genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64246472--64246509	16	2.5	15	87	8	51	63	5	0	31	1.17
64248310--64248393	39	2.2	38	82	4	105	36	11	7	44	1.69
64255229--64255285	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
64256220--64256291	22	3.3	21	73	7	72	52	0	5	41	1.24
64256218--64256295	24	3.4	23	74	13	81	53	0	5	41	1.23
64256211--64256301	44	2.1	44	97	0	173	52	0	4	42	1.21
64256211--64256271	20	2.8	20	70	15	59	54	0	3	42	1.17
64258616--64258672	29	2.0	29	85	0	78	61	0	5	33	1.18
64260662--64261292	206	3.1	205	90	0	965	27	23	17	31	1.97
64269193--64269242	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
64274155--64274204	10	4.6	11	80	12	59	52	0	2	46	1.12
64274155--64274207	21	2.5	22	78	12	65	52	0	1	45	1.11
64280485--64280529	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
64282372--64282737	46	8.0	46	90	0	491	40	13	24	21	1.89
64284952--64285117	43	3.9	43	80	2	156	32	23	15	28	1.95
64285560--64285618	28	2.1	28	93	0	100	23	15	16	44	1.86
64292680--64292833	43	3.6	43	77	9	154	31	24	14	29	1.95
64294137--64294239	29	3.6	29	94	2	172	27	16	31	25	1.97
64296639--64296685	20	2.4	20	92	3	78	31	12	19	36	1.89
64298825--64298878	21	2.5	21	78	6	63	44	1	1	51	1.22
64305055--64305344	115	2.5	115	88	3	424	29	19	6	44	1.77
64305055--64305343	58	5.0	57	90	3	411	29	19	6	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64307563--64307649	24	3.6	24	70	6	77	29	16	24	29	1.96
64323522--64323691	93	1.8	92	92	1	286	22	20	28	28	1.99
64323526--64323696	46	3.7	45	78	14	188	22	20	27	29	1.99
64330922--64331093	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
64330919--64331088	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
64338215--64338481	49	5.6	49	76	12	227	27	18	28	25	1.98
64338215--64338437	93	2.3	95	83	10	262	28	19	28	23	1.99
64340213--64340400	40	4.7	40	89	1	270	23	22	29	24	1.99
64340209--64340420	80	2.7	80	88	0	318	24	22	28	25	1.99
64340209--64340420	40	5.3	40	87	1	266	24	22	28	25	1.99
64347212--64347372	63	2.6	63	81	4	164	26	18	20	34	1.95
64350212--64350278	36	1.9	35	84	6	91	32	14	16	35	1.90
64350270--64350295	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
64352812--64352841	14	2.1	14	93	0	51	40	3	10	46	1.54
64354527--64354686	29	5.5	29	82	4	171	26	31	16	26	1.96
64355971--64356019	25	2.0	24	84	4	62	8	20	0	71	1.11
64357082--64357115	13	2.6	13	100	0	68	0	23	47	29	1.52
64357230--64357274	20	2.4	19	85	7	56	28	4	13	53	1.59
64364244--64364293	18	2.8	18	90	3	75	14	28	0	58	1.37
64364262--64364328	30	2.2	30	86	0	89	13	22	0	64	1.28
64364286--64364337	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
64364304--64364328	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64364397--64364456	16	3.9	15	71	18	52	3	13	5	78	1.04
64364397--64364454	29	2.0	28	83	9	73	3	13	5	77	1.07
64367572--64367793	40	5.6	40	90	1	322	28	26	21	23	1.99
64370521--64370563	21	2.1	20	82	4	50	44	20	16	18	1.87
64372248--64372345	25	3.9	25	81	2	90	23	24	21	30	1.99
64372247--64372345	50	2.0	50	80	4	110	23	24	21	31	1.98
64377301--64377350	13	3.8	13	89	0	73	50	14	14	22	1.77
64383993--64384053	30	2.0	30	90	0	95	32	21	8	37	1.83
64388184--64388215	15	2.1	15	100	0	64	40	28	18	12	1.87
64388685--64388712	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
64396884--64396915	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
64401087--64401269	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
64408357--64408540	71	2.7	68	90	9	254	19	28	18	33	1.95
64408380--64408540	71	2.3	71	96	3	301	19	28	18	34	1.95
64408380--64408574	71	2.8	70	88	6	240	21	28	17	32	1.96
64418261--64418404	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
64418262--64418444	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
