Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  283  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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T
Entropy
(0-2)
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1.20
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Period
Size
Copy
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Size
Percent
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Indels
Score
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Period
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Score
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2.0
18
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50
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87772555--87772584
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0
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17
2.4
17
83
8
55
67
0
30
2
1.04
87791895--87791925
15
2.1
15
100
0
62
32
12
35
19
1.90
87792371--87792400
5
6.0
5
100
0
60
40
0
0
60
0.97
87796151--87796224
27
2.7
27
75
8
78
39
18
22
18
1.93
87796282--87796333
27
1.9
27
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0
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23
5
34
36
1.79
87796326--87796397
27
2.7
27
82
0
90
40
15
25
19
1.90
87796414--87796468
27
2.0
27
92
0
92
36
20
27
16
1.93
87804001--87804115
17
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18
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9
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36
2
1
59
1.22
87804006--87804117
8
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2
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58
1.22
87804004--87804114
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37
2
1
57
1.23
87812406--87812448
10
4.3
10
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0
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11
0
79
0.95
87814089--87814130
22
1.9
22
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9
14
1.71
87814196--87814264
20
3.2
20
72
22
52
8
1
31
57
1.38
87814606--87814674
9
7.2
10
75
18
58
28
5
1
63
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87814606--87814688
18
4.4
18
81
13
87
31
4
1
62
1.23
87815023--87815082
20
2.9
21
75
12
52
33
3
8
55
1.47
87815685--87815796
57
2.0
57
98
0
215
24
30
13
32
1.93
87817563--87817609
19
2.5
19
86
6
60
27
19
8
44
1.79
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6
6.3
6
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0
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50
13
36
0
1.42
87820352--87820391
12
3.2
12
89
3
62
57
10
30
2
1.45
87821585--87821711
66
1.9
66
95
0
227
32
19
12
35
1.90
87821826--87822716
44
20.5
43
73
9
417
36
21
22
20
1.96
87821775--87822679
43
20.8
42
71
12
379
36
21
21
20
1.96
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87
72
12
535
36
22
21
19
1.95
87821763--87822629
132
6.6
131
83
6
1059
36
22
21
19
1.95
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175
1.9
175
85
2
463
36
21
20
22
1.96
87822734--87822932
68
2.9
68
85
6
260
29
21
21
28
1.98
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44
23.6
44
70
12
502
31
19
23
26
1.98
87823044--87824108
88
12.2
86
69
12
591
30
19
23
26
1.98
87822986--87823897
132
7.0
132
93
2
1471
31
19
23
26
1.98
87822990--87824083
132
8.4
130
89
4
1261
31
19
23
26
1.98
87823875--87824122
132
1.9
132
96
0
460
31
19
23
25
1.98
87824436--87824493
25
2.5
22
76
15
71
17
50
12
20
1.78
87824436--87824502
25
2.9
22
72
20
64
20
49
10
19
1.77
87824979--87825047
9
7.2
10
75
18
58
28
5
1
63
1.26
87824979--87825061
18
4.4
18
81
13
87
31
4
1
62
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87825392--87825451
20
2.9
21
75
12
52
33
3
8
55
1.47
87836046--87836186
57
2.5
57
77
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142
29
22
18
29
1.97
87839391--87839474
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2.7
31
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1
143
27
25
17
29
1.98
87839498--87839589
42
2.2
42
90
0
139
34
20
14
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1.92
87839722--87839780
25
2.4
27
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16
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25
22
20
32
1.98
87839830--87839916
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20
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2
131
29
18
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1.84
87840716--87840870
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1.83
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142
32
8
21
38
1.83
87840971--87841157
55
3.4
54
74
6
153
34
7
21
36
1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          321   322   323   324   325