genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37626325--37626393	8	8.9	8	73	12	63	44	15	2	36	1.62
37626443--37626515	22	3.5	22	65	25	59	46	19	5	28	1.72
37636661--37637017	47	7.6	46	78	11	270	23	29	19	27	1.98
37642184--37642226	21	2.0	21	86	8	61	23	11	32	32	1.90
37645838--37645889	18	2.9	18	69	11	52	38	9	1	50	1.46
37647055--37647178	28	4.5	28	76	7	101	25	23	12	38	1.90
37649259--37649411	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
37649228--37649410	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
37662554--37662598	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
37668458--37668496	21	1.9	21	84	5	53	48	0	0	51	1.00
37673294--37673332	20	2.0	20	85	10	53	35	0	17	46	1.49
37676069--37676265	55	3.6	54	79	7	211	36	18	24	20	1.95
37676379--37676411	16	2.0	17	94	5	59	42	3	18	36	1.66
37678809--37678862	24	2.2	24	96	0	99	44	18	16	20	1.87
37681549--37681714	42	3.9	42	84	1	224	34	17	20	27	1.95
37681549--37681708	85	1.9	84	86	1	230	35	16	20	27	1.94
37690623--37690872	51	4.9	51	94	1	412	31	25	12	30	1.92
37690908--37690986	24	3.1	24	83	13	104	24	22	17	35	1.95
37690896--37690979	28	3.2	26	83	13	109	23	26	15	34	1.95
37695063--37695089	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
37697496--37697745	51	4.9	51	90	1	358	30	25	12	31	1.92
37697760--37697854	49	1.9	49	93	0	163	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37697830--37697901	24	3.0	24	89	4	101	27	20	15	36	1.93
37698954--37699163	51	4.1	51	91	1	323	30	23	14	30	1.95
37700920--37700957	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
37702392--37702489	42	2.3	43	84	7	128	32	22	14	30	1.93
37704331--37704512	39	4.6	39	86	3	213	21	30	23	24	1.99
37704361--37704512	39	3.9	39	91	0	232	21	30	22	25	1.99
37718451--37718520	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
37726279--37726348	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
37729172--37729232	30	2.0	30	90	0	95	24	24	16	34	1.95
37729546--37729571	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
37733252--37733339	45	2.0	45	90	0	140	23	10	26	39	1.86
37735153--37735271	52	2.3	52	95	0	220	26	23	15	35	1.94
37735153--37735268	24	4.4	27	83	15	163	25	24	14	35	1.94
37745686--37745773	40	2.3	38	86	7	131	14	12	35	37	1.84
37747829--37747951	43	2.9	43	91	1	194	30	25	19	25	1.98
37755653--37755770	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37755621--37755784	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37757095--37757278	43	4.3	43	79	2	217	34	25	16	23	1.96
37757977--37758012	14	2.6	14	86	4	56	47	13	2	36	1.58
37762149--37762356	40	5.2	40	85	0	227	25	22	25	25	2.00
37762151--37762356	80	2.6	80	85	1	252	25	22	26	25	2.00
37765863--37765904	9	4.7	9	87	0	66	30	0	21	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37765890--37766015	27	4.9	26	75	14	111	36	1	14	47	1.54
37765917--37765998	43	2.0	40	86	9	112	36	1	14	47	1.52
37768584--37768639	25	2.3	24	93	6	96	55	37	3	3	1.35
37768712--37768757	19	2.4	19	77	0	56	41	6	45	6	1.56
37768911--37768956	22	2.1	22	84	8	58	45	0	36	17	1.49
37769533--37769580	21	2.2	22	88	3	71	18	2	29	50	1.59
37769636--37769793	21	7.3	21	68	17	92	22	0	33	43	1.58
37769548--37769809	65	4.0	64	85	6	300	21	0	34	43	1.59
37770772--37770871	49	2.0	49	96	0	182	46	11	23	20	1.82
37774447--37774539	44	2.1	46	86	8	129	38	23	3	34	1.71
37774626--37774717	7	12.7	7	76	11	69	46	32	1	19	1.57
37774626--37774712	15	5.9	15	79	5	88	45	34	1	18	1.57
37774627--37774717	22	4.2	22	76	9	80	46	32	1	19	1.58
37774910--37774996	40	2.2	41	81	6	106	24	20	19	35	1.96
37775024--37775104	40	2.0	40	85	4	110	32	17	19	30	1.95
37775030--37775135	40	2.7	40	80	2	106	32	19	17	30	1.96
37777060--37777169	29	3.9	28	81	7	123	30	16	27	26	1.97
