genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95154279--95154590	127	2.5	127	88	2	464	36	20	16	26	1.93
95161591--95161642	24	2.2	24	100	0	104	67	17	3	11	1.36
95161591--95161651	24	2.6	24	89	2	70	70	14	3	11	1.28
95163954--95164000	22	2.3	20	78	10	51	68	0	27	4	1.08
95171159--95171199	20	2.0	20	100	0	82	41	14	9	34	1.79
95172863--95172897	7	5.0	7	89	0	52	80	0	0	20	0.72
95174962--95175009	25	1.9	25	91	0	78	39	6	14	39	1.71
95179626--95179676	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
95179629--95179676	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
95180786--95180826	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
95185095--95185294	100	2.0	100	98	0	382	45	13	16	26	1.83
95190253--95190285	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
95212914--95213330	138	3.0	138	97	0	771	47	13	11	27	1.77
95217261--95217314	26	2.1	26	100	0	108	50	11	24	14	1.75
95220215--95220270	10	5.4	10	76	23	62	55	0	0	44	0.99
95220216--95220270	21	2.6	21	100	0	110	54	0	0	45	0.99
95220216--95220268	9	5.2	9	77	22	52	54	0	0	45	0.99
95223630--95223903	93	2.9	93	85	6	340	49	10	11	29	1.71
95224800--95224896	30	3.2	30	92	0	158	26	48	6	18	1.71
95224813--95224865	18	3.3	18	65	29	55	26	47	7	18	1.75
95225038--95225067	15	1.9	16	93	6	53	23	0	43	33	1.54
95225443--95225488	25	1.9	23	91	8	74	34	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95225819--95225866	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
95225819--95225870	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
95229239--95229374	72	1.9	70	85	5	186	44	22	5	27	1.74
95229684--95229732	2	24.5	2	95	0	89	46	0	0	53	1.00
95232650--95232712	9	7.0	9	72	18	51	34	0	1	63	1.04
95232652--95232712	27	2.3	27	88	5	88	34	0	1	63	1.04
95233592--95233616	10	2.5	10	100	0	50	76	0	8	16	1.02
95236298--95236329	9	3.6	9	91	0	55	46	15	9	28	1.77
95236352--95236392	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
95236417--95236441	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
95236418--95236452	18	1.9	18	94	0	61	8	2	48	40	1.49
95239649--95239715	31	2.2	32	84	10	86	53	11	10	23	1.68
95240180--95240243	33	1.9	33	93	0	110	39	12	10	37	1.78
95247592--95247623	6	4.9	7	88	11	50	90	0	9	0	0.45
95247592--95247624	13	2.5	13	90	0	57	90	0	9	0	0.44
95248597--95248706	26	4.2	26	90	0	175	33	5	23	37	1.78
95248597--95248706	52	2.1	52	98	0	211	33	5	23	37	1.78
95252591--95252624	4	8.2	4	87	6	50	79	0	20	0	0.73
95255882--95255922	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
95257339--95257375	19	2.0	19	89	5	58	29	0	13	56	1.37
95259492--95259537	23	2.0	23	100	0	92	52	13	8	26	1.69
95260220--95260262	7	6.1	7	78	10	52	44	13	2	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95260217--95260260	15	3.2	13	78	15	52	43	13	4	38	1.65
95263108--95263218	47	2.4	47	80	6	136	35	21	16	27	1.94
95266767--95266803	17	2.2	17	100	0	74	37	18	0	43	1.51
95271769--95271806	6	6.2	6	91	8	51	0	81	0	18	0.69
95271769--95271806	13	3.1	12	85	14	51	0	81	0	18	0.69
95271772--95271804	7	4.9	7	92	7	50	0	78	0	21	0.75
95277612--95277641	14	2.1	14	93	0	51	63	0	10	26	1.26
95277785--95277823	20	2.0	20	85	10	53	56	7	5	30	1.49
95277927--95278008	30	2.9	28	81	10	96	68	0	4	26	1.10
95277974--95278009	14	2.5	14	95	4	63	72	0	0	27	0.85
95277932--95278009	21	3.6	21	73	14	70	69	0	3	26	1.06
95286138--95286180	15	2.9	15	82	0	59	13	34	18	32	1.90
95287181--95287263	32	2.6	32	94	0	139	55	6	4	33	1.46
95290310--95290347	16	2.2	18	86	9	53	50	2	21	26	1.62
95292697--95292729	16	2.1	16	100	0	66	24	12	12	51	1.73
95311513--95311545	15	2.2	15	100	0	66	30	21	12	36	1.90
