Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  278  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86298288--86298359
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3.1
22
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86298310--86298389
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0
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3.9
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2.2
54
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22
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2.6
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48
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4.1
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100
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27
0
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4.4
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186
25
15
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1.96
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81
2.2
84
80
8
198
26
15
26
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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12
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0
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10
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1.90
86342138--86342308
75
2.4
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221
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1.90
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2.0
52
100
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2.1
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302
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22
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1
46
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2.0
19
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3
0
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0
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5.0
8
91
8
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38
0
2
59
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86401117--86401163
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1.18
86401107--86401159
8
5.6
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37
0
1
60
1.08
86401115--86401168
16
3.3
16
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65
37
0
3
59
1.15
86401117--86401171
18
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18
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10
62
36
0
3
60
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1.15
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2
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2.5
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25
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5
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5
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30
22
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86431306--86431481
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20
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3
1
30
1.19
86465542--86465606
25
2.8
24
88
6
98
55
6
4
33
1.45
86465633--86465687
25
2.2
24
87
3
74
58
1
5
34
1.32
86465633--86465743
26
4.6
25
73
11
81
54
3
5
36
1.41
86465771--86465797
2
13.5
2
100
0
54
51
0
48
0
1.00
86466319--86466439
30
4.0
30
93
0
206
20
4
47
27
1.68
86467312--86467343
14
2.3
14
100
0
64
68
6
12
12
1.37
86467081--86467521
192
2.3
192
86
6
579
40
18
15
25
1.89
86467429--86468042
75
7.8
75
71
17
317
33
20
18
27
1.96
86467578--86467612
14
2.5
14
95
0
61
57
2
20
20
1.54
86467501--86467689
91
2.1
91
87
4
265
35
17
18
28
1.94
86467469--86468042
234
2.4
237
84
8
738
32
20
17
28
1.96
86467985--86468100
58
2.0
58
84
3
153
32
25
17
25
1.96
86468046--86468338
73
4.0
72
85
7
365
31
21
16
29
1.96
86468043--86468333
71
3.9
75
85
6
337
30
22
16
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86475771--86475800
10
3.0
10
90
0
51
53
6
0
40
1.27
86493399--86493425
10
2.7
10
100
0
54
33
44
11
11
1.75
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29
2.5
29
88
0
83
24
30
16
28
1.96
86501302--86501374
10
7.2
10
73
13
60
4
17
1
76
1.01
86502292--86502471
67
2.8
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10
182
30
18
30
21
1.97
86503554--86503588
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
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1.00
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46
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0
522
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13
23
21
1.88
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43
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133
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20
22
1.98
86523467--86523498
2
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2
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50
0
0
50
1.00
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2.2
17
90
5
56
61
25
0
13
1.33
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23
2.1
23
100
0
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20
16
8
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1.68
86526123--86526171
23
2.2
22
92
7
82
20
16
10
53
1.72
86526887--86526948
16
3.9
15
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14
54
64
1
1
32
1.13
86526991--86527035
19
2.3
20
88
3
65
68
0
0
31
0.89
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18
2.8
17
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53
67
2
0
30
1.02
86526994--86527068
26
2.8
26
82
9
89
66
2
1
29
1.13
86530435--86530493
25
2.4
25
88
0
82
22
27
15
35
1.94
86532392--86532567
43
4.0
44
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8
180
26
23
17
32
1.96
86532397--86532587
88
2.2
87
85
3
249
25
24
17
31
1.97
86533846--86533921
22
3.4
22
77
10
73
57
0
0
42
0.98
86533846--86533911
24
2.8
23
84
8
80
62
0
0
37
0.96
86550372--86550411
21
1.9
21
84
0
53
45
12
10
32
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86554680--86554788
47
2.3
47
90
0
173
50
22
10
16
1.75
86556732--86556813
42
2.0
42
90
0
128
29
31
17
21
1.96
86561360--86561429
27
2.6
27
90
2
113
31
25
14
28
1.95
86564329--86564373
23
2.0
23
82
4
56
40
8
2
48
1.47
86569113--86569189
40
1.9
40
91
0
127
41
19
28
10
1.84
86569113--86569191
20
4.0
20
80
9
90
43
18
27
10
1.83
86569634--86569668
14
2.4
15
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51
8
0
40
1.33
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25
15
25
1.95
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2.0
39
82
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97
32
28
16
23
1.96
86574007--86574695
23
30.2
23
77
7
478
38
23
5
32
1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325