genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13129748--13129859	35	3.5	33	71	20	103	39	0	8	52	1.31
13129748--13129802	16	3.2	18	80	15	71	40	0	7	52	1.29
13132534--13132590	20	2.9	21	89	10	93	28	3	5	63	1.33
13135654--13135705	21	2.6	18	77	19	50	1	30	0	67	1.02
13136456--13136488	17	1.9	17	100	0	66	15	36	6	42	1.71
13136595--13136638	3	15.0	3	95	4	81	68	0	0	31	0.90
13139344--13139414	10	6.9	10	70	17	56	38	1	11	49	1.48
13139341--13139415	18	4.3	18	72	13	75	37	1	12	49	1.48
13139475--13139516	14	2.7	16	82	17	61	61	2	7	28	1.35
13140475--13140590	57	2.0	57	93	0	196	40	20	18	20	1.92
13145797--13145842	8	5.5	8	85	10	65	60	2	0	36	1.09
13145794--13145842	13	3.5	14	81	15	57	59	2	0	38	1.09
13150584--13150650	24	2.6	25	81	15	75	1	23	1	73	1.00
13151620--13151657	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
13160810--13161148	123	2.8	123	95	0	588	30	10	25	33	1.90
13161117--13161360	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
13167195--13167244	22	2.3	22	89	3	75	20	26	40	14	1.90
13168261--13168296	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
13184066--13184130	32	2.0	32	90	0	103	33	9	20	36	1.84
13197734--13197963	50	4.7	50	80	6	240	23	29	18	29	1.98
13200258--13200377	43	2.8	42	79	10	120	30	15	23	30	1.96
13203251--13203281	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13205765--13205811	23	2.0	23	100	0	94	31	8	12	46	1.72
13211406--13211484	40	1.9	42	85	10	110	20	39	22	17	1.92
13212422--13212592	47	3.7	45	77	7	139	24	27	19	28	1.98
13219484--13219745	46	5.6	45	77	5	193	23	27	20	28	1.99
13226601--13226772	47	3.7	45	85	6	195	23	29	19	28	1.98
13226609--13226772	46	3.5	46	84	7	165	23	29	18	28	1.98
13227828--13227873	21	2.2	21	100	0	92	43	17	15	23	1.87
13229445--13229491	21	2.2	21	88	0	67	25	31	21	21	1.98
13230362--13230445	39	2.1	40	88	2	125	34	20	8	36	1.83
13236414--13236483	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
13236414--13236495	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
13244399--13244468	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
13244399--13244480	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
13266443--13266474	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
13266721--13266813	28	3.3	28	95	3	161	34	27	7	30	1.85
13266919--13267000	28	3.0	27	85	7	112	20	25	21	31	1.98
13266929--13267019	27	3.2	28	82	4	94	21	25	19	32	1.97
13266919--13267034	55	2.1	56	82	7	139	18	23	21	36	1.95
13268953--13269078	39	3.2	39	95	0	216	21	21	30	26	1.98
13268953--13269116	39	4.2	39	88	2	206	21	22	29	26	1.99
13268953--13269143	78	2.5	78	82	5	201	20	22	29	27	1.98
13268971--13269148	39	4.6	38	81	6	148	20	22	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13271418--13271457	18	2.2	18	100	0	80	15	10	27	47	1.77
13276848--13277004	39	4.0	39	81	6	142	21	21	28	29	1.98
13281050--13281075	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
13286135--13286215	39	2.1	39	95	0	144	28	27	23	20	1.99
13292929--13293061	41	3.3	41	86	1	169	33	23	22	21	1.98
13293639--13293677	14	2.8	14	84	0	51	15	0	28	56	1.40
13293844--13293894	20	2.5	20	74	0	57	19	0	33	47	1.50
13293844--13293894	13	3.8	13	72	12	50	19	0	33	47	1.50
13294101--13294134	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
13296026--13296293	138	1.9	138	91	3	441	27	10	14	48	1.76
13298144--13298197	28	2.0	28	85	3	74	27	3	3	64	1.27
13298244--13298296	26	2.0	26	96	0	97	22	15	33	28	1.94
13298701--13298742	22	1.9	22	85	9	59	59	4	0	35	1.19
13304729--13304761	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
13310376--13310537	46	3.5	46	76	14	188	29	30	20	19	1.97
13310375--13310548	93	1.9	92	92	1	294	28	29	20	20	1.98
13313257--13313313	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
