genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952313--1952383	27	2.7	26	81	16	76	59	2	1	36	1.21
1952582--1952638	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
1955577--1955608	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1958079--1958104	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
1959234--1959272	12	3.2	12	92	0	60	23	35	2	38	1.68
1961357--1961406	24	2.1	23	85	3	64	46	0	0	54	1.00
1969216--1969252	18	2.0	19	89	5	58	67	18	10	2	1.32
1975730--1975772	22	2.0	22	86	8	63	53	0	0	46	1.00
1981416--1981452	13	2.8	14	76	16	51	40	0	8	51	1.32
1984152--1984422	48	5.5	49	84	7	268	25	36	22	15	1.94
1984152--1984422	96	2.8	96	83	5	321	25	36	22	15	1.94
1984215--1984439	48	4.4	54	90	4	294	26	35	20	17	1.95
1987690--1987824	51	2.7	50	78	9	132	37	10	5	46	1.62
1989808--1989888	33	2.5	33	85	0	99	33	25	18	22	1.97
1989856--1990004	51	2.9	51	83	0	190	28	25	20	24	1.99
1989899--1989971	18	4.2	18	68	10	53	31	23	19	26	1.98
1990090--1990424	33	10.2	33	81	2	273	32	27	18	21	1.97
1990075--1990424	66	5.3	66	75	4	319	32	26	18	22	1.97
1990039--1990251	99	2.2	99	86	0	291	32	26	17	23	1.97
1990129--1990193	18	3.8	17	76	12	62	35	27	13	23	1.93
1990202--1990259	18	3.4	18	69	13	59	27	24	22	25	2.00
1990268--1990313	15	2.7	18	74	19	53	28	36	17	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1990072--1990425	99	3.6	99	80	3	327	32	27	18	21	1.97
1990396--1990466	18	4.1	18	68	17	51	36	25	14	23	1.92
1990376--1990575	51	4.0	51	68	13	146	36	24	17	23	1.95
1990264--1990575	150	2.1	150	79	1	329	35	25	17	21	1.95
1990441--1990691	99	2.5	98	79	2	268	37	24	15	21	1.93
1990414--1990697	33	8.6	33	76	0	237	37	24	15	22	1.93
1993081--1993123	5	9.0	5	82	10	54	55	0	2	41	1.12
1993081--1993123	19	2.3	19	88	8	61	55	0	2	41	1.12
1995661--1995808	53	2.9	48	75	11	134	57	6	6	29	1.50
1995661--1995732	27	2.9	25	78	17	71	61	6	5	26	1.44
1995723--1995839	51	2.3	49	73	15	114	56	5	6	31	1.48
1997218--1997259	21	2.0	21	85	0	57	7	0	16	76	1.00
1998568--1998606	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
2001629--2001895	46	5.8	46	90	1	340	40	14	23	20	1.89
2004365--2004445	33	2.5	33	85	0	99	33	25	18	22	1.97
2004413--2004561	51	2.9	51	83	0	190	28	25	20	24	1.99
2004456--2004528	18	4.2	18	68	10	53	31	23	19	26	1.98
2004647--2004981	33	10.2	33	80	3	248	31	26	19	22	1.98
2004596--2004813	99	2.2	99	86	0	292	32	26	18	22	1.97
2004686--2004750	18	3.8	17	76	12	62	35	27	13	23	1.93
2004759--2004816	18	3.4	18	72	13	68	25	24	24	25	2.00
2004825--2004870	15	2.7	18	74	19	53	28	36	17	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004627--2004982	132	2.7	132	83	1	464	32	26	19	22	1.97
2004920--2005017	51	1.9	51	85	4	135	34	25	19	20	1.96
2004971--2005221	33	7.6	33	73	3	191	37	26	15	20	1.92
2004621--2005017	132	3.0	128	79	6	425	32	26	19	21	1.97
2005029--2005218	99	1.9	99	84	2	256	38	26	13	21	1.91
2009164--2009203	19	2.1	19	100	0	80	35	10	0	55	1.34
2009495--2009606	20	5.8	20	72	14	83	63	5	9	21	1.45
2009487--2009607	36	3.2	36	77	12	118	64	4	9	21	1.41
2010302--2010352	25	2.0	25	85	7	68	39	0	1	58	1.09
2010942--2010997	18	3.3	17	73	14	53	30	25	19	25	1.98
2010927--2011109	51	3.6	50	83	2	195	31	25	19	24	1.98
2011383--2011470	33	2.7	33	83	3	106	39	22	17	20	1.92
2011211--2011469	84	3.1	84	80	0	284	33	26	19	20	1.97
2011374--2011489	33	3.5	33	77	11	103	39	22	15	22	1.91
2013808--2013947	39	3.6	39	91	0	226	37	22	25	13	1.91
2016438--2016479	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2017851--2017966	19	6.0	21	77	18	76	38	14	8	37	1.77
