genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71612622--71612773	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
71620604--71620785	39	4.6	39	87	0	229	22	30	23	23	1.99
71620634--71620785	39	3.9	39	90	0	232	23	30	22	23	1.99
71631383--71631425	18	2.4	18	88	3	61	16	6	0	76	0.99
71632996--71633082	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
71633151--71633638	49	10.1	49	94	3	839	29	27	9	33	1.88
71633336--71633622	91	3.1	91	92	5	461	29	27	9	33	1.88
71633151--71633622	189	2.5	190	93	2	795	29	27	9	33	1.89
71635539--71635782	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
71635869--71636057	64	3.0	64	59	16	142	34	26	10	28	1.90
71635751--71636089	123	2.8	123	94	0	588	33	25	10	30	1.90
71643245--71643423	40	4.4	41	84	3	177	30	24	15	30	1.95
71643268--71643443	80	2.2	81	85	4	239	29	25	15	29	1.96
71643268--71643442	40	4.3	40	85	3	210	29	24	16	29	1.96
71645435--71645465	7	4.4	7	91	0	53	19	51	0	29	1.47
71657834--71657950	29	4.0	29	85	0	135	29	25	13	31	1.94
71657897--71657957	29	2.1	28	90	3	95	29	24	14	31	1.95
71658169--71658203	8	4.4	8	88	0	52	5	22	20	51	1.68
71663552--71663715	40	4.1	40	77	6	161	26	20	27	25	1.99
71671663--71671826	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
71679946--71680018	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
71687984--71688078	29	3.2	29	86	1	118	24	27	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71692532--71692662	29	4.5	29	85	1	165	26	16	32	25	1.96
71692650--71692750	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71700091--71700217	29	4.4	29	84	2	157	27	15	31	25	1.96
71700205--71700305	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71705842--71705885	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
71709659--71709705	13	3.7	13	77	13	53	0	59	0	40	0.97
71709659--71709706	6	7.7	6	77	9	51	0	60	0	39	0.97
71710164--71710200	14	2.6	15	83	12	51	35	0	5	59	1.20
71710250--71710300	17	2.9	17	75	13	50	31	0	13	54	1.39
71721865--71721964	27	3.5	28	90	5	139	32	28	13	27	1.93
71724325--71724375	18	2.9	18	91	2	77	43	5	17	33	1.73
71725327--71725361	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
71725268--71725746	87	5.5	87	78	11	435	27	17	18	36	1.93
71725347--71725746	173	2.3	171	80	8	425	27	17	18	36	1.94
71725678--71725711	14	2.4	14	95	0	59	17	17	5	58	1.57
71725268--71725782	89	5.9	89	77	11	476	27	17	17	37	1.93
71725838--71725872	14	2.5	14	90	0	52	25	14	0	60	1.35
71725763--71725992	87	2.7	86	86	4	304	30	19	17	33	1.94
71727735--71727790	21	2.5	22	82	5	60	23	5	3	67	1.27
71727773--71727814	14	3.0	15	80	16	54	33	0	7	59	1.25
71728025--71728072	22	2.2	21	81	3	60	43	4	4	47	1.41
71728726--71728756	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71728828--71728884	19	2.9	19	78	14	62	33	0	8	57	1.29
71728855--71728888	15	2.3	15	94	0	59	35	0	11	52	1.38
71728833--71728904	21	3.6	19	81	7	72	30	1	9	58	1.39
71728923--71728952	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71733808--71734075	46	5.8	45	73	15	192	27	19	29	23	1.98
71738986--71739021	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
71739299--71739342	18	2.4	19	88	3	63	43	9	2	45	1.48
71743750--71743856	39	2.7	38	87	7	135	21	28	26	23	1.99
71743750--71743899	40	3.8	39	79	7	142	22	26	24	26	2.00
71749300--71749355	3	19.0	3	96	3	105	67	0	0	32	0.91
71750983--71751116	37	3.6	37	96	0	250	25	32	17	24	1.97
71751151--71751709	48	11.6	48	92	0	875	30	26	6	36	1.82
71768269--71768301	16	2.0	17	88	5	50	45	6	0	48	1.27
71769294--71769327	17	2.0	17	100	0	68	35	0	23	41	1.55
71773522--71773760	101	2.4	98	84	2	307	26	18	26	28	1.98
71773523--71773760	49	4.8	50	84	4	293	26	18	26	28	1.98
71776128--71776285	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
71776128--71776315	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
