genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61954913--61955082	93	1.8	92	96	1	313	27	30	21	20	1.98
61954905--61955084	45	3.9	46	81	10	233	27	30	21	21	1.98
61958878--61958955	35	2.2	35	90	4	122	23	21	39	15	1.91
61959898--61959968	14	5.2	14	71	5	56	46	35	1	16	1.56
61960354--61961047	140	5.1	140	79	7	690	31	23	18	26	1.97
61960248--61961047	266	3.0	265	83	5	899	31	22	18	27	1.97
61963679--61963719	15	2.8	15	88	3	66	60	14	14	9	1.57
61969886--61970074	50	3.8	49	83	1	225	25	16	26	30	1.97
61969883--61970074	49	3.9	49	78	6	206	25	17	27	30	1.97
61971355--61971616	48	5.7	47	70	17	176	24	31	17	26	1.97
61972864--61972949	42	2.0	43	90	2	138	45	23	10	20	1.82
61981179--61981210	13	2.3	15	89	10	50	18	34	9	37	1.83
61983819--61984007	40	4.7	39	83	5	175	23	25	23	26	2.00
61999766--61999817	24	2.2	24	100	0	104	34	25	7	32	1.84
62004067--62004310	40	6.1	40	91	1	357	21	22	28	26	1.99
62012511--62012712	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
62012510--62012661	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
62021786--62021887	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
62025251--62025421	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
62025243--62025418	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
62030750--62030925	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
62030747--62030918	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62043666--62043838	50	3.5	48	84	3	247	26	18	26	29	1.98
62043661--62043846	99	1.9	98	97	1	354	25	19	25	29	1.99
62046838--62046902	15	4.4	15	72	16	55	10	15	12	61	1.56
62046834--62046901	30	2.3	30	82	7	86	10	14	16	58	1.62
62050976--62051110	29	4.7	29	83	4	148	24	31	15	28	1.96
62050951--62051101	58	2.6	57	77	3	149	24	34	15	25	1.94
62059349--62059415	35	1.9	35	93	0	116	29	8	31	29	1.88
62062536--62062628	42	2.2	43	80	5	109	27	19	24	27	1.99
62069207--62069428	40	5.6	40	91	1	349	24	22	26	26	2.00
62071362--62071470	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
62071616--62071752	50	2.8	49	87	6	215	30	26	7	35	1.84
62071615--62071880	47	5.6	49	80	14	211	27	28	10	33	1.89
62071722--62071914	47	4.1	47	87	4	266	26	29	10	33	1.90
62071675--62071885	94	2.2	95	85	5	277	26	29	11	33	1.91
62077825--62078207	48	8.0	48	92	0	595	35	6	26	31	1.81
62077825--62078207	144	2.7	144	94	0	658	35	6	26	31	1.81
62083818--62083920	55	1.9	55	82	6	129	24	29	30	16	1.96
62097125--62097260	27	5.1	27	85	4	152	16	23	20	39	1.91
62097125--62097243	54	2.2	54	88	5	170	15	24	22	37	1.92
62101123--62101329	40	5.2	40	81	5	213	26	22	26	25	2.00
62108974--62109181	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
62108975--62109181	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62114722--62114798	24	3.2	24	96	0	136	32	2	42	22	1.67
62116193--62116303	27	4.2	26	90	5	168	14	24	24	36	1.93
62118707--62118749	22	1.9	22	85	4	59	23	11	2	62	1.40
62118718--62118767	22	2.3	21	80	6	55	22	14	4	60	1.51
62125084--62125171	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
62127548--62127636	30	3.0	30	78	14	94	57	14	17	10	1.65
62127559--62127636	15	5.2	15	78	9	79	56	14	17	11	1.67
62130578--62130665	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
62133036--62133124	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
62133036--62133115	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
62133047--62133124	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
62136071--62136242	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
62136063--62136238	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
62140127--62140214	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
62142593--62142681	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
62142593--62142672	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
62142604--62142681	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
