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
45071548--45071719	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
45071540--45071715	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
45083396--45083489	27	3.5	26	83	8	118	40	20	22	17	1.91
45083396--45083505	27	4.2	26	81	9	116	39	20	22	17	1.93
45083396--45083505	54	2.1	52	84	6	141	39	20	22	17	1.93
45084935--45085005	24	3.0	24	95	0	124	22	39	5	32	1.77
45090828--45090998	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
45090820--45090995	46	3.8	46	78	10	205	28	28	21	21	1.98
45093373--45093411	15	2.6	15	87	0	60	58	10	17	12	1.61
45096277--45096451	46	3.8	46	80	15	207	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45096285--45096455	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
45096282--45096471	46	4.1	45	74	16	165	28	29	20	21	1.98
45104617--45104716	39	2.6	37	84	4	119	41	5	6	48	1.50
45109223--45109432	27	7.8	26	80	8	172	41	19	16	23	1.90
45109217--45109406	54	3.5	54	79	4	195	40	20	17	22	1.92
45109217--45109432	81	2.7	81	78	5	204	41	19	16	23	1.90
45109838--45109902	34	1.9	34	90	0	103	26	20	24	29	1.99
45112063--45112218	29	5.4	28	81	4	177	35	22	18	23	1.96
45112077--45112218	58	2.4	58	89	2	214	36	21	16	25	1.94
45116338--45116369	16	2.0	16	100	0	64	31	25	12	31	1.92
45122466--45122540	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
45128909--45129118	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
45131377--45131480	29	3.9	28	80	15	130	27	31	15	25	1.95
45131393--45131468	24	3.0	24	81	18	84	28	31	15	23	1.96
45139502--45139633	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
45139444--45139634	87	2.2	87	80	3	206	26	33	15	24	1.95
45143162--45143325	40	4.1	40	84	3	222	23	22	28	25	1.99
45146144--45146248	28	3.9	26	78	15	90	30	23	13	32	1.93
45146152--45146248	27	3.7	26	82	12	90	29	24	14	30	1.95
45150427--45150494	25	2.6	26	86	9	86	29	26	14	29	1.95
45150430--45150494	27	2.5	25	85	9	78	29	27	15	27	1.96
45159688--45160018	48	6.9	48	74	6	251	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45159719--45160018	144	2.1	143	81	5	356	27	19	28	24	1.98
45162867--45163065	68	3.0	64	79	10	179	25	29	15	30	1.96
45163731--45163788	30	1.9	30	85	0	80	29	22	8	39	1.84
45164805--45164844	21	2.0	20	85	5	53	15	35	25	25	1.94
45165340--45165376	18	2.1	18	94	0	65	35	16	13	35	1.88
45166268--45166306	20	1.9	20	84	5	51	35	12	12	38	1.82
45168018--45168151	43	3.1	43	83	3	171	26	14	23	34	1.94
45170018--45170083	33	2.0	34	90	3	107	28	18	21	31	1.96
45171511--45171550	19	2.1	19	95	0	71	40	5	10	45	1.60
45178011--45178071	28	2.2	28	97	2	115	47	6	22	22	1.74
45182248--45182357	43	2.6	41	75	12	105	21	17	28	32	1.96
45190993--45191275	125	2.3	125	86	0	388	24	33	18	23	1.96
45192228--45192396	46	3.6	47	78	15	149	24	28	18	27	1.98
45198833--45198996	42	3.9	42	80	3	186	31	14	24	29	1.95
45198833--45198995	85	1.9	84	83	3	211	31	14	24	29	1.95
45203369--45203521	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
45203350--45203520	78	2.2	79	91	1	272	23	29	21	25	1.99
45205995--45206046	27	1.9	27	92	7	88	32	9	3	53	1.51
45206064--45206105	20	2.1	19	86	13	57	40	0	0	59	0.97
45206240--45206278	16	2.4	17	83	12	55	30	0	2	66	1.05
45209729--45209757	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
45210071--45210107	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45210352--45210396	19	2.4	19	80	0	54	62	2	0	35	1.08
45210364--45210407	19	2.2	21	84	8	56	63	6	0	29	1.20
45210562--45210596	17	2.1	17	100	0	70	22	0	17	60	1.37
45210588--45210642	20	2.7	19	81	15	58	29	5	1	63	1.27
45210594--45210735	58	2.5	53	74	17	133	28	5	2	64	1.28
45210631--45210732	29	3.5	29	72	12	75	28	5	1	63	1.28
45210616--45210732	58	2.0	59	85	8	157	28	5	1	64	1.27
45214581--45214644	32	2.0	32	93	0	110	15	21	14	48	1.80
45217169--45217236	21	3.3	21	81	4	86	47	16	22	14	1.82
45219465--45219497	12	2.8	12	100	0	66	36	18	15	30	1.91
45220847--45220930	41	2.0	41	100	0	168	25	16	9	48	1.76
45233623--45233687	27	2.6	26	82	17	84	44	0	35	20	1.51
45236693--45236732	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
45242402--45242513	50	2.2	50	91	0	188	45	21	8	24	1.80
45249599--45249671	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
45258034--45258064	14	2.1	15	94	5	55	83	0	3	12	0.75
45259275--45259560	44	6.5	44	68	9	145	29	17	24	28	1.97
45259209--45259638	177	2.4	178	85	1	542	30	18	24	26	1.98
45259485--45259577	45	2.1	44	82	6	107	32	13	24	29	1.94
45262127--45262159	13	2.4	14	90	5	50	27	9	9	54	1.62
45263176--45263220	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
45264784--45264909	43	3.0	42	81	5	146	24	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45265145--45265186	12	3.5	12	80	0	57	33	42	16	7	1.75
45265134--45265189	24	2.3	24	96	0	103	28	39	25	7	1.82
45270924--45270965	21	2.0	22	90	4	68	61	0	35	2	1.09
45271629--45271679	23	2.2	23	92	0	84	25	1	17	54	1.53
45272294--45272339	23	2.0	23	87	8	67	39	0	4	56	1.19
45272735--45272773	21	1.9	20	84	5	51	35	5	2	56	1.35
45273078--45273161	34	2.3	38	82	8	95	46	7	3	42	1.48
45273078--45273161	19	4.7	18	69	20	50	46	7	3	42	1.48
45280542--45280600	26	2.3	26	84	0	73	28	27	15	28	1.96
45286505--45286595	45	2.0	45	89	0	137	26	12	25	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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