genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42084265--42084483	46	4.7	46	79	9	248	29	29	19	21	1.98
42086374--42086467	44	2.0	49	86	12	135	59	4	6	29	1.41
42087293--42087350	22	2.6	22	83	8	64	41	18	6	32	1.78
42092557--42092602	7	6.9	7	95	5	78	28	0	0	71	0.86
42092748--42092842	47	2.0	47	82	8	113	31	18	9	40	1.83
42092859--42093245	37	10.6	37	76	7	301	26	19	14	39	1.91
42092843--42093241	73	5.5	72	79	7	333	25	19	15	39	1.91
42092859--42093237	110	3.5	108	78	9	349	26	20	14	39	1.91
42093192--42093271	38	2.1	38	83	0	97	22	26	18	32	1.97
42095136--42095286	74	2.0	75	84	3	198	27	23	27	21	1.99
42095523--42095574	26	2.0	26	100	0	104	30	11	19	38	1.87
42097028--42097082	15	3.7	15	79	20	53	12	7	18	61	1.53
42099570--42099689	46	2.6	46	82	11	140	30	17	29	22	1.97
42105608--42105791	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
42105648--42105836	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
42116098--42116190	28	3.3	28	92	0	150	35	26	8	29	1.86
42116296--42116385	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
42116308--42116396	27	3.2	28	82	4	81	23	26	17	31	1.97
42116296--42116410	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
42122725--42122792	23	3.0	23	76	8	75	33	13	20	32	1.91
42122698--42122841	46	3.1	46	75	11	141	36	16	18	27	1.93
42122733--42122843	23	4.8	23	80	2	114	33	16	21	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42122789--42122843	24	2.3	24	90	3	85	36	18	23	21	1.95
42127928--42128024	42	2.3	42	87	0	131	17	21	37	23	1.94
42131197--42131309	23	4.8	23	71	14	88	28	22	16	32	1.96
42132882--42133104	96	2.3	96	85	0	293	26	20	29	23	1.99
42132890--42133104	48	4.5	48	75	2	207	26	19	29	24	1.98
42137692--42137800	37	2.9	37	90	0	164	27	31	18	22	1.97
42137845--42138087	48	5.1	48	93	0	378	30	26	6	36	1.83
42140647--42140815	45	3.8	45	79	3	171	21	17	15	45	1.85
42140558--42140814	90	2.9	90	78	6	227	22	17	15	43	1.87
42143512--42143735	46	4.8	46	75	9	168	25	31	16	26	1.97
42144117--42144197	30	2.7	30	96	0	144	34	27	7	30	1.84
42150298--42150358	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
42163303--42163393	45	2.0	45	89	4	139	36	14	9	39	1.79
42163391--42163462	36	2.0	36	83	0	90	31	8	9	50	1.65
42165143--42165338	40	4.9	40	90	3	274	27	19	26	26	1.99
42165156--42165398	80	3.1	79	83	8	239	27	20	25	25	1.99
42168744--42168925	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
42168744--42168925	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
42177529--42177759	24	9.6	24	96	0	372	36	24	18	20	1.95
42184728--42184934	24	8.6	24	97	0	342	36	25	17	20	1.95
42186001--42186198	40	4.9	40	88	4	260	26	20	26	26	1.99
42187753--42187782	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42189933--42189980	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
42190024--42190082	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
42190028--42190082	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
42190134--42190180	24	2.0	24	95	0	85	23	21	23	31	1.98
42190396--42190490	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
42194177--42194219	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
42197783--42198213	233	1.8	235	89	1	677	33	11	28	25	1.91
42198135--42198210	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
42197814--42198213	47	8.6	47	92	1	615	34	12	28	25	1.92
42197814--42198302	233	2.1	233	84	3	624	33	11	28	25	1.91
42198227--42198317	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
42201068--42201163	40	2.5	38	78	6	111	39	36	9	14	1.79
42206287--42206418	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
42206258--42206418	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
42215603--42215636	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
42216755--42216802	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
