genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20536537--20536575	17	2.2	18	86	4	53	53	2	2	41	1.28
20538440--20538681	109	2.2	109	88	2	362	34	14	20	30	1.92
20551789--20551837	21	2.3	21	89	0	71	16	38	22	22	1.92
20555567--20555605	16	2.4	16	95	0	69	28	15	41	15	1.87
20563737--20563789	24	2.2	25	93	3	90	32	9	3	54	1.50
20565272--20565331	30	2.0	30	100	0	120	26	23	3	46	1.68
20567813--20567860	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
20567900--20567939	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
20567985--20568054	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
20567984--20568067	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
20567985--20568079	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
20575788--20575813	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
20584243--20584286	5	8.2	5	85	14	61	20	2	0	77	0.88
20584244--20584286	22	1.9	23	95	4	79	20	2	0	76	0.89
20584246--20584298	22	2.4	22	87	6	72	18	7	0	73	1.06
20591051--20591185	50	2.7	50	94	2	227	26	17	27	28	1.98
20597056--20597137	26	3.3	26	77	5	89	18	23	21	36	1.95
20597238--20597304	25	2.7	25	97	0	125	23	32	16	26	1.96
20597941--20597965	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20600379--20600405	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
20600418--20600447	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20612635--20612766	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20620592--20620723	29	4.6	29	80	9	128	26	25	15	31	1.96
20653272--20653424	77	2.0	77	97	2	290	22	16	24	35	1.95
20653288--20653412	37	3.3	37	63	18	94	20	15	27	36	1.93
20658344--20658369	8	3.2	8	100	0	52	38	23	26	11	1.89
20658968--20659007	19	2.0	20	85	4	55	67	5	2	25	1.23
20661345--20661373	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
20671367--20671425	29	2.0	29	100	0	118	20	20	10	49	1.77
20671966--20671996	12	2.6	12	89	0	53	87	0	9	3	0.66
20677723--20677785	23	2.8	22	75	15	58	33	0	1	65	1.03
20692075--20692106	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20694449--20694540	45	2.0	45	85	0	121	23	13	25	38	1.91
20702294--20702363	35	2.0	35	91	0	113	28	24	25	21	1.99
20706526--20706718	52	3.5	52	68	13	152	27	31	25	15	1.96
20706529--20706765	114	2.1	114	91	1	386	28	29	23	18	1.98
20708741--20708851	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
20717098--20717138	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
20717064--20717137	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
20722762--20722804	6	7.2	6	94	0	77	48	0	51	0	1.00
20723018--20723061	20	2.2	20	96	4	81	22	4	4	68	1.27
20726908--20727042	30	4.5	30	87	1	157	25	48	3	21	1.66
20727603--20727661	22	2.6	23	78	8	66	38	3	1	55	1.26
20727896--20727948	16	3.3	15	89	7	70	30	1	1	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20727896--20727948	8	6.6	8	82	8	63	30	1	1	66	1.13
20736190--20736352	70	2.3	71	97	1	310	35	17	27	19	1.94
20743934--20744117	40	4.6	40	82	4	228	22	27	24	25	2.00
20751980--20752164	40	4.6	40	82	3	228	22	27	24	25	2.00
20754973--20755050	34	2.3	34	82	6	88	23	6	23	47	1.74
20767874--20767942	24	2.8	25	78	14	72	62	4	0	33	1.15
20776352--20776449	47	2.1	47	98	0	187	33	25	13	27	1.93
20784899--20784993	38	2.5	39	79	5	113	38	15	12	32	1.85
20785869--20785909	18	2.2	20	87	12	61	73	0	24	2	0.96
20786378--20786498	57	2.1	56	83	7	154	28	19	5	47	1.72
20789044--20789082	20	2.0	20	100	0	78	64	15	10	10	1.50
20793588--20795439	620	3.0	620	95	1	3243	36	8	18	35	1.82
20797605--20797777	92	1.9	92	96	0	319	31	16	14	37	1.88
20798192--20798275	39	2.2	39	84	0	105	39	16	20	23	1.92
20807110--20807139	12	2.5	12	94	0	51	6	20	40	33	1.78
20812134--20812175	20	2.1	20	100	0	84	26	4	19	50	1.67
