genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27559063--27559287	46	4.8	48	77	11	191	24	29	19	26	1.98
27561092--27561166	23	3.3	23	88	0	114	34	1	13	50	1.50
27561101--27561166	13	5.5	13	71	20	63	34	1	13	50	1.51
27566397--27566593	105	1.9	102	84	7	263	34	16	24	24	1.95
27566536--27566611	33	2.3	32	80	10	82	31	19	25	23	1.98
27566431--27566640	105	2.0	104	80	7	237	33	17	25	23	1.96
27568836--27568898	6	9.7	6	77	19	56	76	1	0	22	0.88
27572930--27572965	17	2.2	17	95	5	65	69	0	5	25	1.10
27572928--27572965	16	2.4	16	87	12	60	65	0	7	26	1.19
27573356--27573395	20	1.9	22	90	10	66	37	2	0	60	1.11
27573835--27573872	19	2.1	19	95	5	69	65	0	2	31	1.06
27574199--27574249	28	2.0	24	85	14	66	25	3	1	68	1.17
27574297--27574337	21	1.9	22	85	5	57	26	26	26	19	1.99
27578213--27578238	12	2.2	12	100	0	52	15	7	23	53	1.67
27578282--27578404	41	3.0	41	87	1	158	40	16	24	18	1.90
27578577--27578659	25	3.2	25	84	3	94	12	40	20	26	1.87
27580317--27580504	49	3.8	49	82	2	241	25	19	27	27	1.99
27580312--27580499	100	1.9	100	95	0	340	24	20	27	27	1.99
27583299--27583346	15	3.1	16	75	22	57	8	14	16	60	1.57
27584838--27584882	20	2.2	20	100	0	90	51	4	0	44	1.21
27584900--27584946	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
27588035--27588140	26	4.2	26	89	4	171	33	6	24	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27588035--27588140	50	2.1	51	91	7	171	33	6	24	35	1.81
27594980--27595086	26	4.2	26	90	1	171	32	5	24	37	1.79
27595485--27595592	26	4.2	26	92	2	175	34	4	24	37	1.76
27597205--27597292	27	3.3	26	84	7	104	15	21	22	39	1.91
27602375--27602504	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
27610439--27610568	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
27612577--27612686	26	4.2	26	89	2	150	35	5	22	36	1.78
27615866--27615895	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
27617552--27617728	41	4.4	41	85	7	220	19	20	22	37	1.95
27617552--27617728	81	2.2	81	84	2	230	19	20	22	37	1.95
27619223--27619293	6	11.0	6	74	15	54	77	4	18	0	0.93
27619229--27619293	28	2.3	28	84	7	78	76	4	18	0	0.95
27619633--27619673	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
27621205--27621278	35	2.1	35	100	0	148	29	5	17	47	1.70
27621151--27621351	107	1.9	106	81	3	242	31	5	14	47	1.69
27623871--27623918	24	2.0	25	91	4	80	37	12	16	33	1.86
27627120--27627172	26	2.0	26	100	0	106	26	11	3	58	1.49
27627467--27627604	66	2.1	66	82	5	163	42	17	25	15	1.88
27627914--27628055	43	3.2	43	73	13	124	23	19	26	30	1.98
27627928--27628022	49	1.9	49	84	0	127	24	16	28	30	1.97
27630581--27630640	31	1.9	32	96	3	113	33	8	11	46	1.70
27634637--27634709	22	3.2	23	76	20	89	45	12	4	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27639251--27639332	26	3.2	26	87	6	130	35	23	7	34	1.82
27646250--27646357	26	4.2	26	84	2	146	38	22	5	33	1.77
27646250--27646357	52	2.1	52	89	0	162	38	22	5	33	1.77
27648452--27648520	21	3.4	21	69	15	72	31	0	4	63	1.14
27649955--27649996	21	2.0	21	95	0	75	26	14	30	28	1.95
27650559--27650689	43	3.0	43	86	0	181	30	23	16	29	1.96
27652194--27652289	40	2.4	41	81	16	112	30	7	2	60	1.35
27652310--27652387	9	8.2	9	71	19	52	35	0	3	60	1.15
27652310--27652408	28	3.7	28	74	18	93	36	0	4	59	1.16
27652310--27652393	21	4.1	21	70	13	68	34	0	3	61	1.13
27660557--27660621	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
27668587--27668651	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
27670150--27670231	40	2.0	40	100	0	164	28	29	19	23	1.98
27678045--27678225	40	4.6	40	90	2	276	25	30	20	23	1.99
27682950--27683194	40	6.1	40	92	2	361	22	23	27	26	2.00
27691034--27691275	40	6.1	40	92	3	357	23	23	27	26	2.00
27697136--27697195	18	3.3	18	75	9	59	30	15	11	43	1.82
27697326--27697369	6	7.3	6	90	10	72	47	13	18	20	1.82
