genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73650049--73650164	44	2.7	42	78	9	126	31	29	14	24	1.95
73652692--73652774	40	2.1	40	97	0	157	28	14	6	50	1.66
73652711--73652778	22	3.3	22	66	16	63	29	14	5	50	1.67
73660703--73660760	28	2.1	28	86	0	80	43	20	25	10	1.84
73663401--73663533	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
73663431--73663533	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
73670930--73671062	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
73670960--73671062	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
73678492--73678623	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
73678462--73678623	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
73678492--73678623	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
73681333--73681497	83	2.0	81	80	8	181	27	32	18	21	1.96
73684505--73684667	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
73684505--73684701	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
73692719--73692886	66	2.5	66	85	1	221	27	15	28	28	1.96
73692719--73692881	36	4.9	35	73	16	123	25	15	28	29	1.96
73692719--73692880	30	4.9	35	73	17	121	25	16	28	29	1.96
73693541--73693573	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
73694108--73694149	4	10.5	4	100	0	84	23	0	26	50	1.50
73701724--73701754	3	10.0	3	93	6	53	32	0	3	64	1.09
73705218--73705319	40	2.5	40	76	3	98	34	26	15	23	1.95
73710027--73710064	18	2.2	17	90	4	58	65	0	2	31	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73717665--73717703	17	2.3	17	95	0	69	58	12	5	23	1.54
73726669--73726707	16	2.3	17	91	8	62	20	30	5	43	1.73
73726665--73726708	16	2.4	19	78	21	58	20	31	4	43	1.72
73732339--73732402	31	2.1	31	100	0	128	25	21	15	37	1.93
73732668--73732714	24	2.0	24	100	0	94	25	4	14	55	1.58
73732759--73732813	25	2.2	25	93	0	92	9	16	18	56	1.66
73737080--73737222	40	3.6	40	81	4	121	27	22	27	21	1.99
73737115--73737245	40	3.3	40	81	2	165	24	22	28	25	1.99
73745089--73745255	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73746203--73746282	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
73754087--73754166	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
73756567--73756629	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
73756748--73756838	27	3.2	28	78	4	76	21	27	18	31	1.97
73756738--73756852	55	2.1	56	80	8	128	19	25	20	34	1.96
73757919--73757952	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
73761120--73761189	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
73768855--73768924	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
73775185--73775359	46	3.8	45	79	10	192	28	28	20	22	1.98
73775193--73775363	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	22	1.99
73775190--73775379	46	4.1	46	70	22	121	28	28	20	22	1.99
73777015--73777047	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
73778114--73778176	28	2.2	28	88	0	90	33	26	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73778285--73778374	27	3.2	28	79	7	103	18	23	25	32	1.97
73783139--73783322	46	4.0	46	89	1	253	22	23	14	40	1.90
73785108--73785155	11	4.2	11	79	10	51	62	0	0	37	0.95
73796420--73796517	42	2.3	43	82	7	119	30	26	15	27	1.96
73801685--73801726	15	2.8	16	82	7	52	35	16	4	42	1.69
73804026--73804075	10	5.0	10	82	0	55	66	4	8	22	1.35
73804092--73804120	13	2.3	13	94	5	51	44	10	0	44	1.38
73804734--73804906	96	1.8	95	91	1	283	31	26	16	26	1.97
73805812--73805863	21	2.5	21	87	0	68	69	3	1	25	1.16
73805829--73805896	28	2.4	29	79	16	79	79	0	2	17	0.86
73805845--73805896	10	4.7	11	77	15	54	82	0	3	13	0.80
73805856--73805906	10	4.9	10	83	9	66	80	0	7	11	0.90
73805856--73805909	16	3.4	16	82	10	65	79	0	7	12	0.92
73805845--73805896	22	2.4	22	93	6	88	82	0	3	13	0.80
73808839--73809021	39	4.6	39	77	9	174	25	27	21	25	1.99
