Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  61  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16143179--16143207
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0
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0
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2.1
21
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23
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24
1.99
16189235--16189377
39
3.7
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2
234
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30
20
26
1.99
16189195--16189376
77
2.3
79
89
2
269
23
29
22
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21
27
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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21
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28
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1.89
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22
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1.99
16253430--16253572
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22
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2.0
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220
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22
22
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2.0
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30
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29
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33
17
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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54
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2
35
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16395781--16395828
18
2.6
19
77
9
55
56
6
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35
1.36
16395818--16395869
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18
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0
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2
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0
79
50
47
0
2
1.13
16419745--16420030
131
2.2
131
83
2
369
27
18
18
35
1.95
16419745--16420106
131
2.8
127
76
8
352
26
17
19
35
1.94
16434759--16435101
131
2.6
130
80
5
395
25
18
20
34
1.96
16441362--16441532
93
1.8
93
92
0
288
27
28
21
22
1.99
16441354--16441529
46
3.8
46
79
12
198
28
28
21
22
1.99
16444191--16444463
68
4.0
68
81
1
332
26
20
18
34
1.96
16444211--16444463
136
1.9
136
88
1
391
27
19
18
34
1.95
16448367--16448414
24
2.0
25
87
4
71
47
8
18
25
1.76
16448865--16448894
14
2.1
14
93
0
51
66
3
0
30
1.07
16449141--16449185
21
2.2
21
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4
74
64
2
2
31
1.18
16454031--16454089
29
2.0
29
87
6
84
47
0
3
49
1.18
16454993--16455045
18
3.2
17
84
10
65
64
0
1
33
1.05
16455073--16455127
24
2.3
24
77
0
65
60
1
0
38
1.08
16456731--16456908
40
4.5
40
79
6
148
25
26
21
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16456731--16456908
80
2.2
80
79
3
189
25
26
21
26
1.99
16461283--16461317
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
16467590--16467625
2
18.0
2
100
0
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50
0
0
50
1.00
16468361--16468398
2
19.0
2
94
0
67
50
2
0
47
1.15
16471114--16471166
28
1.9
28
88
3
81
49
7
26
16
1.73
16472592--16472617
13
2.0
13
100
0
52
46
23
0
30
1.53
16473940--16474195
47
5.5
46
79
9
245
26
19
29
24
1.98
16475032--16475156
55
2.3
54
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8
155
19
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25
1.97
16475983--16476016
17
1.9
18
88
5
52
55
8
2
32
1.45
16476019--16476059
21
2.0
21
100
0
82
43
24
2
29
1.67
16481885--16481945
30
2.0
30
100
0
122
42
9
3
44
1.54
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20
1.9
21
89
5
62
46
7
2
43
1.46
16494156--16494180
13
1.9
13
100
0
50
16
40
40
4
1.67
16495593--16495641
23
2.2
23
85
3
64
2
28
0
69
1.00
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2.1
23
85
10
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10
12
0
78
0.98
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19
2.8
19
78
13
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9
12
0
77
0.98
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44
2.0
43
86
4
122
28
28
18
24
1.98
16509372--16509416
2
23.0
2
82
13
58
51
2
0
46
1.13
16509449--16509659
105
2.0
105
100
0
422
30
24
9
36
1.86
16510688--16510758
21
3.4
21
73
13
74
49
1
0
49
1.09
16512660--16512692
15
2.1
16
88
5
50
75
6
0
18
1.00
16519238--16519281
3
14.7
3
100
0
88
68
0
0
31
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16521884--16521919
17
2.1
18
94
5
65
77
5
2
13
1.05
16524820--16524905
43
2.0
43
100
0
172
41
6
11
39
1.68
16525871--16525909
20
2.0
20
85
10
53
7
7
5
79
1.05
16525921--16525968
24
2.0
24
88
8
71
16
2
8
72
1.18
16525931--16525968
12
3.1
13
81
14
53
18
0
7
73
1.06
16525916--16525968
11
4.5
12
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15
3
7
73
1.20
16525963--16526231
22
12.0
22
71
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126
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1
2
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1.23
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2.7
42
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130
40
0
2
57
1.12
16525963--16526075
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21
84
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104
40
0
1
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1.09
16526172--16526229
14
4.7
14
71
28
60
39
0
0
60
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325