genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89729547--89729598	18	2.7	18	82	8	59	25	1	13	59	1.44
89729865--89729903	21	1.9	20	84	5	51	33	7	23	35	1.83
89731450--89731488	18	2.2	18	86	4	53	15	20	43	20	1.88
89731866--89731977	55	2.0	55	84	0	143	24	19	18	37	1.94
89748779--89748818	21	1.9	21	85	10	55	47	17	20	15	1.83
89754524--89754800	50	5.5	50	90	0	428	36	16	22	24	1.95
89754524--89754800	100	2.8	100	94	0	473	36	16	22	24	1.95
89754776--89754924	31	4.8	31	94	0	262	26	20	28	24	1.99
89754946--89755109	49	3.6	48	86	8	209	29	15	26	28	1.96
89754989--89755152	42	3.7	43	83	9	181	29	15	26	28	1.96
89757371--89757402	2	16.0	2	93	0	55	0	53	0	46	1.00
89758710--89758739	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
89761093--89761145	20	2.6	20	76	11	54	56	0	5	37	1.23
89761317--89761386	9	7.4	10	71	10	58	30	1	1	67	1.08
89761335--89761380	18	2.4	20	85	10	69	34	2	0	63	1.07
89761516--89761695	98	1.9	95	86	5	254	38	7	13	40	1.74
89768412--89768575	43	3.8	43	74	9	138	27	17	25	29	1.97
89768412--89768535	42	2.9	43	75	12	121	28	17	25	29	1.98
89775929--89776011	44	1.9	43	83	11	107	24	16	27	31	1.97
89778200--89778251	23	2.3	23	93	0	86	42	0	11	46	1.40
89778209--89778251	13	3.5	13	78	18	56	41	0	11	46	1.40
89780061--89780088	11	2.5	11	100	0	56	21	14	35	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89783029--89783067	13	3.0	12	88	7	51	84	2	0	12	0.72
89783663--89783718	13	4.5	13	71	13	55	44	0	7	48	1.30
89794197--89794295	49	2.0	49	92	0	162	25	16	22	36	1.94
89794577--89794685	26	4.2	25	87	9	148	34	5	22	36	1.78
89796459--89796732	136	2.0	136	97	1	514	25	19	24	31	1.98
89798140--89798212	3	25.0	3	89	10	116	31	0	1	67	1.00
89802986--89803024	1	39.0	1	84	0	51	92	2	5	0	0.46
89805216--89805501	72	3.8	73	85	10	337	27	17	21	33	1.96
89805216--89805450	72	3.2	72	87	7	341	26	17	21	34	1.96
89805520--89805554	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
89805362--89805701	77	4.0	87	80	12	361	27	17	19	35	1.94
89805535--89805737	77	2.7	75	87	6	286	30	16	22	31	1.96
89805686--89805791	54	1.9	55	86	5	153	26	15	19	38	1.91
89805901--89806220	73	4.2	73	81	10	372	26	16	21	34	1.95
89805741--89806311	158	3.6	157	84	4	689	25	17	21	35	1.95
89806144--89806721	89	6.5	88	82	6	523	27	17	19	35	1.94
89808318--89808422	3	35.0	3	94	3	185	33	0	1	64	1.04
89809003--89809066	22	2.7	23	77	17	69	39	1	7	51	1.40
89812064--89812105	14	2.9	14	89	3	57	47	0	4	47	1.23
89815353--89815417	21	3.1	21	90	0	94	24	4	20	50	1.66
89820795--89821004	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
89822821--89823030	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89830234--89830282	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
89831102--89831267	40	4.2	39	78	9	167	26	21	27	24	1.99
89838287--89838437	40	3.8	40	82	6	173	26	21	27	24	2.00
89838323--89838453	40	3.3	40	83	4	167	24	21	26	27	1.99
89840718--89840757	21	1.9	21	89	0	62	65	0	5	30	1.14
89846030--89846231	69	2.8	70	85	7	246	34	23	10	31	1.89
89846030--89846231	35	5.6	35	87	7	246	34	23	10	31	1.89
89856347--89856527	35	5.0	35	88	6	247	34	24	11	29	1.91
89860860--89861038	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
89860860--89861092	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
89861022--89861096	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
89860860--89861165	54	5.7	54	80	5	165	37	21	8	32	1.84
89861088--89861406	27	11.8	27	87	1	397	28	23	8	39	1.83
89861399--89861470	27	2.7	27	77	0	81	40	22	8	29	1.83
89861075--89861450	81	4.6	81	80	2	198	30	22	8	38	1.84
89862733--89862789	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
89862731--89862793	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
