genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85353203--85353250	19	2.6	18	83	9	53	68	0	27	4	1.07
85354603--85354639	13	2.8	13	91	4	56	27	0	21	51	1.48
85355123--85355180	20	2.9	20	87	5	82	18	36	32	12	1.88
85355728--85356068	114	3.0	112	79	10	372	24	19	17	38	1.93
85355759--85356108	109	3.2	106	76	10	351	23	19	18	38	1.94
85356373--85356435	27	2.3	27	89	8	92	17	0	34	47	1.48
85356384--85356442	27	2.2	27	84	6	75	20	1	33	44	1.62
85357115--85357153	20	2.0	20	85	10	53	20	2	7	69	1.26
85359635--85359682	21	2.3	22	79	17	57	25	14	0	60	1.34
85359742--85359864	5	22.6	5	70	21	61	30	17	0	52	1.44
85359764--85359864	28	3.4	28	74	16	103	29	15	0	54	1.42
85359986--85360027	15	2.7	16	78	14	52	30	4	2	61	1.29
85360226--85360270	16	2.8	16	80	13	56	15	22	2	60	1.46
85360226--85360282	11	5.3	10	79	12	60	15	22	1	59	1.45
85360226--85360282	21	2.6	22	83	5	71	15	22	1	59	1.45
85360226--85360282	5	10.6	5	78	14	60	15	22	1	59	1.45
85360290--85360324	15	2.2	16	90	5	54	22	8	0	68	1.16
85360299--85360427	49	2.7	48	87	4	188	29	13	1	55	1.47
85360395--85360735	27	13.2	27	71	18	221	26	12	0	60	1.38
85360350--85360584	129	1.8	129	85	5	332	26	13	1	58	1.43
85360418--85360767	151	2.3	150	84	6	397	25	12	1	60	1.39
85360446--85360843	76	5.3	76	83	5	463	24	14	1	60	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85360404--85360716	129	2.5	128	76	16	289	25	12	0	61	1.37
85360628--85360680	21	2.5	22	78	12	56	30	11	0	58	1.33
85360619--85360680	22	2.8	23	76	11	58	27	11	0	61	1.30
85360418--85360740	49	6.4	48	67	19	158	25	12	0	60	1.38
85360481--85360827	153	2.3	149	82	8	386	25	14	1	59	1.42
85363988--85364589	117	5.4	108	84	7	644	36	15	21	26	1.93
85364163--85364589	104	3.9	106	83	8	486	36	14	22	26	1.93
85369332--85369480	74	2.0	74	98	0	289	47	10	13	28	1.76
85373115--85373168	23	2.2	24	83	6	65	9	7	14	68	1.38
85373971--85374013	22	1.9	22	85	4	59	30	2	2	65	1.18
85382166--85382206	19	2.0	21	86	9	59	12	24	19	43	1.85
85386613--85386707	43	2.2	44	83	7	115	26	28	21	24	1.99
85392601--85393846	622	2.0	622	99	0	2438	36	14	20	29	1.91
85396814--85396893	5	15.0	5	72	21	56	17	6	0	76	0.99
85396814--85396890	11	6.9	11	75	15	52	16	6	0	76	0.98
85396812--85396885	6	13.0	6	75	11	50	17	6	0	75	1.01
85396864--85396906	21	2.2	19	87	8	59	23	0	2	74	0.93
85396861--85396907	19	2.5	20	82	10	62	25	0	2	72	0.96
85397083--85397146	23	2.8	22	76	9	65	23	4	10	60	1.48
85399346--85399476	45	3.0	45	86	2	176	26	28	21	23	1.99
85403112--85403242	45	3.0	45	86	2	176	26	28	21	23	1.99
85404225--85404252	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85412608--85412726	57	2.1	58	90	6	190	49	2	10	36	1.52
85412823--85412865	17	2.5	17	80	3	50	55	2	6	34	1.39
85414183--85414209	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
85416399--85416474	34	2.2	34	85	0	98	21	19	25	34	1.96
85417283--85417323	17	2.3	18	83	4	57	41	31	2	24	1.68
85423628--85423666	21	1.9	20	84	5	51	33	0	17	48	1.48
85424214--85424355	48	3.0	48	89	0	212	20	17	29	32	1.96
85425991--85426146	43	3.6	43	83	1	179	28	14	25	32	1.95
85441229--85441322	47	2.0	47	97	0	179	35	19	15	29	1.93
85447246--85447284	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
85447829--85447971	48	3.0	48	89	0	205	19	14	30	35	1.92
85460762--85460832	35	2.0	35	94	0	124	22	5	18	53	1.65
85467015--85467149	30	4.5	30	81	4	166	24	24	26	24	2.00
85467015--85467149	60	2.3	60	94	1	236	24	24	26	24	2.00
85467966--85467997	11	2.8	12	86	13	50	43	9	9	37	1.69
85475060--85475192	41	3.2	41	83	2	142	30	27	18	24	1.97
85476471--85476522	21	2.6	20	75	6	52	48	0	13	38	1.43
85483158--85483187	10	2.9	10	95	5	51	16	0	10	73	1.09