37781219--37781249	16	1.9	16	93	0	53	51	22	19	6	1.69
37781464--37781568	29	3.7	29	83	2	124	26	15	28	29	1.96
37787833--37787863	11	2.8	11	90	0	53	41	19	12	25	1.87
37792773--37792921	43	3.5	42	81	2	163	31	24	16	26	1.97
37798220--37798427	40	5.2	39	84	1	218	25	25	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37798220--37798427	80	2.6	80	82	1	247	25	25	21	26	2.00
37806348--37806555	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
37806348--37806555	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
37809519--37809668	43	3.5	43	72	8	99	31	26	16	26	1.96
37812039--37812064	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
37812573--37812801	116	2.0	116	89	1	352	25	22	23	28	1.99
37827004--37827073	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
37829357--37829675	162	2.0	162	95	0	575	41	16	10	31	1.83
37835607--37835770	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
37835607--37835804	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
37852600--37852708	47	2.3	47	79	6	114	24	30	16	28	1.97
37852697--37852865	46	3.7	45	80	9	173	22	30	19	27	1.98
37857721--37857772	20	2.6	20	96	0	95	13	32	34	19	1.90
37860176--37860351	46	3.8	45	78	14	182	28	31	20	19	1.97
37860183--37860352	93	1.8	93	93	2	297	28	31	20	20	1.97
37860227--37860370	46	3.1	45	74	13	132	29	29	20	20	1.97
37860535--37860585	24	2.1	24	100	0	102	41	7	3	47	1.51
37860544--37860584	12	3.4	12	75	24	50	43	9	2	43	1.50
37882960--37883017	9	6.7	9	75	11	50	32	0	17	50	1.46
37884610--37884738	48	2.6	48	80	9	154	27	15	30	27	1.96
37895882--37895930	24	2.0	25	88	4	73	26	14	22	36	1.92
37910000--37910093	48	2.0	48	93	0	161	20	20	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37910173--37910239	35	1.9	35	90	0	107	35	5	10	47	1.62
37910781--37910818	20	2.0	20	89	5	60	68	2	0	28	1.03
37910776--37910832	19	3.1	18	76	14	53	68	1	0	29	1.00
37910782--37910833	25	2.1	25	82	13	63	69	1	0	28	0.99
37911202--37911392	71	2.7	72	78	7	203	47	13	5	34	1.66
37916460--37916503	22	2.0	22	82	8	54	59	9	2	29	1.41
37917424--37917463	20	2.0	20	95	0	71	42	15	2	40	1.60
37917774--37917889	40	2.9	40	83	6	128	20	24	15	39	1.91
37917800--37917910	41	2.8	40	84	1	132	20	23	14	41	1.89
37924704--37924861	67	2.4	65	76	8	153	31	16	29	23	1.96
37933416--37933564	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
37933457--37933564	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
37941529--37941677	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
37941570--37941677	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
37945008--37945189	39	4.6	39	88	0	238	21	31	23	23	1.98
37945038--37945189	39	3.9	39	92	0	241	21	31	23	23	1.98
37950501--37950564	30	2.2	29	94	2	110	25	15	23	35	1.94
37951302--37951476	87	2.0	87	97	0	332	31	4	21	42	1.73
37973950--37973984	12	2.7	13	91	8	54	14	14	0	71	1.15
37975257--37975289	13	2.6	13	90	4	50	15	0	3	81	0.80
37980388--37980585	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37980454--37980571	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37980422--37980585	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37987955--37988152	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37988021--37988138	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37987989--37988152	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37991459--37991510	23	2.4	22	79	17	56	65	0	30	3	1.10
37994753--37994785	18	1.9	17	88	11	50	24	27	6	42	1.78
38009355--38009709	47	7.6	46	72	15	230	23	28	20	27	1.99
38009351--38009706	94	3.8	93	79	11	363	23	28	20	27	1.99
38009348--38009706	141	2.6	138	79	9	370	23	28	20	27	1.99
38013821--38013867	13	3.6	13	94	0	76	17	36	27	19	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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