89862848--89863014	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
89862848--89863014	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
89862848--89863013	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
89863207--89863270	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
89865440--89865487	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89865436--89865491	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
89865436--89865487	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
89865589--89865647	23	2.8	20	72	16	57	54	5	6	33	1.49
89865697--89865736	2	20.5	2	89	5	64	52	2	0	45	1.14
89865697--89865734	19	2.0	19	94	0	67	52	2	0	44	1.14
89865679--89865736	21	2.8	21	86	2	82	53	5	1	39	1.33
89865766--89865811	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
89867027--89867491	88	5.4	85	72	14	312	36	19	15	27	1.92
89867244--89867305	30	2.1	30	87	6	90	41	27	11	19	1.85
89867454--89867995	76	6.9	79	73	14	268	32	19	17	30	1.95
89867077--89867913	253	3.4	243	82	9	903	35	18	17	28	1.94
89867571--89867745	96	1.8	95	85	3	244	31	20	20	28	1.97
89867511--89867819	173	1.8	169	87	4	458	30	21	19	29	1.97
89867671--89868014	74	4.6	74	89	2	467	32	20	17	29	1.95
89867671--89868017	150	2.3	147	88	2	489	32	19	17	30	1.95
89867971--89868066	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
89867899--89868138	121	2.0	121	94	0	417	34	18	16	31	1.93
89868020--89868160	72	2.0	72	97	0	264	33	17	15	33	1.92
89868085--89868243	84	1.9	81	83	7	205	33	17	15	33	1.92
89868212--89868317	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
89868297--89868330	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
89868168--89868794	140	4.5	140	95	1	1114	38	20	16	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89868168--89868794	279	2.2	280	95	2	1116	38	20	16	25	1.93
89868631--89868736	54	1.9	54	83	9	135	38	18	14	28	1.90
89868727--89868885	72	2.2	71	89	3	246	40	22	14	22	1.90
89869833--89869948	45	2.6	45	78	4	119	17	25	13	43	1.85
89877093--89877127	12	3.0	12	91	4	54	42	5	22	28	1.76
89878643--89878690	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
89878639--89878694	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
89878639--89878690	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
89878808--89878866	23	2.8	20	72	16	57	54	5	6	33	1.49
89878923--89879004	2	43.5	2	72	16	59	56	2	2	39	1.26
89878937--89879018	27	3.2	26	75	10	80	57	2	3	36	1.30
89878931--89879052	52	2.4	52	81	9	137	56	3	2	37	1.29
89878922--89879052	14	9.4	14	68	21	64	56	3	2	38	1.27
89879025--89879069	24	1.9	23	90	4	72	62	0	2	35	1.08
89879420--89879516	30	3.2	30	89	0	158	26	3	46	23	1.67
89880282--89880307	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
89880746--89880882	16	8.2	16	68	21	86	62	0	1	36	1.05
89880748--89880910	70	2.3	69	78	14	163	61	0	3	35	1.12
89880746--89880895	9	16.4	9	73	19	100	62	0	1	36	1.04
89880746--89880881	8	16.4	8	71	19	77	61	0	1	36	1.05
89880770--89880894	10	12.2	10	67	23	57	63	0	1	35	1.04
89880839--89880897	20	2.8	20	84	7	64	67	0	1	30	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89880807--89880914	49	2.2	46	76	20	112	64	0	2	32	1.08
89888987--89889020	17	2.1	17	88	5	52	70	8	2	17	1.25
89890211--89890271	29	2.2	29	85	5	81	32	3	0	63	1.10
89895366--89895405	8	4.9	8	85	14	55	85	2	10	2	0.80
89895367--89895404	15	2.4	17	91	8	62	84	2	10	2	0.83
89895948--89895993	13	3.8	12	78	16	51	80	4	0	15	0.86
89895948--89895993	6	7.7	6	79	15	51	80	4	0	15	0.86
89896006--89896034	8	3.6	8	100	0	58	79	10	0	10	0.94
89895974--89896034	16	3.6	16	76	6	50	78	6	6	8	1.08
89897800--89897905	44	2.4	44	80	4	115	30	16	21	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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