genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1372525--1372582	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
1374154--1374438	135	2.1	137	96	1	529	31	25	18	24	1.98
1376221--1376353	26	5.2	25	90	5	205	36	22	4	36	1.75
1381381--1381665	135	2.1	137	96	1	529	31	25	18	24	1.98
1383439--1383574	26	5.2	26	94	0	227	36	22	5	36	1.76
1383967--1384035	26	2.6	27	86	6	95	18	24	0	56	1.42
1383977--1384038	26	2.3	27	94	2	108	17	24	0	58	1.39
1399489--1399632	42	3.3	41	73	15	128	34	22	22	20	1.96
1399483--1399943	86	5.3	87	90	2	641	36	21	22	19	1.95
1399483--1399941	173	2.7	174	89	3	687	36	21	22	19	1.95
1406273--1406365	18	5.2	18	85	0	123	31	15	23	30	1.95
1406273--1406365	36	2.6	36	89	0	141	31	15	23	30	1.95
1413115--1413155	21	1.9	22	85	5	57	39	4	12	43	1.63
1417863--1417946	26	3.2	26	94	0	150	34	4	23	36	1.76
1419428--1419480	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
1419724--1420010	137	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
1421062--1421115	3	18.0	3	79	7	56	31	3	1	62	1.23
1421172--1421224	18	3.0	17	81	13	54	35	3	1	58	1.27
1421819--1421873	17	3.2	18	84	7	78	30	12	9	47	1.73
1423912--1424185	136	2.0	136	97	0	521	32	24	18	25	1.97
1424433--1424486	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
1424450--1424525	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1425971--1426106	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.80
1426851--1426892	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
1426839--1426894	16	3.4	16	78	9	58	44	1	7	46	1.41
1427049--1427085	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
1427121--1427164	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
1427189--1427251	26	2.6	25	83	14	78	58	1	4	34	1.29
1427222--1427298	37	2.0	39	85	5	104	58	3	0	37	1.17
1427239--1427311	20	3.2	22	73	21	62	58	2	1	36	1.21
1427238--1427345	24	4.5	24	78	15	100	56	3	2	37	1.32
1427223--1427324	11	9.7	11	71	18	74	55	3	1	38	1.29
1427238--1427329	15	5.8	16	69	19	50	55	4	2	38	1.32
1428661--1428691	3	10.3	3	92	0	53	29	3	0	67	1.06
1428724--1428758	2	17.5	2	87	0	52	48	0	0	51	1.00
1430804--1431321	131	4.0	129	76	3	441	37	18	18	26	1.93
1435735--1435981	130	1.9	131	87	2	363	29	19	17	34	1.95
1437143--1437252	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
1438869--1439008	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
1438869--1439008	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
1442946--1443054	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
1444668--1444780	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
1444666--1444780	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
1446077--1446120	2	22.5	2	88	4	63	52	2	2	43	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1446134--1446172	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
1447550--1447580	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1448218--1448461	131	1.9	130	86	2	346	26	17	18	37	1.93
1450536--1450576	21	1.9	22	85	5	57	39	4	12	43	1.63
1453895--1453945	18	2.9	17	75	16	59	45	0	0	54	0.99
1455196--1455290	44	2.1	44	98	1	181	54	10	5	29	1.56
1457224--1457434	64	3.2	64	62	25	146	30	26	17	26	1.97
1457190--1457476	137	2.1	137	96	0	529	31	24	18	25	1.98
1457724--1457776	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
1459262--1459345	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
1460563--1460688	41	3.0	42	85	9	161	29	26	14	30	1.95
1460648--1460770	47	2.7	46	85	2	156	30	26	15	27	1.96
1460775--1460803	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
1460802--1460981	31	5.8	31	94	0	297	24	27	21	27	1.99
1460963--1461084	50	2.4	51	87	4	185	27	21	14	36	1.92
1464602--1464665	32	2.0	32	100	0	128	18	50	18	12	1.78
