genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85644853--85644951	40	2.5	40	86	3	137	36	25	17	21	1.94
85644853--85644983	40	3.3	40	84	4	131	35	23	17	23	1.95
85651708--85651867	83	1.9	84	93	1	277	25	18	11	45	1.83
85653775--85653958	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
85653815--85654003	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
85656213--85656264	22	2.4	22	96	0	95	36	17	21	25	1.94
85659696--85659720	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
85660138--85660281	72	2.0	72	98	0	279	36	11	18	33	1.87
85662726--85662782	26	2.2	26	93	0	96	28	19	12	40	1.87
85662726--85662798	26	2.8	26	87	0	92	30	19	10	39	1.86
85664898--85665104	92	2.2	92	88	0	315	21	22	12	43	1.85
85664862--85665097	46	5.2	46	84	3	271	21	21	13	43	1.86
85665079--85665194	45	2.6	45	87	0	169	21	23	17	37	1.93
85664880--85665212	46	7.3	45	79	6	267	21	22	15	40	1.91
85671357--85671400	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
85673727--85673765	20	2.0	20	84	0	51	25	30	15	28	1.96
85676007--85676053	22	2.1	22	84	0	58	31	10	25	31	1.90
85676110--85676200	36	2.5	37	85	3	121	25	21	29	23	1.99
85676549--85676582	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
85677651--85677676	12	2.2	12	100	0	52	26	23	7	42	1.81
85682730--85682849	61	2.0	61	85	9	165	45	8	1	45	1.43
85687813--85687881	34	2.0	34	100	0	138	40	14	8	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85692106--85692156	24	2.1	24	92	0	84	50	1	11	35	1.50
85699146--85699258	45	2.5	45	84	10	140	27	17	30	24	1.97
85699889--85699924	18	2.0	18	100	0	72	11	5	27	55	1.57
85702372--85702426	18	2.9	19	86	5	85	38	10	16	34	1.84
85702372--85702434	18	3.5	19	85	8	78	39	9	17	33	1.82
85702405--85702449	23	2.0	22	82	4	54	42	2	17	37	1.62
85702716--85702750	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
85710312--85710509	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
85710378--85710495	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85710346--85710509	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
85717881--85718078	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
85717947--85718064	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85717915--85718078	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
85721552--85721850	78	3.8	78	86	3	411	31	17	25	25	1.97
85721552--85721850	160	1.9	157	86	4	431	31	17	25	25	1.97
85721790--85722057	45	5.9	45	76	7	258	31	15	26	26	1.96
85721880--85722043	89	1.8	89	92	0	274	31	14	28	26	1.95
85722412--85722502	19	4.9	19	89	8	152	38	10	14	36	1.81
85722412--85722500	35	2.4	37	88	9	137	38	11	13	37	1.81
85722791--85722824	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
85723674--85723704	11	2.8	11	95	0	53	70	0	29	0	0.87
85723677--85723711	11	3.2	11	91	0	52	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85726019--85726105	44	2.0	44	84	4	113	33	25	20	20	1.97
85729979--85730030	25	2.1	25	100	0	104	15	11	11	61	1.57
85741576--85741605	15	2.0	15	100	0	60	13	33	20	33	1.91
85741882--85741915	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
85741972--85742016	23	2.0	23	82	8	56	57	0	4	37	1.19
85742581--85742613	10	3.2	11	87	12	52	21	0	0	78	0.75
85745233--85745268	18	1.9	19	88	5	56	50	19	11	19	1.77
85747213--85747273	25	2.4	26	89	8	90	16	3	3	77	1.04
85747278--85747321	4	10.5	4	83	9	52	18	2	2	77	0.98
85747278--85747318	13	3.2	13	85	0	64	17	2	2	78	0.98
85747346--85747395	23	2.3	20	78	15	55	42	0	4	54	1.19
85747360--85747464	21	4.9	21	79	9	104	43	1	0	54	1.11
85747327--85747464	21	6.4	21	69	18	77	44	1	2	51	1.25
85747597--85747653	30	2.0	28	89	6	87	40	1	3	54	1.28
85747607--85747664	20	2.9	19	80	14	55	43	1	3	51	1.28
85760816--85760870	20	2.5	23	77	14	71	36	1	0	61	1.06