73824054--73824101	10	4.8	10	86	0	60	64	2	10	22	1.35
73825840--73825949	43	2.6	42	80	5	123	30	25	14	30	1.95
73831412--73831578	40	4.2	40	79	2	158	23	28	22	25	2.00
73832773--73832879	55	2.0	52	82	12	128	28	16	18	35	1.93
73834285--73834358	36	2.1	36	100	0	148	25	16	16	41	1.88
73837803--73838037	48	4.9	48	90	2	337	23	28	17	30	1.97
73839517--73839628	42	2.6	43	75	9	106	34	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73840053--73840091	17	2.3	17	95	0	69	66	20	2	10	1.33
73840053--73840091	9	4.6	8	84	9	51	66	20	2	10	1.33
73852165--73852191	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
73859749--73859837	28	3.2	28	88	0	133	21	15	35	26	1.94
73860154--73860574	27	15.6	28	75	10	269	39	17	9	32	1.83
73860163--73860546	54	7.1	54	83	7	394	39	18	9	32	1.84
73860154--73860601	81	5.5	79	79	8	356	39	17	10	32	1.84
73860392--73860615	27	8.3	27	78	9	174	38	16	12	31	1.87
73860342--73860615	54	5.1	54	82	7	204	39	18	12	30	1.87
73861693--73861717	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
73863825--73864027	40	5.1	41	82	8	242	23	24	27	25	2.00
73868321--73868356	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
73870677--73870755	29	2.7	29	84	9	99	29	32	13	24	1.94
73871396--73871437	2	21.0	2	85	0	57	42	4	2	50	1.36
73874230--73874393	43	3.8	43	73	13	108	25	18	24	32	1.97
73879997--73880030	17	2.0	17	94	0	59	32	5	38	23	1.79
73885036--73885129	42	2.2	41	87	9	127	32	21	18	27	1.96
73885025--73885129	43	2.5	43	84	7	135	31	21	19	27	1.97
73885025--73885174	43	3.5	44	74	16	118	31	24	17	27	1.97
73888362--73888542	40	4.5	39	85	5	211	30	27	22	19	1.98
73890205--73890356	39	3.8	40	84	6	168	23	21	26	28	1.99
73901711--73901779	27	2.5	28	90	4	115	27	14	26	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73904613--73904891	27	10.3	27	86	0	351	35	19	18	26	1.95
73904613--73904891	81	3.4	81	84	0	396	35	19	18	26	1.95
73910324--73910478	42	3.7	42	78	7	136	32	24	18	25	1.97
73916321--73916433	27	4.2	27	79	10	106	35	22	26	15	1.94
73917671--73917713	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
73920282--73920343	5	13.0	5	80	16	78	37	1	0	61	1.06
73920282--73920338	13	4.2	13	79	16	71	36	1	0	61	1.07
73920284--73920346	13	4.8	14	81	15	57	38	1	0	60	1.07
73920282--73920330	18	2.7	18	93	0	89	36	2	0	61	1.08
73921473--73921580	25	4.4	25	82	6	123	28	23	21	26	1.99
73921628--73921674	20	2.3	20	85	7	69	36	19	8	36	1.82
73921636--73921672	5	7.6	5	82	17	51	40	21	2	35	1.68
73921628--73921665	11	3.6	11	82	13	53	36	18	7	36	1.80
73921636--73921672	9	3.8	10	86	13	51	40	21	2	35	1.68
73921636--73921667	16	2.1	16	88	11	50	40	21	3	34	1.69
73927145--73927243	45	2.2	45	87	7	139	22	18	18	41	1.90
73932849--73932913	5	13.0	5	87	12	98	38	0	0	61	0.96
73932851--73932911	3	23.0	3	75	24	66	37	0	0	62	0.96
73932849--73932915	8	7.6	9	85	14	79	38	0	0	61	0.96
73933691--73933771	40	2.0	40	82	0	99	37	9	14	38	1.80
73937170--73937272	28	3.7	28	90	0	161	27	34	14	23	1.94
73937489--73937519	16	1.9	16	100	0	62	16	25	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73937617--73937725	54	2.0	54	92	0	182	42	23	8	25	1.82
73937823--73937862	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
73939979--73940186	40	5.2	40	85	1	249	26	27	21	25	1.99
73949956--73949989	18	1.9	18	94	5	61	29	20	11	38	1.88
73951234--73951366	28	4.8	28	91	0	212	25	31	15	27	1.95
73951583--73951614	16	2.0	16	93	0	55	9	25	21	43	1.82
73957682--73957864	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
73957683--73957866	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
73957735--73957889	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
73968469--73968635	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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