95314647--95314934	146	2.0	146	97	0	540	32	20	11	35	1.89
95314678--95314972	146	2.0	145	87	5	425	34	20	11	33	1.88
95315758--95315828	12	5.2	14	83	11	78	25	33	18	22	1.96
95316021--95316111	22	4.1	22	71	2	74	38	17	14	29	1.89
95316021--95316113	45	2.1	45	87	0	132	37	18	13	30	1.90
95316123--95316212	44	2.1	43	83	6	110	34	21	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95316406--95316480	15	4.9	15	72	6	60	30	18	16	34	1.93
95317876--95317911	19	1.9	19	88	5	56	36	11	19	33	1.87
95320405--95320433	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
95320564--95320606	19	2.3	19	84	8	52	32	6	9	51	1.61
95327767--95327842	38	1.9	39	86	5	109	36	3	7	51	1.50
95332023--95332074	22	2.4	22	87	3	79	38	5	7	48	1.56
95332027--95332071	21	2.1	21	88	8	65	37	6	6	48	1.56
95347473--95347497	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
95347803--95347832	13	2.2	14	94	5	53	76	23	0	0	0.78
95350304--95350331	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
95362651--95362693	18	2.4	18	96	0	77	25	16	4	53	1.62
95365141--95365185	25	2.0	24	83	16	60	60	0	28	11	1.31
95367133--95367779	326	2.0	326	94	0	1123	25	16	23	33	1.96
95370081--95370174	26	3.6	26	79	2	89	27	5	8	58	1.49
95372823--95372870	24	2.0	25	83	4	62	18	8	6	66	1.39
95380374--95380425	18	2.7	20	82	11	63	57	1	0	40	1.10
95383635--95383756	56	2.2	54	85	2	154	44	13	14	27	1.83
95385049--95385105	28	2.0	28	96	0	105	40	22	14	22	1.90
95386383--95386517	65	2.1	65	95	0	243	54	14	17	14	1.72
95391994--95392036	12	3.5	12	82	17	61	46	0	20	32	1.51
95391987--95392036	25	2.0	25	100	0	100	48	0	20	32	1.50
95391987--95392028	13	3.3	13	81	18	61	50	0	19	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95395560--95395780	110	2.0	110	87	0	316	28	16	23	31	1.96
95399374--95399418	11	4.1	11	94	5	74	64	0	0	35	0.94
95399397--95399431	8	4.1	8	86	13	52	74	0	0	25	0.82
95399376--95399423	11	4.5	11	87	10	55	68	0	0	31	0.90
95399374--95399433	18	3.1	18	86	13	68	68	0	0	31	0.90
95400304--95400345	22	1.9	22	100	0	84	42	14	4	38	1.66
95411470--95411716	123	2.0	123	87	0	359	23	38	10	27	1.87
95421023--95421058	18	1.9	18	88	5	54	30	2	2	63	1.22
95421205--95421248	19	2.3	18	84	7	52	54	11	0	34	1.36
95423119--95423434	105	3.0	105	97	0	587	14	21	21	42	1.88
95428379--95428414	17	2.1	17	89	0	54	69	8	2	19	1.27
95432286--95432804	259	2.0	259	97	0	975	25	15	22	36	1.93
95433625--95433820	42	4.8	42	80	5	204	26	21	25	26	1.99
95437667--95437863	42	4.8	42	82	6	233	26	25	20	27	1.99
95438684--95438721	19	2.0	20	94	5	69	60	0	2	36	1.11
95445066--95445109	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
95453733--95453869	42	3.3	42	81	0	148	23	24	24	27	2.00
95455812--95456046	116	2.0	116	99	0	461	30	34	11	24	1.90
95466078--95466112	16	2.1	16	89	5	52	68	5	0	25	1.11
95466107--95466163	21	2.6	22	83	8	64	70	8	0	21	1.14
95466100--95466163	21	3.1	21	76	12	62	70	9	0	20	1.14
95474851--95474911	30	2.0	30	100	0	122	19	9	22	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95478257--95478282	4	6.5	4	100	0	52	73	0	26	0	0.84
95484588--95484711	33	3.8	33	96	0	230	17	9	42	29	1.81
95488684--95488739	25	2.2	25	81	9	60	35	1	1	60	1.17
95488706--95488755	17	3.0	16	80	13	57	32	0	2	66	1.03
95488703--95488751	25	2.0	25	92	8	82	32	0	2	65	1.04
95489008--95489046	15	2.5	15	91	8	60	43	0	0	56	0.99
95489030--95489082	19	2.7	20	74	11	56	37	1	3	56	1.28
95492571--95492596	6	4.3	6	100	0	52	34	30	15	19	1.93
95504365--95504409	10	4.5	10	77	0	54	62	0	0	37	0.96
95504428--95504478	23	2.2	23	82	6	59	60	3	1	33	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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