genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67580760--67580828	31	2.2	31	100	0	138	30	14	15	39	1.88
67585089--67585124	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67587551--67587619	21	3.3	20	68	6	57	40	20	24	14	1.90
67587587--67587666	42	1.9	42	87	5	117	46	16	20	17	1.84
67594135--67594170	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
67594460--67594550	35	2.5	37	91	8	150	36	15	10	37	1.83
67594460--67594550	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
67594668--67594706	20	2.0	20	84	0	51	10	2	15	71	1.23
67594899--67595082	44	4.1	45	72	13	171	25	27	16	30	1.97
67595022--67595237	77	2.8	77	94	1	369	24	25	20	30	1.98
67595084--67595210	37	3.4	37	64	14	96	21	24	20	33	1.97
67595179--67595771	220	2.7	220	92	0	956	26	21	18	32	1.97
67604586--67604630	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
67604602--67604680	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
67604623--67604678	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
67604609--67604680	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
67606740--67606891	39	3.9	39	91	0	232	24	21	30	23	1.99
67606746--67606921	39	4.5	40	87	0	169	23	23	31	21	1.98
67608882--67609008	7	17.7	7	70	11	51	42	33	0	22	1.60
67608883--67609066	14	12.9	14	68	13	63	43	31	1	23	1.63
67608936--67608986	21	2.5	20	84	9	66	37	39	1	21	1.65
67608943--67608989	21	2.2	22	92	3	78	36	42	2	19	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67609165--67609319	7	21.7	7	69	6	60	40	35	1	22	1.62
67609166--67609236	29	2.5	28	81	2	79	42	32	1	23	1.63
67609195--67609382	14	13.2	14	70	9	67	43	32	3	20	1.68
67609195--67609377	21	8.6	21	70	10	111	42	33	3	20	1.68
67609253--67609314	15	4.3	15	79	8	65	41	38	1	17	1.59
67610079--67610209	40	3.3	40	77	6	106	22	16	25	35	1.95
67614938--67614969	14	2.1	16	88	11	50	0	25	3	71	1.00
67615170--67615226	28	2.0	28	100	0	114	33	3	28	35	1.74
67615973--67616048	40	1.9	40	91	0	125	13	9	36	40	1.76
67623545--67623620	40	1.9	40	88	0	116	14	11	35	38	1.83
67626091--67626163	21	3.4	21	73	1	65	46	16	21	15	1.83
67626055--67626190	42	3.2	42	79	4	132	41	17	22	17	1.90
67628898--67628953	28	2.0	28	96	0	103	21	10	23	44	1.83
67632348--67632443	35	2.7	35	85	0	120	40	34	11	13	1.81
67639740--67639817	26	2.9	26	73	7	66	28	15	16	39	1.89
67651884--67651959	9	8.6	9	77	2	82	27	10	17	44	1.81
67651884--67651960	27	2.9	27	84	1	102	27	10	16	45	1.80
67654310--67654346	18	2.1	18	89	0	56	29	2	0	67	1.04
67655980--67656118	40	3.5	40	79	0	143	30	15	20	33	1.93
67656082--67656312	79	2.9	78	86	2	320	32	15	20	31	1.94
67662599--67662652	22	2.6	21	77	8	65	48	3	0	48	1.19
67675600--67675739	70	2.0	70	95	0	253	45	20	12	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67680653--67680683	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
67681094--67681154	23	3.1	18	75	22	59	50	1	1	45	1.21
67681851--67681875	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
67685839--67685990	43	3.6	41	77	4	142	32	25	13	28	1.94
67693085--67693163	39	2.0	39	100	0	158	39	17	15	27	1.90
67693397--67693550	41	3.7	41	76	9	150	29	22	15	31	1.95
67706448--67706495	24	2.0	25	83	4	62	37	14	22	25	1.92
67712730--67712769	14	2.6	15	84	15	55	27	10	5	57	1.52
67724978--67725040	18	3.6	18	78	8	58	76	3	7	12	1.13
67726205--67726253	25	2.0	25	83	0	62	28	12	4	55	1.55
67730064--67730132	33	2.1	32	97	2	129	44	7	11	36	1.68
67733641--67733705	18	3.6	19	78	17	59	27	1	0	70	0.96
67733643--67733703	15	3.9	14	73	26	52	29	1	0	68	0.99
67740348--67740378	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
67746807--67746840	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
67747958--67748003	20	2.3	20	88	0	65	26	10	17	45	1.81