62145626--62145713	46	1.9	46	88	0	122	28	29	21	20	1.98
62154332--62154612	44	6.4	45	71	8	191	29	19	25	25	1.98
62154319--62154523	88	2.3	88	97	0	383	28	19	24	27	1.99
62154407--62154660	133	1.9	133	90	1	402	28	19	24	26	1.99
62156575--62156616	16	2.6	16	88	0	57	23	2	4	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62156868--62156913	24	2.0	23	86	4	65	21	13	2	63	1.40
62165778--62165847	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62165778--62165859	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62174126--62174153	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
62177914--62178003	42	2.1	42	83	4	110	30	14	23	32	1.94
62180093--62180234	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
62180132--62180260	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
62181324--62181361	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
62186624--62186792	6	27.3	6	67	18	89	47	14	18	18	1.82
62186645--62186733	25	3.6	25	87	0	133	47	14	20	17	1.83
62186688--62186770	37	2.2	37	89	0	121	45	15	19	19	1.85
62186663--62186792	62	2.1	62	95	0	233	47	14	18	19	1.82
62186725--62186792	25	2.7	25	88	0	100	47	14	19	19	1.83
62186663--62186770	31	3.5	31	75	9	121	46	14	19	19	1.84
62186688--62186792	31	3.4	31	75	15	117	47	15	18	19	1.83
62186912--62187018	27	4.0	26	79	12	92	38	17	23	20	1.93
62187176--62187240	22	3.0	22	80	8	78	32	21	24	21	1.98
62187617--62188056	27	16.3	27	84	4	444	26	20	17	36	1.94
62187619--62188054	81	5.4	81	86	1	563	26	20	16	36	1.94
62188039--62188207	27	6.3	27	78	4	144	31	8	20	38	1.84
62188074--62188215	27	5.3	27	83	4	153	29	9	21	39	1.84
62188074--62188215	53	2.6	53	81	3	160	29	9	21	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62190371--62190618	40	6.2	40	85	3	284	25	23	25	25	2.00
62197110--62197203	40	2.3	40	82	13	106	25	27	18	28	1.98
62202865--62202994	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
62202865--62203028	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
62210922--62211051	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
62210922--62211084	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
62212793--62212947	43	3.7	43	76	3	154	29	14	23	32	1.95
62213754--62213787	13	2.6	13	90	0	50	38	0	35	26	1.57
62215107--62215270	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62215107--62215304	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62222192--62222320	68	1.9	68	82	9	165	23	26	18	31	1.97
62228871--62229025	43	3.6	42	81	6	181	25	14	25	35	1.93
62232396--62232421	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
62233666--62233776	27	4.1	26	84	7	132	38	22	22	16	1.92
62233666--62233776	54	2.1	54	87	3	161	38	22	22	16	1.92
62241436--62241522	27	3.2	27	85	6	131	35	24	21	18	1.95
62241412--62241522	54	2.1	53	91	1	177	36	22	22	18	1.95
62245937--62246610	48	14.0	48	94	1	1104	36	6	25	31	1.81
62245935--62246609	244	2.8	241	93	2	1144	36	6	25	31	1.81
62250060--62250173	29	4.0	29	84	6	144	28	28	14	27	1.96
62250051--62250166	57	2.0	57	85	3	153	27	31	14	26	1.95
62251488--62251523	16	2.2	17	95	5	65	8	5	33	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62252720--62252810	45	2.0	45	100	0	182	35	28	4	31	1.77
62257719--62257782	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
62257975--62258143	24	7.0	24	88	8	245	27	21	20	30	1.98
62258197--62258296	20	5.0	20	95	0	182	33	20	12	35	1.89
62263265--62263401	50	2.7	50	84	2	186	27	20	26	26	1.99
62269610--62269638	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
62269802--62269869	2	34.0	2	100	0	136	0	0	50	50	1.00
62270681--62270790	42	2.7	38	84	8	130	21	22	24	30	1.99
62270680--62270759	42	1.9	42	94	0	142	21	21	25	32	1.98
62272993--62273168	46	3.8	45	77	12	196	21	19	28	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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