27698499--27698539	21	2.0	21	85	9	57	41	4	0	53	1.22
27701550--27701672	40	3.1	40	83	6	169	43	21	17	16	1.87
27701897--27701949	26	2.0	26	100	0	106	33	22	3	39	1.72
27705619--27705774	40	4.0	40	82	6	176	44	21	16	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27712383--27712590	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
27712385--27712590	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
27720393--27720600	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
27720395--27720600	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
27725768--27725911	38	3.7	38	85	6	166	24	22	25	27	2.00
27725898--27726078	43	4.2	43	93	0	292	10	24	34	30	1.89
27726408--27726516	45	2.5	45	83	5	125	23	22	26	26	2.00
27731560--27731662	38	2.8	36	86	8	136	23	19	24	33	1.97
27731661--27731769	43	2.5	43	87	0	155	12	25	33	28	1.93
27732086--27732199	45	2.6	45	86	5	144	24	23	27	24	2.00
27737490--27737779	148	2.0	148	95	0	517	31	18	15	34	1.92
27748236--27748411	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
27748233--27748403	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
27752128--27752334	54	3.9	54	71	9	163	20	23	18	37	1.94
27754721--27754884	40	4.1	40	81	3	195	24	21	28	25	1.99
27762776--27762939	40	4.1	40	78	3	159	25	20	27	26	1.99
27762776--27762939	80	2.0	80	81	2	186	25	20	27	26	1.99
27771148--27771186	17	2.3	17	95	0	69	20	7	15	56	1.63
27774121--27774152	15	2.1	15	100	0	64	34	25	18	21	1.96
27780947--27781136	40	4.7	40	84	9	237	26	27	21	24	1.99
27785345--27785472	43	3.0	42	78	3	132	27	13	25	33	1.93
27785523--27785569	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27791926--27792221	50	5.9	50	80	4	283	26	16	25	31	1.96
27791981--27792221	101	2.4	100	80	5	256	26	17	26	30	1.97
27795059--27795098	21	2.0	20	85	5	53	37	25	25	12	1.91
27795726--27795758	16	1.9	17	88	11	50	69	6	18	6	1.30
27795780--27795824	18	2.5	18	79	10	56	73	2	8	15	1.18
27797360--27797395	16	2.2	17	95	5	65	72	2	25	0	0.98
27799275--27799380	56	1.9	54	84	3	140	25	33	0	40	1.62
27806959--27806999	20	2.0	20	95	0	73	9	26	41	21	1.84
27808834--27808872	14	2.9	14	88	3	53	10	7	2	79	1.02
27808886--27808910	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27809793--27810209	46	8.8	47	74	14	235	25	29	17	27	1.97
27809796--27810209	94	4.4	95	75	12	340	25	29	17	27	1.97
27810883--27810907	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
27819071--27819107	19	1.9	19	88	0	56	18	37	21	21	1.94
27819107--27819132	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27829008--27829032	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
27837725--27837814	43	2.1	44	87	6	130	45	10	13	31	1.76
27846017--27846116	34	3.1	34	91	5	154	24	14	14	48	1.80
27846697--27846726	14	2.1	14	93	0	51	83	0	0	16	0.65
27848663--27848701	20	1.9	21	89	5	62	30	0	0	69	0.89
27852889--27852993	31	3.4	31	76	7	124	52	1	2	42	1.27
27852881--27853015	61	2.2	61	93	0	225	49	4	2	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27859013--27859069	22	2.6	22	91	0	87	14	36	33	15	1.88
27867926--27867952	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27871060--27871336	48	5.8	48	88	3	382	25	18	28	27	1.98
27871069--27871381	48	6.5	48	84	7	291	25	17	30	26	1.98
27871069--27871381	96	3.3	93	85	7	362	25	17	30	26	1.98
27871072--27871381	144	2.2	144	83	5	378	26	18	30	25	1.98
27872706--27872877	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
27872698--27872873	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
27875258--27875345	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
27875258--27875336	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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