genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98116576--98116621	24	1.9	24	90	0	74	30	0	0	69	0.89
98117680--98117705	12	2.2	12	100	0	52	30	0	15	53	1.42
98123737--98123772	18	2.0	18	94	0	63	36	11	25	27	1.90
98136670--98136740	30	2.3	31	83	9	83	43	0	2	53	1.15
98140278--98140396	55	2.1	56	87	1	168	36	20	14	29	1.92
98143700--98143739	19	2.1	19	100	0	80	55	10	25	10	1.64
98151088--98151127	15	2.7	14	85	11	53	27	2	7	62	1.35
98159813--98159884	35	2.1	35	100	0	144	34	26	11	27	1.90
98161644--98162364	372	1.9	373	86	0	1012	32	14	16	35	1.90
98163057--98163095	19	2.0	21	85	10	55	46	2	5	46	1.38
98163145--98163230	29	2.9	29	82	8	93	47	11	6	33	1.67
98163885--98164020	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
98176503--98176614	59	1.9	59	83	0	143	22	13	14	50	1.77
98180227--98180290	26	2.5	26	94	0	110	31	9	1	57	1.40
98181197--98181512	160	2.0	160	86	2	391	45	18	16	20	1.86
98190717--98190750	15	2.3	15	90	10	52	70	0	29	0	0.87
98196619--98196660	17	2.5	17	100	0	84	35	19	16	28	1.93
98196707--98196764	19	3.0	19	82	7	64	41	1	10	46	1.48
98206240--98206302	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
98206428--98206461	11	2.8	12	91	8	52	76	0	0	23	0.79
98207433--98207467	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
98207540--98207587	18	2.8	17	75	6	51	41	4	0	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98207543--98207577	18	1.9	18	88	0	52	40	2	0	57	1.14
98209171--98209210	20	2.0	20	90	0	62	47	2	0	50	1.14
98210257--98210297	17	2.5	17	82	17	52	58	0	0	41	0.98
98225386--98225460	33	2.3	33	83	4	89	37	10	4	48	1.57
98225701--98225742	12	3.7	11	81	15	50	78	0	19	2	0.86
98227085--98227149	33	2.0	33	87	0	94	32	7	26	33	1.85
98228675--98228704	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
98241476--98241515	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
98242354--98242399	19	2.3	19	85	7	56	63	2	2	32	1.19
98242354--98242406	21	2.6	20	80	16	56	60	1	3	33	1.26
98244943--98245093	75	2.0	75	97	0	284	46	9	16	27	1.79
98249538--98249722	101	1.8	101	81	2	228	34	9	15	40	1.80
98250108--98250170	31	2.0	30	81	9	72	53	1	4	39	1.31
98254014--98254059	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
98254642--98254706	30	2.2	30	88	0	94	26	23	29	21	1.99
98255260--98255311	9	6.0	9	78	14	56	46	40	0	13	1.43
98255218--98255289	16	4.5	16	80	16	78	47	40	1	11	1.48
98268034--98268175	49	2.9	49	75	8	146	21	15	24	38	1.92
98272685--98273113	216	2.0	215	96	0	795	28	16	14	40	1.88
98277370--98277598	46	5.0	46	89	1	316	40	15	23	20	1.91
98279109--98279186	39	2.0	39	89	0	120	30	21	1	46	1.60
98281940--98281995	27	2.1	27	100	0	112	44	23	7	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98283061--98284112	558	1.9	558	82	4	1314	35	19	14	30	1.92
98307907--98307954	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
98307968--98308062	45	2.2	43	88	7	138	28	6	13	51	1.65
98312635--98312682	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
98312696--98312787	42	2.2	43	94	2	159	28	4	14	53	1.59
98317524--98317587	23	2.8	23	80	7	67	56	1	0	42	1.09
98328298--98328345	24	2.0	24	91	0	78	25	4	12	58	1.52
98328300--98328351	24	2.2	24	85	0	68	23	7	13	55	1.63
98329725--98329749	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
98331807--98331882	38	2.0	38	89	0	116	11	17	13	57	1.64
98332103--98332181	37	2.1	37	100	0	158	56	16	13	12	1.66
98332222--98332253	10	3.1	11	91	8	50	50	43	0	6	1.27
98341005--98341047	16	2.6	17	85	7	61	69	2	11	16	1.28
98341007--98341057	21	2.4	21	81	18	61	72	1	7	17	1.18
98352292--98352319	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98352398--98352476	41	1.9	41	97	0	149	55	5	6	32	1.47
