genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59657527--59657562	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
59660888--59661043	29	5.3	29	76	5	154	39	14	23	23	1.91
59660893--59661043	58	2.6	58	90	2	241	39	13	23	23	1.90
59664922--59665185	49	5.4	49	97	0	465	28	9	32	29	1.88
59670251--59670286	18	2.0	18	88	0	54	55	33	0	11	1.35
59675407--59675482	39	2.0	39	89	2	118	23	15	22	38	1.93
59676079--59676354	140	2.0	140	95	0	498	31	13	25	29	1.93
59680666--59680768	20	4.6	21	68	27	70	52	1	4	40	1.34
59683265--59683312	24	2.0	24	91	0	78	43	2	22	31	1.65
59683756--59683802	20	2.3	21	77	7	60	36	14	12	36	1.85
59686694--59686911	40	5.5	40	92	2	334	24	27	23	23	2.00
59689682--59689755	34	2.2	34	85	2	96	29	24	22	22	1.99
59691993--59692198	40	5.2	40	84	1	254	26	27	21	24	1.99
59700047--59700252	40	5.2	40	88	1	299	25	27	22	23	2.00
59703094--59703277	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
59703134--59703322	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
59711233--59711333	40	2.5	41	84	10	129	24	26	29	18	1.98
59716692--59716795	29	3.6	29	88	2	145	25	32	15	26	1.95
59717437--59717731	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
59724493--59724595	29	3.6	29	90	0	152	24	33	15	27	1.95
59724464--59724595	58	2.3	58	79	0	147	24	34	15	25	1.95
59725239--59725535	143	2.1	143	99	0	585	39	29	10	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59727163--59727226	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
59743132--59743172	21	2.0	21	85	0	55	48	14	2	34	1.57
59749346--59749517	45	3.8	46	76	16	187	20	19	29	29	1.97
59749342--59749510	91	1.8	92	91	3	279	21	20	29	28	1.98
59756889--59757064	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
59756886--59757057	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
59761877--59762042	47	3.6	47	96	0	298	33	10	28	26	1.90
59761949--59762023	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
59762010--59762071	30	2.1	30	96	0	115	33	11	25	29	1.91
59761916--59762143	124	1.8	124	90	1	368	32	11	29	26	1.91
59762040--59762143	47	2.2	47	86	3	138	32	10	30	25	1.90
59762117--59762298	46	4.0	46	89	2	260	34	9	31	24	1.87
59762117--59762298	91	2.0	92	86	3	260	34	9	31	24	1.87
59763778--59764054	39	7.4	39	89	9	420	25	20	27	26	1.99
59763781--59764054	77	3.7	76	90	8	415	25	20	27	26	1.99
59763983--59764042	29	2.1	29	100	0	120	28	16	26	28	1.97
59764141--59764238	28	3.5	27	82	8	124	20	17	29	32	1.95
59764082--59764246	57	2.9	57	84	2	210	23	18	28	29	1.98
59768040--59768460	47	9.1	47	93	2	665	34	10	28	26	1.90
59768434--59768616	46	4.0	46	91	0	267	33	10	31	24	1.89
59774327--59774491	39	4.2	40	82	3	183	24	26	21	26	2.00
59774342--59774491	79	1.9	78	83	6	196	24	27	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59775314--59775359	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59782313--59782478	40	4.2	40	83	4	194	25	26	21	26	2.00
59783298--59783343	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59788160--59788226	35	1.9	35	100	0	134	50	8	5	34	1.58
59790123--59790319	40	4.9	40	91	4	294	28	20	25	24	1.99
59790136--59790380	79	3.1	78	84	7	246	28	20	25	24	1.99
59797612--59797769	77	2.1	77	93	0	271	36	24	15	24	1.94
59804048--59804147	49	2.0	49	86	0	137	25	11	20	44	1.84
59806774--59806968	40	4.8	40	78	6	198	26	26	22	24	2.00
59812593--59812725	24	5.5	24	86	3	135	26	15	21	36	1.94
59817858--59818041	40	4.7	39	78	8	167	27	26	20	25	1.99
59834914--59834971	29	2.0	29	96	0	107	27	13	15	43	1.85
59839993--59840078	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
59840127--59840394	48	5.6	48	94	0	437	29	27	8	33	1.87
59840372--59840494	47	2.6	47	96	0	219	29	30	8	31	1.88
59840122--59840441	144	2.2	143	85	3	365	29	27	8	34	1.86