85486058--85486159	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85493920--85494021	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85495704--85495738	16	2.4	14	90	9	52	14	2	0	82	0.77
85497682--85497733	25	2.1	25	96	0	95	36	25	15	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85497766--85497832	30	2.3	29	97	2	125	34	25	16	23	1.95
85504229--85504288	23	2.6	23	81	7	77	78	3	10	8	1.07
85505745--85505875	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
85505744--85505875	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
85513670--85513796	29	4.5	29	84	6	136	28	25	14	31	1.95
85513669--85513796	56	2.3	57	84	8	163	28	26	14	31	1.95
85515199--85515226	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
85515835--85515861	12	2.2	12	100	0	54	25	18	7	48	1.74
85515818--85515959	45	2.9	50	75	17	145	23	18	16	41	1.90
85515931--85515971	6	6.7	6	85	2	55	19	21	14	43	1.87
85522508--85522676	48	3.6	47	85	3	216	28	18	27	25	1.98
85522731--85522824	49	1.9	49	84	0	125	30	22	26	20	1.98
85525557--85525681	46	2.7	46	93	0	214	20	21	28	29	1.98
85525906--85525943	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
85532743--85532905	39	4.2	39	90	0	254	22	20	33	23	1.97
85532760--85532941	39	4.6	40	87	0	154	21	22	33	22	1.97
85543988--85544151	46	3.6	46	77	13	144	22	29	20	27	1.98
85551575--85551686	46	2.5	45	82	7	120	24	31	20	24	1.98
85552499--85552593	49	1.9	49	97	0	181	48	14	9	27	1.75
85554380--85554436	24	2.3	24	81	3	69	24	28	17	29	1.97
85555615--85555644	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
85559887--85559919	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85572896--85572944	19	2.3	21	86	13	66	28	0	4	67	1.09
85572903--85572948	12	4.2	12	78	18	55	28	0	4	67	1.10
85573830--85573907	40	2.0	40	100	0	156	20	20	14	44	1.85
85574325--85574385	30	2.0	30	93	0	104	45	4	18	31	1.70
85574325--85574381	18	3.5	18	73	26	63	45	5	19	29	1.72
85576806--85576863	29	2.0	30	82	3	73	15	25	32	25	1.95
85582476--85582669	65	3.0	65	89	0	289	19	18	17	44	1.87
85587247--85587334	39	2.2	40	86	6	117	39	3	4	52	1.39
85587430--85587459	12	2.6	11	90	10	51	66	0	0	33	0.92
85588699--85588732	11	3.1	11	95	0	59	11	8	14	64	1.49
85594692--85594725	6	5.7	6	86	13	52	0	17	0	82	0.67
85600852--85600886	16	2.2	16	94	0	61	45	0	14	40	1.45
85601063--85601111	23	2.1	23	85	7	64	32	6	2	59	1.34
85602277--85602448	86	2.0	86	100	0	344	30	23	27	18	1.98
85603141--85603299	27	5.9	27	79	11	166	35	22	24	18	1.96
85603159--85603299	54	2.6	54	88	2	221	35	23	24	17	1.95
85604908--85605012	26	4.1	26	93	2	178	35	25	6	32	1.82
85610241--85610379	27	5.2	28	82	10	168	35	24	23	16	1.95
85610241--85610379	53	2.6	53	92	4	228	35	24	23	16	1.95
85611992--85612099	26	4.2	26	95	0	189	36	25	6	32	1.81
85613374--85613416	20	2.1	21	86	4	61	41	0	9	48	1.35
85619462--85619495	16	2.2	15	89	5	50	38	5	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85620889--85620937	23	2.1	23	85	7	64	44	8	2	44	1.45
85625373--85625416	23	1.9	23	85	0	61	36	20	29	13	1.91
85626240--85626296	28	2.0	28	100	0	114	38	17	7	36	1.77
85633177--85633220	23	1.9	23	90	0	70	36	20	29	13	1.91
85633194--85633334	75	1.9	73	79	5	158	36	17	24	20	1.94
85641288--85641331	21	2.1	21	91	8	72	45	13	22	18	1.84
85641381--85641581	68	3.0	67	76	8	165	38	8	21	30	1.83
85641464--85641618	68	2.3	67	77	7	152	39	8	23	29	1.84
85641533--85641726	68	2.8	64	77	14	151	37	12	23	26	1.90
85641747--85641889	67	2.1	68	80	6	157	39	11	24	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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