genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  234  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73259027--73259110	44	1.9	44	100	0	168	32	3	13	51	1.58
73261327--73261353	11	2.5	11	100	0	54	29	7	25	37	1.83
73262874--73262950	39	2.0	38	94	2	136	37	20	14	27	1.91
73269185--73269404	40	5.6	40	88	4	322	27	26	23	22	1.99
73269185--73269404	79	2.8	80	87	6	322	27	26	23	22	1.99
73277495--73277715	40	5.6	40	88	3	313	26	28	22	22	1.99
73285148--73285191	22	2.1	21	83	8	54	4	20	18	56	1.58
73286850--73286918	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
73294662--73294871	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73302797--73303006	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73308561--73308610	26	1.9	26	100	0	100	58	20	8	14	1.61
73311536--73311713	45	4.0	45	91	0	275	23	22	27	26	1.99
73311536--73311747	90	2.4	90	85	3	279	23	23	27	25	2.00
73313585--73313922	49	6.9	49	97	0	622	29	26	8	34	1.87
73318948--73319003	28	2.0	28	100	0	112	46	7	7	39	1.59
73320671--73320885	45	4.8	45	88	2	285	25	22	27	24	2.00
73321122--73321153	10	3.2	10	100	0	64	40	0	28	31	1.57
73325539--73325582	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
73334145--73334302	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
73334145--73334332	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
73342177--73342302	40	3.2	39	76	10	123	29	24	24	21	1.99
73342177--73342356	80	2.2	80	78	11	190	26	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73356217--73356243	13	2.1	13	100	0	54	18	14	44	22	1.86
73360705--73360926	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
73360885--73361035	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
73360922--73361051	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
73360884--73361051	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
73363648--73363814	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
73363664--73363812	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
73371422--73371551	50	2.6	49	87	3	172	30	27	17	24	1.97
73371422--73371608	101	1.9	99	84	2	248	28	28	17	25	1.98
73377597--73377816	39	5.6	39	89	1	307	22	31	22	24	1.98
73377597--73377817	77	2.8	77	87	3	316	22	31	22	23	1.98
73385114--73385330	38	5.6	39	88	3	289	22	30	23	24	1.99
73388553--73388630	27	2.9	27	81	7	70	44	15	11	28	1.81
73397786--73397983	40	4.9	40	91	4	287	24	25	21	28	1.99
73405883--73406079	40	4.9	40	90	6	278	24	25	21	28	1.99
73408123--73408247	29	4.4	28	78	10	121	27	24	18	30	1.98
73408111--73408247	28	4.8	28	75	12	129	27	22	17	32	1.96
73408113--73408253	57	2.5	57	82	4	178	27	23	17	31	1.96
73408443--73408652	53	4.0	53	86	2	287	27	24	11	36	1.90
73415709--73415741	17	1.9	17	88	11	50	42	0	15	42	1.46
73417414--73417516	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
73425081--73425181	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73430258--73430467	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73438391--73438600	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73446017--73446062	21	2.2	21	96	0	83	32	28	26	13	1.93
73446003--73446077	21	3.5	21	81	3	69	42	25	17	14	1.87
73459265--73459450	47	4.0	47	90	0	273	33	10	29	26	1.90
73459294--73459365	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
73459339--73459414	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
73459428--73459614	48	3.8	48	86	8	277	34	6	26	32	1.83
73459429--73459614	100	1.9	96	89	6	284	34	6	26	31	1.83
73459759--73459867	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98
73470094--73470134	17	2.4	17	91	0	64	24	26	21	26	2.00
73474183--73474296	43	2.7	43	86	5	167	31	23	14	30	1.94
73476313--73476525	47	4.6	44	78	14	191	24	28	18	28	1.98
73476310--73476531	94	2.4	91	80	11	256	24	28	18	27	1.98
73476403--73476618	94	2.3	94	81	3	238	24	31	19	24	1.98