59843965--59844471	40	12.8	40	93	2	830	26	27	20	26	1.99
59846368--59846453	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
59846502--59846721	48	4.6	48	92	0	341	29	27	8	34	1.87
59846699--59846868	47	3.6	47	97	0	313	29	30	8	31	1.87
59846502--59846862	96	3.8	93	81	7	329	29	28	8	33	1.87
59846502--59846768	144	1.9	143	84	3	349	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59854419--59854642	40	5.7	40	90	5	282	25	26	21	27	1.99
59854447--59854642	40	4.9	40	91	6	287	24	26	21	28	1.99
59862611--59862834	40	5.7	40	87	6	264	25	25	21	27	1.99
59862639--59862834	40	4.9	40	89	6	269	25	24	21	28	1.99
59862639--59862827	79	2.4	77	87	8	265	25	23	20	29	1.99
59868640--59868753	39	2.9	39	89	1	174	22	21	32	22	1.98
59868641--59868783	39	3.6	39	86	0	169	23	23	31	22	1.98
59878185--59878221	16	2.3	16	85	0	56	5	24	18	51	1.67
59883634--59883818	79	2.3	82	82	9	222	24	24	27	23	2.00
59883635--59883826	40	4.8	40	77	8	169	25	24	28	22	2.00
59883634--59883851	79	2.7	79	78	7	176	25	23	27	23	2.00
59891674--59891858	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
59891675--59891866	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
59891674--59891891	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
59903172--59903379	40	5.2	40	80	2	184	25	23	26	24	2.00
59903174--59903379	80	2.6	80	81	3	209	25	23	26	24	2.00
59909692--59909821	40	3.2	40	81	9	158	25	26	23	23	2.00
59909708--59909859	40	3.8	40	80	5	155	23	26	23	26	2.00
59909708--59909859	80	1.9	80	82	5	191	23	26	23	26	2.00
59921784--59921896	37	3.1	37	90	0	181	29	30	17	22	1.97
59922046--59922192	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
59922151--59922295	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59926076--59926112	19	2.0	19	89	5	58	67	5	0	27	1.12
59927138--59927239	29	3.5	29	89	0	141	28	28	15	27	1.96
59927493--59927536	16	2.8	16	82	6	54	13	20	15	50	1.78
59928770--59928801	16	2.0	16	100	0	64	6	6	37	50	1.53
59930197--59930227	11	2.8	11	95	0	53	25	9	9	54	1.63
59932352--59932465	39	2.9	39	94	0	192	22	20	29	27	1.98
59938305--59938420	29	4.0	29	79	7	112	29	25	13	31	1.94
59945685--59945756	35	2.1	35	94	0	126	19	26	18	36	1.94
59951043--59951069	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
59953265--59953340	34	2.2	34	79	4	82	25	18	23	32	1.97
59954634--59954676	22	1.9	23	90	4	70	41	0	4	53	1.21
59956894--59957060	40	4.2	41	83	5	182	25	26	21	26	2.00
59957882--59957927	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59971635--59971711	29	2.7	29	81	2	93	22	32	18	27	1.97
59979791--59979957	43	3.9	43	75	6	151	32	25	14	26	1.95
59982017--59982242	41	5.5	41	85	3	269	30	26	16	26	1.96
59993198--59993239	11	3.7	12	81	18	54	78	0	2	19	0.86
59993210--59993241	17	1.9	16	93	6	55	81	0	0	18	0.70
59994696--59994875	39	4.6	40	85	0	213	23	30	22	23	1.99
59994724--59994876	39	3.9	39	88	0	225	23	31	21	23	1.98
60018659--60018755	42	2.3	42	80	5	106	32	23	16	26	1.96
60024595--60024624	13	2.3	13	100	0	60	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60024608--60024668	31	2.0	31	100	0	122	45	18	9	26	1.80
60024759--60024958	27	7.4	27	86	0	229	24	20	20	35	1.96
60027277--60027440	43	3.8	43	78	7	163	32	25	18	24	1.97
60033086--60033123	7	5.4	7	81	12	51	57	28	2	10	1.45
60035703--60035823	46	2.6	45	79	8	120	27	18	29	24	1.98
60035800--60035927	47	2.6	49	83	8	165	27	17	30	24	1.97
60038631--60038731	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60044375--60044410	6	6.0	6	93	0	63	80	0	2	16	0.83
60046552--60046600	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60047419--60047585	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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