98353642--98353788	40	3.8	38	73	12	120	27	22	20	29	1.98
98353927--98353975	14	3.4	15	78	13	50	16	0	38	44	1.48
98354453--98354582	66	2.0	66	85	0	179	43	27	2	26	1.67
98354547--98354636	22	4.2	22	67	13	71	46	32	0	21	1.51
98354649--98354679	14	2.2	14	94	0	53	41	41	3	12	1.59
98356473--98356640	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98356468--98356640	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
98358141--98358201	21	2.8	21	73	14	61	67	1	1	29	1.10
98362638--98362712	29	2.5	29	78	8	71	41	2	5	50	1.39
98362861--98363179	43	7.4	43	88	3	421	23	18	27	30	1.98
98362861--98363179	85	3.7	85	90	1	460	23	18	27	30	1.98
98362861--98363179	128	2.5	127	87	4	435	23	18	27	30	1.98
98373654--98373735	21	3.8	21	90	3	110	32	26	25	14	1.95
98373640--98373742	42	2.4	43	80	3	127	36	24	22	16	1.94
98373665--98373735	21	3.3	21	96	4	124	32	28	26	12	1.93
98373640--98373747	21	5.0	23	80	7	75	36	24	22	17	1.95
98375551--98375709	42	3.6	42	78	12	149	28	25	15	30	1.96
98375584--98375683	49	2.0	49	96	0	182	30	27	14	29	1.95
98375550--98375756	91	2.3	89	80	5	220	29	26	14	29	1.95
98375778--98375864	31	2.8	31	91	0	138	26	27	19	26	1.99
98375840--98375967	50	2.5	51	89	2	195	26	23	16	33	1.96
98380559--98380583	6	4.2	6	100	0	50	36	0	48	16	1.46
98380981--98381016	17	2.1	17	100	0	72	44	16	11	27	1.82
98381798--98381908	53	2.1	53	86	3	152	29	33	18	18	1.95
98385072--98385122	5	10.0	5	95	4	93	41	0	0	58	0.98
98385069--98385125	15	4.1	15	77	22	70	43	0	0	56	0.99
98385051--98385122	20	3.4	21	88	9	103	45	0	0	54	0.99
98385157--98385217	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98386726--98386818	39	2.4	39	82	5	109	23	22	27	25	2.00
98386685--98386819	39	3.4	39	72	11	107	24	20	26	28	1.99
98392849--98392913	5	12.0	5	85	14	85	41	0	0	58	0.98
98392854--98392916	31	2.0	30	85	14	83	42	0	0	57	0.99
98392948--98393008	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
98394472--98394606	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
98396006--98396043	13	3.0	13	84	3	51	68	0	0	31	0.90
98395998--98396037	19	2.0	20	85	4	55	72	2	0	25	0.97
98398355--98398639	131	2.2	132	84	0	365	30	21	17	30	1.96
98398362--98398689	131	2.5	131	81	3	304	28	20	19	31	1.97
98401220--98401262	19	2.2	20	84	12	54	25	4	16	53	1.62
98405797--98405847	21	2.6	19	84	6	66	11	17	23	47	1.81
98421507--98421690	91	2.0	94	87	5	266	22	11	13	52	1.71
98421877--98421947	2	36.5	2	91	5	119	0	52	0	47	1.00
98423669--98423703	14	2.5	14	100	0	70	42	0	42	14	1.45
98430515--98430552	16	2.4	16	83	12	51	55	0	2	42	1.14
98432208--98432241	18	1.9	18	88	5	52	26	11	0	61	1.30
98442730--98442790	29	2.1	29	90	0	95	32	29	4	32	1.79
98471320--98471399	39	2.1	39	90	0	124	37	23	7	31	1.83
98476156--98476215	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
98476170--98476241	28	2.6	28	86	0	81	29	26	12	31	1.93
98478695--98478730	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98478682--98478722	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
98478845--98478978	39	3.4	38	72	9	92	28	27	20	23	1.99
98480483--98480521	6	6.5	6	96	0	69	0	17	0	82	0.68
98480488--98480529	18	2.2	18	87	8	57	0	19	0	80	0.70
98480593--98480650	5	11.0	5	82	10	71	56	1	0	41	1.09
98485569--98485749	18	9.7	18	69	12	105	41	14	9	34	1.78
98485559--98485676	36	3.2	36	80	3	121	43	15	6	34	1.73
98486115--98486148	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
98487086--98487123	2	19.5	2	83	5	51	57	0	0	42	0.98
98487086--98487123	16	2.4	16	95	4	69	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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