71784156--71784313	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
71784156--71784343	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
71791312--71791421	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
71799363--71799472	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71804303--71804335	13	2.5	13	95	0	57	12	15	54	18	1.71
71805547--71805571	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
71805502--71805607	39	2.7	38	78	11	106	9	25	2	62	1.40
71808187--71808211	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
71811822--71811992	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
71811814--71811994	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
71814371--71814459	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71814371--71814450	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71814382--71814459	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71817410--71817580	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
71817402--71817582	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
71819464--71819572	45	2.4	45	83	7	130	33	10	28	28	1.89
71819643--71819727	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
71822113--71822428	40	7.9	40	91	0	434	23	23	29	24	1.99
71822592--71822642	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
71826243--71826351	45	2.3	46	86	10	143	33	11	28	26	1.92
71826422--71826506	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
71827002--71827026	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71828977--71829014	19	2.0	20	89	5	60	47	18	7	26	1.76
71830870--71830894	6	4.2	6	100	0	50	0	84	0	16	0.63
71839942--71839972	16	1.9	16	93	0	53	32	19	0	48	1.49
71839939--71839978	20	2.0	20	85	0	53	35	20	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71840068--71840095	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
71840154--71840405	55	4.8	54	79	10	222	22	23	18	35	1.95
71840201--71840399	108	1.8	110	90	4	323	23	24	17	34	1.96
71841905--71841935	15	2.0	16	93	6	55	38	0	3	58	1.15
71842147--71842180	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
71845093--71845150	26	2.3	25	80	11	64	44	0	0	55	0.99
71845133--71845169	18	2.0	20	89	10	60	40	0	2	56	1.13
71849478--71849545	30	2.3	30	82	5	75	47	5	19	27	1.72
71850748--71850783	17	2.1	17	90	10	56	41	0	16	41	1.48
71850885--71850930	5	9.0	5	90	2	65	39	2	19	39	1.64
71851347--71851630	45	6.3	45	93	0	478	19	19	20	40	1.91
71851350--71851667	90	3.5	90	94	2	528	20	19	19	40	1.91
71851347--71851667	135	2.3	135	89	3	489	19	19	19	40	1.91
71851659--71851704	18	2.5	18	85	3	56	26	21	8	43	1.81
71861718--71861925	79	2.6	79	90	1	301	25	24	28	21	1.99
71861718--71861925	40	5.2	40	87	4	287	25	24	28	21	1.99
71869847--71870056	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71877883--71877989	27	3.9	28	86	3	121	36	20	21	21	1.95
71880130--71880197	27	2.5	28	95	2	120	32	25	13	29	1.93
71887990--71888059	27	2.6	27	95	2	122	31	25	14	28	1.95
71891196--71891220	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
71893265--71893380	27	4.3	26	87	7	151	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71893265--71893380	55	2.2	53	87	3	160	36	22	22	18	1.95
71898839--71898941	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71906869--71906971	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71912187--71912456	48	5.6	48	82	4	285	28	17	27	26	1.98
71912233--71912456	97	2.3	96	84	6	283	26	18	28	25	1.98
71917534--71917575	13	3.1	14	82	6	50	78	4	11	4	1.06
71925039--71925087	25	2.0	25	95	0	89	28	6	8	57	1.52
71928398--71928621	39	5.7	39	85	0	295	30	28	20	19	1.97
71936251--71936524	49	5.7	49	90	2	412	32	9	29	28	1.88
71936251--71936524	145	1.9	144	90	3	433	32	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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