genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18686311--18686361	25	2.0	25	85	14	70	7	19	0	72	1.08
18686311--18686360	24	2.0	25	85	11	68	8	20	0	72	1.10
18687758--18687811	27	2.0	27	100	0	108	11	18	25	44	1.83
18690947--18690985	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
18690960--18691192	117	2.0	120	92	2	391	43	1	3	51	1.28
18704374--18704443	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
18704374--18704455	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
18712302--18712371	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
18712302--18712383	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
18721210--18721259	24	2.0	26	88	11	77	34	4	10	52	1.54
18723171--18723301	47	2.8	47	82	4	165	32	25	17	23	1.97
18726515--18726556	17	2.5	17	96	0	75	21	11	16	50	1.77
18729107--18729153	10	4.8	10	80	15	53	31	0	0	68	0.90
18738637--18738671	7	5.3	7	93	6	56	25	0	0	74	0.82
18744076--18744100	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
18744564--18744596	17	1.9	17	93	0	57	39	6	9	45	1.61
18744890--18745050	42	3.9	42	78	9	186	32	13	22	31	1.93
18744890--18744997	39	2.7	40	84	4	128	30	12	24	32	1.93
18744890--18745045	82	1.9	81	84	6	208	32	13	22	32	1.93
18747322--18747413	27	3.4	27	79	5	105	29	20	7	42	1.80
18747405--18747595	27	7.1	26	78	10	129	38	21	10	28	1.88
18747412--18747567	54	2.9	54	81	3	163	39	19	11	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18747445--18747594	81	1.9	81	85	5	214	41	21	8	28	1.82
18747445--18747596	54	2.8	54	83	2	198	40	21	8	28	1.83
18747561--18747658	27	3.6	27	80	10	108	39	16	9	34	1.80
18748586--18748655	25	2.8	24	91	4	104	24	24	24	27	2.00
18748803--18748894	42	2.2	42	96	0	166	32	15	20	31	1.94
18748918--18749001	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
18752880--18752913	14	2.5	13	86	9	50	26	0	0	73	0.83
18770886--18770912	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
18773778--18773804	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
18775029--18775067	20	2.1	19	85	9	53	7	28	12	51	1.67
18788303--18788403	27	3.5	28	85	5	96	25	14	29	29	1.95
18788333--18788403	27	2.6	27	90	2	106	25	14	30	29	1.94
18788360--18788414	27	2.0	27	85	0	74	27	16	25	30	1.96
18800648--18800674	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
18801335--18801485	74	2.0	74	100	0	302	26	15	18	39	1.91
18807350--18807409	29	2.1	29	96	0	111	31	13	23	31	1.93
18812762--18812969	40	5.2	40	81	6	170	25	24	22	28	1.99
18812763--18812967	80	2.6	81	82	5	220	24	24	22	27	2.00
18820021--18820228	40	5.2	39	82	1	200	25	25	21	27	1.99
18820021--18820226	80	2.6	81	83	3	238	24	26	21	27	2.00
18823402--18823471	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
18823479--18823585	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18828589--18828648	23	2.7	21	80	14	75	30	21	15	33	1.94
18831239--18831364	46	2.7	47	85	3	175	30	26	21	22	1.99
18838766--18838938	46	3.8	45	75	13	172	29	27	20	22	1.98
18838773--18838943	93	1.8	93	91	0	279	29	27	21	22	1.99
18845363--18845445	41	2.0	41	88	0	121	32	13	12	42	1.81
18851377--18851411	18	2.0	18	88	5	54	51	5	2	40	1.40
18851610--18851654	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
18858753--18858803	26	2.0	26	84	0	66	21	15	15	47	1.83
18858977--18859026	25	2.0	25	96	0	91	40	18	4	38	1.69
18869147--18869257	42	2.6	42	77	11	118	32	25	18	24	1.97
18880188--18880240	15	3.6	15	89	2	72	30	0	7	62	1.23
18881943--18882093	40	3.8	40	80	6	146	22	27	23	27	1.99
18884718--18884759	15	2.8	15	92	0	66	16	11	35	35	1.86
18887560--18887651	22	4.1	22	68	22	57	35	20	19	23	1.95
18895207--18895379	46	3.7	46	76	10	163	23	20	26	30	1.99
18895604--18895641	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18899275--18899309	18	1.9	18	88	0	52	48	2	14	34	1.58