85760993--85761021	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
85761018--85761065	22	2.1	23	88	3	71	58	2	0	39	1.10
85761126--85761166	22	1.9	22	95	5	75	58	0	0	41	0.98
85761126--85761199	34	2.1	35	85	7	98	58	0	0	41	0.98
85761243--85761330	24	3.5	26	75	13	76	75	5	7	11	1.19
85761325--85761387	28	2.2	29	85	2	83	69	3	7	19	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85761333--85761391	29	2.1	28	90	3	91	62	3	8	25	1.39
85761750--85761846	39	2.5	39	100	0	194	46	11	9	32	1.72
85764952--85765015	32	2.0	32	96	0	119	60	7	9	21	1.52
85785656--85785702	19	2.4	20	92	3	78	25	10	14	48	1.76
85789308--85789337	12	2.5	12	94	0	51	40	10	16	33	1.82
85791377--85791405	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
85795136--85795199	29	2.2	29	82	2	74	54	10	10	23	1.67
85795538--85795604	31	2.3	27	76	14	71	44	14	5	34	1.70
85796227--85796282	21	2.6	21	82	5	58	64	0	1	33	1.04
85809865--85809998	53	2.5	53	90	2	198	26	17	27	29	1.97
85822023--85822053	14	2.2	14	94	0	53	32	3	0	64	1.09
85822650--85822676	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
85832248--85832283	18	2.0	18	88	0	54	61	0	8	30	1.26
85840615--85840924	157	2.0	157	87	3	446	33	19	19	28	1.96
85842421--85842445	6	4.2	6	100	0	50	64	0	16	20	1.30
85843102--85843129	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
85848296--85848424	56	2.2	58	82	9	149	25	27	15	31	1.96
85852811--85852878	31	2.2	31	83	0	82	27	23	20	27	1.99
85854469--85854494	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
85855331--85855355	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
85860286--85860318	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
85872033--85872089	21	2.7	21	76	13	62	24	33	7	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85872750--85872799	15	3.2	16	68	21	52	18	36	24	22	1.95
85873668--85873729	25	2.5	25	100	0	124	29	17	30	22	1.97
85876639--85876733	42	2.3	43	83	5	122	29	25	14	30	1.95
85876734--85876877	47	3.0	46	80	4	144	31	26	13	29	1.94
85876900--85876986	31	2.8	31	86	6	131	26	28	18	26	1.98
85876962--85877090	50	2.5	51	91	5	208	25	23	16	34	1.95
85877413--85877469	2	28.5	2	96	0	105	47	0	1	50	1.11
85889928--85890013	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
85889930--85890054	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
85892204--85892267	32	1.9	35	87	9	98	50	12	7	29	1.68
85892333--85892456	60	2.1	60	90	0	194	33	19	12	34	1.89
85896902--85896939	2	19.5	2	83	5	51	50	0	0	50	1.00
85898168--85898213	24	1.9	24	86	8	67	26	2	2	69	1.11
85900501--85900540	3	13.3	3	100	0	80	32	0	32	35	1.58
85905439--85905564	50	2.5	51	87	8	181	36	17	21	24	1.94
85905551--85905687	31	4.5	31	87	1	204	24	21	27	27	1.99
85905707--85905868	47	3.6	47	83	8	169	29	15	25	29	1.96
85905799--85905912	42	2.7	43	89	4	169	30	14	26	28	1.95
85907057--85907111	25	2.4	21	78	21	74	47	0	3	49	1.19
85907064--85907113	25	2.0	25	96	0	91	46	0	4	50	1.20
85913966--85914016	27	1.9	27	84	4	68	29	5	3	60	1.38
85914110--85914155	20	2.4	19	82	7	56	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85929022--85929099	25	3.2	24	82	8	88	17	23	17	41	1.91
85929042--85929118	22	3.4	22	81	5	82	18	22	18	41	1.90
85930256--85930294	4	9.8	4	89	10	62	79	0	0	20	0.73
85936176--85936201	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
85940288--85940455	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
85940283--85940455	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
85943877--85943953	40	1.9	40	100	0	154	29	25	20	23	1.99
85946581--85946676	41	2.5	40	81	6	108	30	27	16	26	1.97
85946954--85946979	13	2.0	13	100	0	52	61	23	7	7	1.49
85947645--85947709	8	8.4	7	78	18	51	52	1	1	44	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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