13315980--13316145	46	3.6	46	76	13	187	29	29	19	21	1.98
13315988--13316159	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
13319315--13319368	20	2.7	20	88	2	72	29	9	16	44	1.79
13321908--13321933	10	2.6	10	100	0	52	88	0	0	11	0.52
13324143--13324184	22	2.0	21	85	4	57	69	2	4	23	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13324935--13325023	40	2.2	40	87	0	133	20	31	15	32	1.94
13326644--13326768	40	3.2	40	81	1	135	24	26	22	27	2.00
13334610--13334776	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
13337960--13337993	9	3.8	9	88	0	50	29	26	0	44	1.55
13340622--13340646	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13341456--13341608	40	3.8	40	80	0	128	23	19	20	35	1.95
13341547--13341609	20	3.2	20	69	0	63	23	17	22	36	1.95
13342474--13342506	12	2.7	13	86	13	52	72	12	9	6	1.26
13342474--13342511	11	3.2	12	85	14	53	71	13	7	7	1.31
13353282--13353319	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
13357861--13357892	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
13364205--13364479	40	6.9	40	77	8	242	22	27	17	32	1.96
13364205--13364473	80	3.4	80	81	8	307	22	27	16	32	1.96
13369976--13370148	46	3.7	46	81	4	204	26	20	31	21	1.98
13371990--13372054	30	2.2	30	100	0	130	26	16	23	33	1.96
13379854--13379909	26	2.2	26	93	0	94	37	25	5	32	1.78
13384098--13384151	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
13385633--13385768	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
13389831--13390008	6	28.8	6	73	17	134	47	12	19	20	1.81
13389831--13390008	31	5.5	31	70	19	132	47	12	19	20	1.81
13389874--13390005	25	5.6	25	80	15	154	46	13	20	19	1.84
13389831--13390004	68	2.6	67	86	7	201	47	13	18	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13389862--13390008	68	2.2	68	92	2	242	47	12	19	20	1.81
13390127--13390186	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
13390187--13390362	67	2.6	67	92	0	298	30	22	28	18	1.97
13390588--13390731	27	5.3	27	86	3	157	25	20	18	36	1.94
13390713--13390783	27	2.6	27	77	4	81	32	4	23	39	1.74
13390740--13390896	81	1.9	81	82	5	192	33	7	21	38	1.80
13390765--13391188	27	15.7	27	81	1	449	31	9	20	38	1.84
13390821--13391188	54	6.8	54	90	1	551	32	9	19	38	1.84
13397766--13397891	42	3.0	42	84	3	164	30	26	13	30	1.94
13397982--13398130	31	4.8	31	89	3	210	26	26	19	27	1.99
13398106--13398234	50	2.5	51	86	5	190	25	25	17	31	1.97
13400007--13400116	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
13400007--13400156	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
13400182--13400212	14	2.2	14	100	0	62	25	29	25	19	1.99
13402549--13402583	16	2.1	18	89	10	56	37	14	2	45	1.59
13421317--13421362	22	2.1	22	100	0	92	28	30	0	41	1.56
13426423--13426468	9	5.3	9	78	19	53	36	13	8	41	1.75
13426645--13426725	23	3.6	23	81	3	101	37	22	25	14	1.93
13426645--13426735	23	4.0	23	72	14	73	37	21	25	15	1.93
13431152--13431378	119	1.9	119	92	1	384	32	14	17	35	1.91
13441741--13441773	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
13445009--13445218	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13453142--13453351	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
13461160--13461203	22	2.0	23	86	4	63	70	2	0	27	0.99
13469600--13469747	66	2.2	66	93	0	251	20	27	26	25	1.99
13470340--13470455	60	1.9	60	87	0	169	35	25	15	24	1.94
13471318--13471399	33	2.5	33	81	11	96	28	3	3	64	1.27
13471382--13471511	65	2.0	65	98	0	251	43	2	1	53	1.23
13473043--13473098	28	1.9	30	82	17	73	60	1	1	35	1.17
13473043--13473128	9	9.2	9	70	14	59	58	3	4	33	1.36
13473162--13473186	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13473238--13473286	11	4.5	11	89	0	71	24	0	0	75	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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