18901382--18901418	18	2.1	18	100	0	74	18	32	10	37	1.86
18908184--18908222	20	2.0	20	94	0	69	23	25	20	30	1.98
18912857--18912885	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
18913455--18913491	6	6.3	6	87	6	58	48	16	2	32	1.60
18913467--18913502	12	3.0	13	88	11	51	50	13	0	36	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18913464--18913502	18	2.2	17	86	13	53	53	12	0	33	1.39
18926530--18926571	18	2.4	17	84	4	57	61	0	0	38	0.96
18928868--18928931	33	1.9	33	83	0	83	25	25	20	29	1.99
18929121--18929200	27	3.0	25	75	18	72	36	22	20	21	1.95
18929337--18929663	27	12.1	27	78	4	302	24	18	21	35	1.96
18929365--18929663	81	3.7	80	82	4	343	24	19	21	35	1.96
18930944--18931076	68	2.0	68	95	0	239	49	15	12	21	1.78
18930959--18931092	68	2.0	67	86	4	189	49	19	11	19	1.79
18933791--18933860	3	23.3	3	91	0	113	62	34	0	2	1.10
18935228--18935367	38	3.6	38	81	4	102	17	19	27	35	1.94
18935259--18935382	41	3.1	41	82	3	146	18	18	25	37	1.94
18935335--18935366	16	2.1	15	94	5	55	12	15	31	40	1.85
18951377--18951479	38	2.7	38	80	5	118	14	19	29	36	1.91
18960437--18960479	10	4.3	10	82	11	61	20	6	2	69	1.23
18964133--18964179	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89
18965181--18965218	12	3.3	11	89	10	58	86	0	13	0	0.56
18965181--18965220	19	2.0	20	90	4	64	85	0	15	0	0.61
18970655--18970714	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
18972839--18972941	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
18980636--18980738	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
18986645--18986830	40	4.7	40	85	4	214	26	25	21	25	1.99
18988511--18988546	18	2.0	18	94	0	63	47	16	13	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18990108--18990142	17	2.0	18	94	5	63	22	5	11	60	1.52
18992848--18992899	9	5.8	9	86	0	68	28	9	17	44	1.80
18997142--18997204	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
19002079--19002264	40	4.7	40	86	5	243	26	26	22	24	2.00
19006296--19006338	17	2.4	18	88	3	61	20	27	9	41	1.83
19009855--19010095	124	1.9	124	84	5	317	30	15	17	36	1.91
19010182--19010314	34	3.9	35	79	4	139	44	12	0	42	1.48
19010497--19010544	19	2.5	19	100	0	96	25	39	25	10	1.87
19010831--19010904	32	2.2	35	90	7	118	44	6	0	48	1.29
19016213--19016258	19	2.3	19	92	7	74	39	2	0	58	1.10
19017266--19017306	20	2.0	21	86	13	59	53	0	2	43	1.13
19017266--19017324	17	3.2	19	77	20	54	54	0	1	44	1.10
19017290--19017325	16	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
19017314--19017403	35	2.4	37	78	16	96	52	0	2	45	1.13
19017339--19017394	18	3.1	18	78	14	62	51	0	3	44	1.18
19017330--19017391	18	3.6	17	75	16	56	48	0	3	48	1.17
19025565--19025737	46	3.7	46	76	13	192	22	19	27	30	1.98
19025562--19025732	93	1.8	93	93	0	297	22	19	28	29	1.98
19034016--19034084	32	2.3	30	83	11	95	44	0	13	42	1.43
19037442--19037491	26	1.9	25	84	8	64	28	8	2	62	1.35
19049646--19049800	83	1.9	83	88	0	238	29	20	23	27	1.98
19049436--19049921	202	2.4	202	93	1	814	32	19	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19049729--19050159	119	3.6	119	93	1	722	32	18	19	29	1.96
19050083--19050268	83	2.2	83	94	0	318	33	20	18	26	1.96
19051920--19051969	26	1.9	25	84	8	64	28	8	2	62	1.35
19056432--19056538	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
19056546--19056615	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
19070094--19070279	40	4.7	40	86	7	229	26	20	26	25	1.99
19110079--19110210	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
19117838--19117969	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
19133246--19133282	18	2.1	18	100	0	74	29	10	16	43	1.82
19139220--19139250	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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