Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  260  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81293282--81293426
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13
5
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1.65
81293117--81293963
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2.1
30
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25
15
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81313921--81313961
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1.9
18
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3.4
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32
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1.52
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2
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33
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26
2.6
26
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1.20
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51
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10
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1.22
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9
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13
10
2
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1.18
81329496--81329542
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10
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0
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58
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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0
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2.6
50
79
13
140
52
2
0
45
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81331110--81331144
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0
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2.1
16
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0
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1.24
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21
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9
3.8
9
92
0
59
32
41
0
26
1.56
81360054--81360095
21
2.0
21
85
0
57
64
2
0
33
1.07
81368417--81368589
51
3.4
50
81
2
175
25
17
28
28
1.97
81368419--81368545
50
2.5
50
85
1
155
25
20
26
27
1.99
81368468--81368643
51
3.5
51
79
8
146
27
18
27
26
1.98
81371951--81371993
20
2.2
19
83
4
50
44
2
2
51
1.27
81372047--81372098
18
3.1
17
83
8
61
63
0
9
26
1.25
81372590--81372654
31
2.1
31
91
5
105
26
3
10
60
1.45
81374091--81374145
22
2.6
22
82
5
60
63
7
9
20
1.47
81374120--81374180
21
2.9
19
73
20
52
72
4
8
14
1.26
81374136--81374170
11
3.3
11
84
8
54
77
5
5
11
1.12
81374134--81374180
21
2.3
20
92
3
76
76
4
6
12
1.12
81374134--81374172
10
3.8
10
83
6
51
76
5
5
12
1.11
81376469--81376523
29
1.9
28
85
10
76
32
23
10
32
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81376678--81376719
19
2.2
20
95
4
77
30
9
9
50
1.67
81378044--81378123
32
2.5
32
79
4
90
52
17
3
26
1.61
81383318--81383389
23
3.1
23
100
0
144
27
0
8
63
1.23
81384756--81384830
37
2.0
37
97
0
141
42
14
8
34
1.75
81385268--81385369
52
2.0
52
92
0
168
41
13
16
28
1.87
81388319--81388428
26
4.2
26
96
0
175
36
23
5
34
1.78
81390120--81390178
26
2.4
25
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10
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28
0
5
66
1.13
81395523--81395571
15
3.4
15
72
11
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4
32
1.65
81395519--81395581
28
2.2
28
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0
117
47
17
3
31
1.63
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2.0
24
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0
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36
4
38
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1.73
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40
4.2
40
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4
173
23
26
21
28
1.99
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40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
81422384--81422476
28
3.3
28
96
0
168
34
26
7
31
1.84
81422582--81422671
28
3.2
27
85
7
119
20
24
23
32
1.98
81422582--81422696
55
2.1
56
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8
146
19
24
21
34
1.96
81430246--81430277
16
2.0
16
93
0
55
21
15
25
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1.93
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21
2.0
21
85
0
57
52
2
9
35
1.47
81434736--81434795
24
2.4
25
86
8
79
23
23
21
31
1.98
81435139--81435187
26
1.9
26
87
4
73
26
22
16
34
1.95
81451033--81451101
34
2.0
34
94
0
120
21
15
23
39
1.92
81451630--81451673
23
1.9
23
86
9
63
38
9
15
36
1.80
81455856--81455916
30
2.0
30
90
0
95
39
6
24
29
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81459945--81460014
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
81459945--81460026
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
81467731--81467800
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
81467731--81467812
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
81474960--81475029
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
81474960--81475041
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
81482743--81482811
27
2.5
28
93
4
115
28
13
27
30
1.94
81482766--81482823
27
2.1
27
84
6
73
31
15
22
31
1.95
81483385--81484603
608
2.0
607
98
0
2339
32
13
22
31
1.92
81485205--81485567
43
8.5
43
83
2
394
28
26
17
27
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325