20812756--20812800	20	2.2	20	84	4	54	24	11	13	51	1.73
20814581--20814625	23	2.0	23	81	0	54	17	17	0	64	1.29
20816096--20816382	50	5.7	50	77	1	288	35	26	15	22	1.94
20816146--20816219	25	3.0	25	69	0	67	37	21	13	27	1.91
20816103--20816382	100	2.8	100	85	2	348	35	25	15	23	1.94
20816246--20816382	25	5.5	25	65	0	67	36	27	14	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20816079--20816368	150	1.9	150	81	2	350	34	25	16	24	1.95
20819532--20819632	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
20832009--20832126	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
20831978--20832140	71	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
20836393--20836775	73	5.0	73	77	11	331	27	16	22	33	1.95
20836527--20836557	14	2.3	14	94	5	55	12	12	9	64	1.50
20836762--20836789	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
20836687--20836870	91	2.1	86	84	7	226	26	16	19	38	1.92
20836795--20837020	74	3.0	73	87	5	319	29	18	21	30	1.97
20836631--20836937	165	1.9	162	88	4	465	27	16	21	33	1.95
20836941--20837114	94	1.9	94	85	2	242	28	20	19	31	1.97
20837035--20837396	79	4.5	79	76	13	333	29	17	19	33	1.95
20837034--20837398	77	4.5	77	75	14	261	29	16	19	33	1.94
20837193--20837354	88	1.8	88	86	2	236	25	17	20	35	1.95
20837378--20837438	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
20836391--20837607	253	5.0	246	82	9	821	28	16	20	34	1.94
20838308--20838426	30	4.0	30	96	0	211	25	50	3	21	1.64
20838308--20838472	30	5.5	30	88	1	208	26	48	3	21	1.67
20839020--20839095	25	3.0	25	77	9	82	38	5	2	53	1.37
20839055--20839121	35	1.9	35	84	6	91	35	4	2	56	1.35
20839110--20839168	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
20839126--20839174	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20839330--20839382	16	3.3	15	89	7	70	30	1	1	66	1.13
20839330--20839382	8	6.6	8	82	8	63	30	1	1	66	1.13
20841388--20841529	25	5.6	25	70	16	69	35	22	22	19	1.95
20841470--20841544	26	2.9	26	86	4	98	37	21	21	20	1.95
20841590--20841681	25	3.7	25	73	9	64	33	19	28	18	1.95
20842887--20842994	54	2.1	48	76	18	112	35	19	23	22	1.96
20842897--20843082	53	3.5	52	80	8	205	34	17	24	23	1.96
20849744--20849917	53	3.3	51	78	7	195	32	16	25	25	1.96
20852296--20852347	16	3.3	15	75	17	52	53	1	3	40	1.30
20854264--20854439	83	2.1	83	88	2	255	27	29	11	31	1.91
20859470--20859644	46	3.8	46	76	13	178	28	27	21	22	1.99
20859477--20859648	93	1.8	93	91	0	281	27	27	21	23	1.99
20859521--20859664	46	3.1	44	73	15	123	29	27	20	23	1.99
20860066--20860123	30	1.9	31	89	3	91	27	24	8	39	1.84
20872921--20873115	43	4.6	42	75	5	160	29	17	24	28	1.97
20876394--20876552	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.95
20876412--20876552	54	2.6	54	92	2	221	36	23	22	17	1.95
20878134--20878215	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
20878586--20878701	33	3.5	33	83	5	137	37	10	20	31	1.86
20878586--20878724	33	4.3	33	81	5	104	38	11	19	30	1.87
20878710--20878807	33	3.0	32	76	4	97	32	14	23	29	1.94
20890005--20890192	51	3.7	51	90	4	288	38	5	13	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20890116--20890192	22	3.2	22	67	22	55	36	5	14	44	1.67
20891849--20892042	96	2.0	96	83	2	246	37	16	32	13	1.88
20892975--20893058	22	3.5	22	66	20	60	40	4	14	40	1.67
20892938--20893124	51	3.7	51	94	0	293	37	5	13	42	1.69
20893048--20893124	22	3.2	22	67	22	55	36	5	14	44	1.67
20894754--20894787	18	2.0	17	88	11	52	76	2	5	14	1.09
20894838--20894896	27	2.2	27	87	0	82	16	30	37	15	1.90
20894975--20895023	3	17.3	3	79	12	59	63	0	36	0	0.95
20894975--20895013	8	4.8	8	81	6	51	66	0	33	0	0.92
20894976--20895017	22	1.9	22	90	0	66	66	0	33	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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