64421125--64421226	40	2.5	40	88	3	152	24	21	28	25	1.99
64421125--64421290	80	2.1	80	80	5	185	25	21	27	25	1.99
64422629--64422710	41	2.0	41	97	0	155	17	20	36	25	1.94
64424944--64425055	54	2.1	54	98	0	215	31	16	16	34	1.92
64424958--64425043	27	3.2	27	62	28	65	31	16	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64426321--64426809	110	4.5	108	88	7	644	56	4	4	34	1.38
64426360--64426809	105	4.2	105	91	5	699	56	4	4	34	1.39
64426618--64426668	13	4.3	12	77	20	54	62	1	0	35	1.06
64426360--64426809	209	2.1	216	91	6	729	56	4	4	34	1.39
64429854--64429886	15	2.1	16	88	5	50	39	45	3	12	1.57
64429896--64430052	7	21.9	7	65	10	57	38	39	1	20	1.61
64429919--64429949	15	2.1	15	93	0	53	48	35	0	16	1.46
64429897--64429983	37	2.4	36	90	5	138	41	40	1	17	1.57
64429933--64429990	22	2.6	21	76	10	53	41	39	0	18	1.51
64430113--64430152	7	5.6	7	82	5	53	45	35	0	20	1.51
64430112--64430158	15	3.2	15	81	6	60	44	34	0	21	1.52
64429923--64430052	15	9.1	14	71	9	66	39	39	0	20	1.58
64432454--64432617	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64432454--64432651	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64439528--64439691	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
64439528--64439725	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
64441939--64442121	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
64444764--64444793	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
64449460--64449586	28	4.4	28	78	7	130	25	28	14	31	1.95
64449485--64449599	59	2.0	59	86	3	162	27	27	13	31	1.93
64454945--64455111	40	4.2	39	78	8	169	25	20	27	25	1.99
64458727--64458769	11	4.2	11	85	8	56	0	20	18	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64468140--64468233	42	2.2	43	83	5	111	25	20	24	29	1.99
64469188--64469295	56	1.9	56	86	3	155	20	28	32	18	1.96
64482848--64482994	40	3.7	40	88	0	206	25	21	27	25	2.00
64485402--64485470	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
64486092--64486153	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
64486107--64486313	81	2.6	81	83	3	247	31	9	18	40	1.83
64486136--64486313	27	6.6	27	83	1	232	31	8	19	41	1.81
64486136--64486313	54	3.3	54	95	0	311	31	8	19	41	1.81
64489379--64489440	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
64490067--64490128	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
64490082--64490288	81	2.6	81	84	3	247	30	9	19	40	1.84
64490111--64490288	27	6.6	27	84	1	232	30	8	19	41	1.81
64490272--64490342	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
64490111--64490288	54	3.3	54	94	0	302	30	8	19	41	1.81
64497681--64497867	40	4.7	40	88	2	243	25	18	28	27	1.98
64503412--64503500	21	4.1	21	64	15	56	61	28	5	4	1.38
64503655--64503689	18	1.9	18	94	0	61	22	40	5	31	1.78
64509472--64509543	3	24.0	3	77	16	69	34	2	1	61	1.19
64509507--64509621	26	4.5	24	74	15	72	35	8	0	54	1.37
64510094--64510122	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
64511708--64511746	19	2.1	19	90	9	62	30	12	12	43	1.81
64513996--64514175	39	4.6	40	90	4	269	26	23	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64513996--64514175	79	2.3	79	87	7	267	26	23	27	21	1.99
64522050--64522229	39	4.6	40	90	4	269	26	23	27	21	1.99
64522050--64522229	79	2.3	79	87	7	267	26	23	27	21	1.99
64523916--64523940	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
64525370--64525420	21	2.4	21	75	12	50	39	1	3	54	1.30
64525396--64525429	17	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
64527577--64527628	21	2.6	19	80	14	59	34	1	11	51	1.49
64528125--64528181	19	3.1	19	83	16	68	64	5	0	29	1.15
64528128--64528217	9	10.0	9	68	17	53	65	4	0	30	1.12
64528133--64528217	17	4.8	17	76	12	73	67	4	0	28	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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