67753533--67753569	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
67754492--67754575	23	3.7	23	74	6	71	25	13	20	41	1.88
67754464--67754559	46	2.1	46	84	3	122	21	14	18	44	1.86
67758859--67758891	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
67759227--67759270	19	2.3	19	100	0	88	36	4	22	36	1.75
67762244--67762284	22	1.9	22	90	5	66	29	19	2	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67764411--67764494	23	3.7	23	95	0	150	40	16	16	26	1.90
67767406--67767525	46	2.7	44	81	11	136	29	20	29	21	1.98
67767653--67767684	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
67771588--67771650	2	31.5	2	100	0	126	0	49	0	50	1.00
67777472--67777551	39	2.1	39	100	0	160	32	18	5	43	1.72
67783013--67783132	24	5.0	24	68	13	84	39	20	21	18	1.93
67784920--67784949	9	3.3	9	100	0	60	23	0	10	66	1.21
67795328--67795476	66	2.3	65	83	4	187	30	14	32	22	1.94
67802696--67802867	66	2.6	67	84	5	228	33	15	30	20	1.93
67805715--67805788	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
67813863--67813947	24	3.5	24	88	3	118	25	17	23	32	1.97
67821850--67822046	40	4.9	40	91	6	296	27	21	25	24	1.99
67821942--67822093	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
67836622--67836779	42	3.7	42	83	5	167	31	27	17	22	1.97
67836622--67836780	43	3.7	42	81	7	169	32	27	17	22	1.97
67842730--67842869	40	3.5	40	84	2	140	22	27	25	24	2.00
67842738--67842918	79	2.3	80	82	9	210	24	27	23	24	2.00
67850748--67850932	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
67850741--67850932	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
67857349--67857402	25	2.2	25	96	0	99	24	14	31	29	1.95
67862407--67862458	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
67869623--67869846	40	5.7	40	87	5	255	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67876340--67876433	29	3.2	29	84	1	107	34	14	27	23	1.94
67876356--67876446	29	3.1	29	82	1	83	32	15	29	21	1.94
67884126--67884237	29	3.9	29	91	0	161	31	14	29	25	1.94
67884129--67884262	29	4.6	29	87	0	88	30	15	29	23	1.96
67890496--67890616	43	2.9	42	82	4	154	28	17	25	28	1.97
67890695--67890733	20	2.0	20	94	0	69	30	2	30	35	1.71
67893168--67893201	16	2.1	17	94	5	61	79	11	0	8	0.94
67894487--67894533	19	2.3	21	85	7	62	25	17	25	31	1.97
67896096--67896142	24	2.0	24	95	0	85	40	17	23	19	1.91
67897661--67897886	40	5.7	40	88	4	273	25	26	20	27	1.99
67908189--67908238	25	2.0	25	88	7	75	50	6	18	26	1.69
67908198--67908246	25	2.0	25	84	8	64	51	4	22	22	1.65
67915573--67915627	18	3.1	18	89	0	74	36	20	27	16	1.93
67922061--67922200	39	3.6	39	87	4	158	23	24	29	22	1.99
67922099--67922200	39	2.6	39	93	1	168	24	23	28	23	2.00
67930114--67930339	40	5.7	40	81	4	217	26	23	27	22	2.00
67930117--67930348	120	1.9	120	80	6	265	25	23	28	22	2.00
67936104--67936157	24	2.3	22	75	12	54	31	22	5	40	1.77
67939205--67939586	49	8.0	49	89	5	559	29	31	8	31	1.87
67939354--67939418	18	3.3	18	66	25	51	35	30	3	30	1.73
67939298--67939663	90	4.1	90	88	9	550	30	30	8	30	1.87
67939247--67939586	139	2.4	139	91	3	536	29	30	8	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67939207--67939682	188	2.6	184	90	3	728	29	30	8	31	1.87
67939553--67939619	33	2.0	33	100	0	134	26	34	11	26	1.91
67939504--67939736	82	3.0	82	90	9	359	29	30	9	30	1.89
67939316--67939682	131	2.7	133	87	10	511	29	30	8	30	1.87
67939586--67939682	49	2.0	49	100	0	194	29	30	8	30	1.86
67939662--67939701	19	2.1	19	100	0	80	32	20	10	37	1.85
67939613--67939750	68	2.0	68	100	0	276	31	27	8	32	1.87
67947459--67947505	25	1.9	25	86	4	69	29	14	17	38	1.89
67947726--67947755	15	2.0	15	93	0	51	36	0	26	36	1.57
67948766--67948814	21	2.3	21	96	0	89	40	4	12	42	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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