genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71936251--71936524	96	2.8	96	93	1	449	32	9	29	28	1.88
71938650--71938841	40	4.8	40	96	0	330	25	21	28	25	1.99
71942979--71943086	40	2.7	40	85	1	146	25	27	21	25	1.99
71951003--71951044	21	2.0	21	95	0	75	35	0	33	30	1.58
71951024--71951350	49	6.8	49	92	1	536	33	7	30	29	1.85
71954932--71955156	49	4.7	47	88	5	315	32	9	29	28	1.88
71954932--71955156	96	2.3	96	93	1	369	32	9	29	28	1.88
71966455--71966662	43	4.9	43	85	2	269	30	21	26	22	1.98
71966457--71966662	86	2.4	86	90	0	315	30	20	26	21	1.98
71966639--71966743	40	2.6	40	78	1	111	26	20	28	24	1.99
71967224--71967256	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
71969218--71969316	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
71976889--71976987	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
71989276--71989348	34	2.2	33	87	7	103	26	21	21	30	1.99
71992020--71992226	24	8.6	24	91	4	301	21	19	25	33	1.97
71992020--71992226	48	4.3	48	94	0	333	21	19	25	33	1.97
71996081--71996134	27	2.0	28	88	3	83	29	33	16	20	1.95
71999890--71999937	14	3.4	13	80	11	51	77	4	2	16	1.03
71999890--71999937	22	2.2	21	88	3	69	77	4	2	16	1.03
72001897--72002041	40	3.6	40	86	4	184	22	24	24	27	2.00
72002750--72002779	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72005046--72005207	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72011017--72011134	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72010985--72011148	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72016922--72017084	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
72019744--72019773	13	2.3	13	94	0	51	20	36	30	13	1.90
72022491--72022567	37	2.1	36	90	2	118	38	23	9	28	1.85
72025207--72025413	56	3.7	56	89	2	310	26	16	25	31	1.96
72027698--72027754	30	1.9	30	89	3	89	42	8	21	28	1.82
72035219--72035278	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
72040113--72040242	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
72048182--72048391	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
72058459--72058642	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72058499--72058687	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
72063407--72063461	7	7.6	7	78	8	56	21	1	38	38	1.65
72072049--72072206	43	3.7	43	79	15	175	22	18	27	31	1.97
72083058--72083187	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72083074--72083225	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
72083074--72083223	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72091068--72091197	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72091084--72091233	40	3.8	40	78	6	146	22	26	24	27	1.99
72091084--72091231	80	1.9	78	83	8	192	21	27	24	27	1.99
72094226--72094273	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72094317--72094375	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72094426--72094497	24	3.0	24	83	6	92	27	20	25	26	1.99
72094689--72094851	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
72094713--72094828	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
72094689--72094828	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
72102537--72102584	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72102628--72102686	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
72102737--72102831	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
72102738--72102831	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
72103023--72103182	38	4.5	36	84	14	224	37	16	23	22	1.94
72103048--72103161	30	3.5	30	78	18	129	40	14	21	23	1.90
72103023--72103161	68	2.0	69	98	1	271	38	15	21	23	1.92
72110882--72110929	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72110973--72111031	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
72111082--72111176	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
72111083--72111176	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
72111368--72111529	38	4.4	38	84	12	223	38	17	22	22	1.93
72111391--72111506	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
72111368--72111506	69	2.0	68	97	1	260	39	15	20	23	1.91
72112873--72112904	12	2.7	12	90	0	55	28	25	40	6	1.79
72114317--72114494	40	4.4	40	79	4	162	25	26	22	25	2.00
72122374--72122566	40	4.8	39	75	9	138	23	26	23	26	2.00
72122374--72122530	80	2.0	80	83	2	199	22	25	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72125559--72125722	42	3.9	42	79	4	159	30	26	15	27	1.96
72125561--72125717	85	1.9	84	82	4	199	29	26	16	28	1.97
72129912--72130068	44	3.7	43	78	10	162	29	26	16	27	1.97
72136196--72136407	40	5.6	40	75	17	168	26	26	20	25	1.99
72136198--72136338	69	2.0	70	86	6	198	26	24	21	26	1.99
72141682--72142140	49	9.1	49	89	6	722	33	9	27	29	1.88
72142211--72142297	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
72148937--72149159	40	5.6	39	76	15	199	24	27	21	25	1.99
72148935--72149158	79	2.8	78	79	10	247	25	28	21	25	1.99
72151322--72151375	28	1.9	28	92	0	90	24	16	12	46	1.82
72154141--72154588	49	9.1	49	95	0	770	32	9	28	28	1.89
72154659--72154745	37	2.3	36	92	5	138	21	19	32	26	1.97
72157937--72158334	55	7.5	54	77	10	381	23	24	16	35	1.95
72157929--72158326	108	3.7	109	86	4	503	23	24	17	35	1.95
72158212--72158370	47	3.2	47	72	14	167	27	23	13	35	1.92
72158157--72158370	101	2.1	101	95	0	383	26	23	14	35	1.93
72158157--72158419	101	2.7	96	87	6	282	24	23	14	36	1.93
72158292--72158519	45	5.0	45	70	12	149	23	24	16	35	1.94
72158522--72158608	44	2.0	44	81	4	104	24	27	12	35	1.92
72162914--72163001	5	16.6	5	73	19	65	76	2	3	18	1.04
72162924--72162987	16	3.8	17	82	13	78	76	1	4	17	1.03
72162914--72163001	11	7.7	11	75	16	74	76	2	3	18	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72172055--72172261	40	5.2	40	88	4	287	25	23	26	24	2.00
72177897--72177996	29	3.4	29	80	2	94	22	17	31	30	1.96
72180457--72180624	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
72180457--72180624	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
72183944--72184111	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
72183944--72184111	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
72186587--72186735	40	3.8	39	81	5	156	28	22	26	21	1.99
72186581--72186757	40	4.5	38	75	11	144	29	20	26	22	1.99
72195914--72196016	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
72201869--72202028	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
72201869--72202028	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
72207040--72207142	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
72211449--72211594	74	2.0	74	97	0	274	41	26	9	23	1.85
72213733--72213769	16	2.2	17	95	4	67	59	21	0	18	1.38
72214956--72214986	16	1.9	16	93	0	53	48	9	19	22	1.78
72215220--72215319	29	3.4	29	86	2	121	27	14	29	30	1.95
72228321--72228464	40	3.6	39	84	5	180	26	23	25	24	2.00
72231439--72231542	29	3.6	29	88	0	145	25	32	15	26	1.95
72238535--72238665	29	4.6	29	91	1	201	25	32	15	26	1.95
72238535--72238665	57	2.3	58	90	1	201	25	32	15	26	1.95
72239851--72239895	17	2.7	18	77	22	53	13	20	0	66	1.24
72241735--72241944	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72244744--72245007	46	5.7	46	67	20	147	31	29	17	21	1.96
72244799--72244961	47	3.5	47	74	17	185	30	30	17	22	1.96
72244752--72245017	93	2.9	93	91	1	426	30	29	17	22	1.97
72244846--72245010	46	3.6	46	72	19	162	32	29	15	22	1.95
72249050--72249083	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
72250911--72250959	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72251781--72251947	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
72258915--72258963	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72259785--72259951	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
72261468--72261559	24	3.8	24	89	0	148	18	14	30	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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