73481768--73481969	80	2.5	81	83	3	230	25	25	22	26	2.00
73481780--73481971	40	4.8	40	82	2	206	24	25	23	27	2.00
73486438--73486521	43	2.0	43	80	4	98	22	33	25	19	1.97
73487183--73487492	47	6.6	45	73	15	188	22	29	19	28	1.98
73487180--73487498	94	3.4	93	80	9	339	22	29	19	28	1.98
73487322--73487534	94	2.3	94	78	6	218	23	29	19	27	1.98
73492447--73492558	47	2.4	47	86	0	170	33	8	29	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73493979--73494294	40	7.9	40	92	0	497	23	21	29	25	1.99
73494458--73494510	25	2.1	25	82	6	63	35	15	30	18	1.92
73495404--73495649	124	2.0	124	82	6	302	31	15	21	31	1.94
73497426--73497585	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
73497426--73497585	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
73500547--73500768	40	5.6	40	85	8	301	23	23	27	25	2.00
73508767--73508990	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
73508771--73508990	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
73511137--73511382	124	2.0	124	84	4	318	32	15	21	30	1.95
73516000--73516223	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
73516004--73516223	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
73518376--73518621	124	2.0	124	81	4	291	31	16	21	30	1.95
73522763--73522820	25	2.4	25	94	2	100	37	6	22	32	1.81
73522717--73522864	74	2.0	72	90	2	233	34	9	27	29	1.88
73522788--73523074	47	6.1	47	90	1	414	34	11	27	26	1.91
73523048--73523166	46	2.6	46	93	0	202	35	10	30	24	1.88
73523048--73523184	46	3.0	45	83	8	168	35	9	29	24	1.87
73528539--73528596	25	2.3	25	88	5	82	65	0	13	20	1.26
73530343--73530368	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
73533085--73533130	19	2.4	19	85	7	58	21	21	13	43	1.86
73536660--73536685	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
73536936--73537123	64	2.9	64	90	0	295	32	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73537203--73537764	87	6.5	87	86	2	668	34	21	22	21	1.97
73537447--73537591	43	3.3	43	65	12	116	36	22	21	19	1.95
73537790--73538016	88	2.6	88	83	1	294	27	25	19	27	1.99
73538897--73538927	16	2.0	15	93	6	53	83	0	12	3	0.75
73545725--73545754	13	2.4	12	94	5	51	33	0	16	50	1.46
73554578--73554801	40	5.6	41	83	9	234	26	25	21	25	1.99
73554578--73554802	79	2.8	79	80	7	267	27	25	21	25	1.99
73566731--73566844	43	2.6	42	81	8	131	27	21	22	28	1.99
73568307--73568561	55	4.8	55	81	8	273	36	17	24	21	1.94
73568314--73568514	108	1.8	110	90	4	327	34	18	25	21	1.96
73568748--73568778	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
73573509--73573672	40	4.1	40	80	1	150	26	26	21	25	1.99
73579201--73579452	55	4.8	53	77	8	221	37	17	23	21	1.94
73579205--73579405	108	1.8	110	87	4	300	36	17	24	21	1.95
73582512--73582552	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
73582955--73583014	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
73582969--73583031	28	2.2	28	91	0	99	28	28	11	31	1.91
73596777--73596897	48	2.6	48	86	2	156	29	19	26	24	1.98
73601496--73601616	39	3.1	39	95	0	215	22	31	25	20	1.98
73608962--73608988	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
73611804--73612128	162	2.0	162	98	0	632	41	23	4	30	1.75
73614149--73614335	40	4.8	38	76	10	146	27	22	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73622031--73622217	40	4.8	38	76	10	146	27	22	26	22	1.99
73624278--73624390	43	2.6	42	87	4	154	29	26	15	28	1.96
73629732--73629876	27	5.4	27	92	0	209	34	18	22	24	1.96
73630204--73630259	28	2.0	28	82	0	67	23	21	25	30	1.99
73630912--73630973	26	2.4	26	81	10	65	27	8	12	51	1.68
73633762--73633987	27	8.4	26	80	5	229	32	18	23	26	1.97
73637708--73637807	43	2.3	43	85	0	137	27	24	18	31	1.97
73640010--73640080	27	2.6	28	79	2	81	28	11	9	50	1.70
73647599--73647649	22	2.3	22	96	0	93	35	13	27	23	1.93
73648534--73648585	25	2.1	25	85	7	70	46	7	19	26	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325