1465525--1465571	25	1.9	25	82	4	60	21	12	10	55	1.67
1466387--1466412	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1467088--1467119	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
1467088--1467118	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
1471539--1471570	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
1471539--1471569	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1471936--1472311	131	2.9	131	79	6	368	27	18	18	35	1.94
1475434--1475614	64	2.8	64	94	1	310	32	17	12	37	1.87
1475740--1475984	45	5.5	44	66	11	126	26	17	27	28	1.98
1475643--1476431	131	6.0	131	92	0	1218	28	17	26	28	1.97
1478756--1478788	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1479509--1479896	131	3.0	130	82	3	431	27	18	18	36	1.93
1482588--1482697	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
1484475--1484760	136	2.1	137	96	0	529	24	18	24	31	1.98
1488954--1488994	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
1488920--1488993	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
1493819--1493856	18	2.2	16	90	9	58	23	2	0	73	0.95
1493825--1493881	25	2.2	25	81	3	60	21	5	1	71	1.14
1493927--1493996	8	9.4	8	74	14	51	25	0	1	72	0.92
1493931--1493979	14	3.4	14	86	5	62	24	0	2	73	0.94
1493940--1494019	7	11.3	7	76	12	74	20	0	2	77	0.88
1493932--1494002	15	4.9	15	82	5	83	21	0	1	77	0.85
1493927--1494001	37	2.1	37	90	7	118	24	0	1	74	0.89
1494801--1494834	16	2.1	17	94	5	61	14	0	35	50	1.44
1494901--1495229	41	8.0	41	86	2	410	22	24	19	33	1.97
1503813--1503852	19	2.1	19	85	0	53	55	7	17	20	1.66
1503799--1503846	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
1504433--1504497	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504459--1504497	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
1504461--1504503	19	2.2	20	87	4	61	79	9	0	11	0.95
1506085--1506137	26	2.0	26	96	0	97	60	3	5	30	1.37
1513128--1513178	15	3.5	15	74	15	52	62	0	0	37	0.95
1513123--1513180	29	2.0	29	86	0	80	58	0	0	41	0.98
1514293--1514334	15	2.7	16	82	14	52	47	7	4	40	1.52
1515260--1515386	42	3.0	42	86	6	170	29	24	15	30	1.96
1515345--1515464	47	2.6	47	83	1	143	29	24	16	30	1.97
1515493--1515672	31	5.8	31	84	6	213	27	27	17	27	1.98
1515493--1515672	62	2.9	62	87	3	247	27	27	17	27	1.98
1515503--1515672	93	1.8	92	87	7	254	27	27	17	27	1.98
1515654--1515776	50	2.4	51	89	5	187	25	21	15	37	1.93
1518940--1518983	22	2.0	22	86	8	63	45	4	0	50	1.22
1520375--1520414	20	2.0	21	85	14	57	62	7	7	22	1.47
1520931--1520963	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
1524745--1524879	26	5.2	26	96	1	227	36	24	5	34	1.78
1524745--1524879	51	2.6	52	95	1	236	36	24	5	34	1.78
1528603--1528876	135	2.0	137	97	1	516	31	24	18	24	1.97
1530660--1530795	26	5.2	26	91	0	218	36	24	5	33	1.80
1532367--1532419	25	2.0	26	82	7	63	56	1	9	32	1.42
1539167--1539215	2	24.5	2	91	0	80	48	2	2	46	1.25
1539304--1539441	2	72.0	2	70	16	69	50	5	4	39	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1539957--1539993	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
1539955--1540003	11	4.5	11	82	12	57	44	0	55	0	0.99
1540262--1540320	17	3.7	17	70	25	56	11	5	15	67	1.38
1540273--1540297	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
1540716--1540821	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
1541530--1541676	54	2.9	50	80	12	183	34	19	16	29	1.94
1541733--1542256	70	7.2	70	91	6	789	31	19	16	32	1.94
1541733--1542256	222	2.4	217	93	4	933	31	19	16	32	1.94
1548927--1548957	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
1561503--1561781	74	3.8	74	83	2	384	26	17	22	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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