42216850--42216905	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
42216839--42216905	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
42216955--42217121	23	7.1	23	93	2	262	27	21	20	29	1.98
42216954--42217128	24	7.4	23	92	2	251	28	21	21	29	1.99
42216955--42217128	47	3.7	46	87	5	249	27	21	21	29	1.99
42217335--42217398	31	2.1	30	88	2	92	37	14	23	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42223616--42223836	40	5.6	40	85	4	288	26	28	22	22	1.99
42226706--42226887	40	4.5	40	88	2	231	26	22	27	23	2.00
42234310--42234384	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
42234368--42234441	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
42235588--42235619	16	2.1	16	88	11	50	9	12	0	78	0.97
42241704--42241851	56	2.7	55	84	4	181	29	32	18	19	1.96
42244892--42244946	17	3.1	18	77	10	51	78	1	14	5	1.02
42246105--42246197	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
42246105--42246210	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
42252783--42252835	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
42253991--42254149	29	5.6	27	75	12	108	26	16	32	24	1.96
42253991--42254082	29	3.2	29	87	3	125	31	16	28	23	1.96
42258792--42258958	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
42259443--42259499	28	2.0	28	100	0	114	29	21	28	21	1.98
42266811--42266961	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
42266848--42266977	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
42266810--42266977	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
42273153--42273470	47	6.8	45	72	15	202	27	18	29	24	1.98
42273161--42273469	94	3.3	92	79	8	322	27	18	29	24	1.98
42273768--42273804	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
42276985--42277150	40	4.2	40	78	3	174	25	27	21	25	2.00
42276976--42277150	80	2.2	80	79	5	194	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42284104--42284417	94	3.4	93	80	7	352	28	18	28	23	1.98
42284099--42284457	47	7.6	48	72	12	221	28	18	29	23	1.98
42284718--42284752	2	17.5	2	87	0	52	48	0	0	51	1.00
42285741--42285884	50	2.9	47	80	9	171	25	27	17	29	1.97
42285993--42286030	20	2.0	20	89	5	60	52	18	0	28	1.45
42292748--42293022	3	93.0	3	66	11	113	27	6	5	60	1.46
42293308--42293344	18	2.1	18	85	14	51	32	10	2	54	1.49
42295323--42295401	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
42295512--42295623	44	2.5	44	80	11	131	26	19	25	27	1.99
42300166--42300251	46	1.9	45	85	4	120	31	29	19	19	1.97
42314804--42314833	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
42320945--42320974	9	3.3	9	100	0	60	33	0	20	46	1.51
42324730--42324885	78	2.0	78	97	0	294	33	32	6	28	1.82
42327243--42327322	24	3.3	25	84	8	87	32	21	22	23	1.98
42327241--42327312	24	2.9	24	87	4	99	31	20	23	23	1.98
42327255--42327323	24	2.9	23	89	6	95	34	17	23	24	1.96
42333190--42333297	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
42336161--42336254	48	2.0	48	93	0	161	24	13	29	31	1.94
42336224--42336447	48	4.6	48	77	6	204	28	18	25	26	1.98
42336572--42336612	20	2.0	20	95	0	73	39	14	21	24	1.91
42339322--42339572	63	3.8	63	77	12	213	24	29	15	30	1.96
42340238--42340298	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42343619--42343650	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
42346314--42346401	29	3.1	29	88	1	142	29	28	14	27	1.95
42348276--42348456	39	4.6	39	86	3	231	23	30	22	24	1.99
42355705--42355887	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
42358652--42358967	50	6.3	50	76	6	307	29	25	17	27	1.98
42360278--42360394	49	2.4	50	89	4	175	23	17	29	29	1.97
42360606--42360635	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
42361509--42361540	16	2.1	15	94	5	55	12	12	31	43	1.80
42363599--42363780	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
42363597--42363780	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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