2017870--2017966	36	2.7	38	83	15	143	37	15	9	38	1.80
2017877--2017966	19	4.9	19	86	10	143	37	14	10	37	1.80
2022171--2022285	27	4.3	26	83	5	131	36	21	23	18	1.95
2022171--2022285	54	2.1	54	82	3	151	36	21	23	18	1.95
2023902--2023985	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024691--2024754	17	3.8	18	76	16	75	59	0	1	39	1.07
2024691--2024754	15	4.0	16	79	20	64	59	0	1	39	1.07
2025233--2025304	19	3.9	18	87	10	103	36	13	11	38	1.81
2025226--2025304	35	2.2	37	86	13	121	35	15	10	39	1.81
2025247--2025302	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
2025548--2025602	22	2.5	22	84	3	65	30	12	9	47	1.73
2025563--2025606	22	2.0	22	100	0	88	22	18	9	50	1.75
2028143--2028179	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
2028143--2028200	18	3.1	19	82	12	66	36	0	6	56	1.26
2029347--2029782	99	4.5	98	77	6	413	35	23	15	25	1.94
2029428--2029782	33	11.0	33	68	10	160	34	23	16	25	1.95
2029374--2029614	66	3.7	66	73	5	159	36	24	14	23	1.93
2029534--2029782	90	2.7	92	79	5	268	33	22	17	26	1.96
2029796--2029998	33	6.2	33	72	2	156	36	24	14	24	1.93
2029701--2029859	81	2.0	81	83	2	203	32	25	16	25	1.97
2029782--2029978	99	2.0	99	83	2	252	35	25	14	23	1.94
2029962--2029998	15	2.2	17	86	13	51	37	27	10	24	1.88
2031487--2031588	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
2031488--2031624	60	2.3	59	83	8	161	25	24	20	29	1.99
2031943--2032005	26	2.4	27	83	2	74	28	14	25	31	1.95
2033081--2033138	25	2.3	25	82	8	64	72	1	8	17	1.18
2035904--2036079	3	58.7	3	68	16	80	60	3	7	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036146--2036184	19	2.0	20	90	5	62	66	5	0	28	1.12
2036357--2036455	31	3.2	32	86	8	143	77	15	4	3	1.03
2038824--2038859	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
2045562--2045730	71	2.4	69	85	3	205	28	13	23	35	1.92
2045742--2045897	72	2.2	71	90	3	249	23	15	21	39	1.92
2045901--2046261	183	2.0	183	99	0	713	26	16	22	34	1.95
2046084--2046503	140	3.0	140	97	1	788	25	17	20	36	1.94
2046531--2046626	49	2.0	49	100	0	192	30	15	20	33	1.94
2046583--2047049	153	3.1	148	83	6	503	31	16	18	33	1.93
2046583--2047214	79	8.1	76	79	10	539	30	16	18	34	1.93
2046583--2047053	151	3.1	148	81	9	499	31	16	18	33	1.94
2047196--2047257	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
2047927--2048028	33	3.1	32	87	9	136	74	16	3	4	1.14
2048808--2048909	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
2051042--2051166	45	2.8	45	86	4	180	28	24	19	28	1.98
2051172--2051498	43	7.6	43	69	10	182	21	24	19	34	1.96
2051178--2051772	86	6.9	87	84	2	651	21	23	20	34	1.97
2051215--2051772	44	12.8	44	63	13	156	21	24	20	34	1.97
2062522--2062888	46	8.0	46	92	1	540	38	14	24	21	1.92
2071690--2071797	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2079050--2079157	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2081592--2081630	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084094--2084320	33	6.9	33	74	5	163	34	27	15	22	1.94
2084086--2084241	66	2.4	66	84	2	206	35	28	14	21	1.93
2084147--2084419	99	2.7	100	80	2	264	38	26	13	22	1.91
2085727--2085774	26	1.9	24	83	8	60	29	6	4	60	1.40
2085742--2085885	78	1.8	78	81	8	177	31	9	4	54	1.51
2085820--2085892	26	2.8	25	78	15	69	34	4	2	58	1.31
2085901--2085947	24	2.0	24	82	0	58	34	8	6	51	1.58
2086024--2086097	30	2.2	34	72	22	84	24	13	9	52	1.70
2086042--2086100	30	2.0	30	100	0	118	23	18	10	47	1.79
2089740--2089842	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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