genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5817594--5817627	15	2.2	16	94	5	61	0	0	11	88	0.52
5820579--5820921	131	2.6	131	77	3	357	26	19	17	36	1.94
5834860--5834980	64	1.9	64	85	0	170	29	19	17	33	1.94
5838102--5838448	131	2.6	132	78	6	373	26	19	19	35	1.95
5842307--5842354	23	2.1	23	100	0	96	39	16	12	31	1.86
5845179--5845275	32	3.0	32	96	0	176	31	6	22	39	1.79
5846759--5846809	26	2.0	26	84	7	68	35	23	17	23	1.95
5848403--5848433	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
5853255--5853319	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
5854796--5854848	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
5861345--5861376	13	2.5	13	95	5	57	84	0	0	15	0.63
5862437--5862497	26	2.3	26	86	5	79	50	0	1	47	1.10
5862437--5862505	27	2.6	26	81	4	75	52	0	2	44	1.16
5862457--5862505	26	1.9	25	87	4	71	53	0	4	42	1.20
5862537--5862590	21	2.5	22	76	11	58	53	7	0	38	1.29
5863221--5863253	17	1.9	17	88	11	50	36	0	9	54	1.32
5864837--5864890	21	2.6	21	80	16	67	44	25	1	27	1.64
5868622--5868666	20	2.3	18	82	14	54	22	6	4	66	1.33
5868631--5868678	19	2.5	20	79	3	62	18	8	6	66	1.39
5870434--5870521	40	2.2	38	76	13	90	28	3	1	67	1.14
5870461--5870504	16	2.8	16	79	6	54	36	0	2	61	1.09
5870612--5870661	27	1.9	25	84	8	64	56	8	8	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5875711--5875751	19	2.1	20	90	4	66	56	0	0	43	0.99
5875716--5875760	20	2.4	18	82	10	54	60	4	0	35	1.17
5875768--5875810	17	2.5	18	82	17	56	69	0	2	27	1.00
5881724--5881786	31	2.0	31	100	0	126	39	12	12	34	1.82
5883151--5883197	22	2.1	22	96	0	85	36	2	4	57	1.30
5883673--5883729	27	2.1	26	84	12	71	29	7	7	56	1.53
5884118--5884150	2	17.0	2	87	6	50	45	0	0	54	0.99
5892131--5892170	13	3.1	13	100	0	80	25	15	15	45	1.84
5897003--5897046	23	2.0	23	90	4	72	52	0	0	47	1.00
5900416--5900464	22	2.3	22	82	3	55	57	14	14	14	1.66
5900728--5900757	12	2.5	12	94	0	51	13	26	13	46	1.80
5902720--5902762	21	2.1	20	82	4	50	4	16	4	74	1.16
5903972--5904125	77	2.0	77	97	0	290	40	13	27	18	1.88
5909703--5909737	17	2.1	17	100	0	70	37	28	5	28	1.80
5916298--5916346	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
5916693--5916870	41	4.4	41	91	1	252	34	22	22	20	1.96
5916664--5916870	81	2.5	81	85	3	265	35	22	22	19	1.96
5917389--5917439	7	7.3	7	88	0	75	15	0	52	31	1.43
5917372--5917439	21	3.2	21	81	4	75	16	0	51	32	1.45
5917646--5917688	15	3.0	15	80	10	54	20	0	32	46	1.51
5917641--5917683	22	2.0	22	81	9	52	23	0	30	46	1.52
5918283--5918336	7	7.7	7	97	0	99	85	0	0	14	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5918283--5918345	21	3.0	21	92	2	99	80	1	0	17	0.78
5919980--5920249	138	2.0	138	93	1	470	27	10	14	48	1.75
5921291--5921478	43	4.4	43	90	2	270	23	21	31	22	1.98
5929139--5929185	24	2.0	24	82	0	58	6	6	27	59	1.46
5930650--5930697	21	2.3	21	92	0	78	45	0	10	43	1.38
5934908--5934941	12	2.7	13	81	9	52	0	52	0	47	1.00
5935096--5935131	18	2.1	17	89	5	54	13	2	5	77	1.05
5935099--5935164	28	2.4	28	79	5	71	16	9	1	72	1.17
5936398--5936447	20	2.5	20	93	0	82	26	46	14	14	1.81
5936842--5936875	12	2.8	12	86	0	50	14	5	2	76	1.09
5947501--5947614	41	2.7	43	82	4	142	28	22	18	30	1.97
5947501--5947622	43	2.9	42	81	4	147	29	22	18	29	1.97
5950678--5950785	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
5955268--5955347	40	2.0	40	97	0	151	45	6	6	42	1.54
5958930--5958976	4	11.5	4	78	13	51	17	0	8	74	1.05
5958919--5958976	16	3.5	16	79	13	55	17	3	8	70	1.26
5958933--5958972	20	2.0	20	90	9	64	15	0	10	75	1.05
5958919--5958976	13	4.7	12	79	12	55	17	3	8	70	1.26
5958934--5958987	24	2.3	23	84	12	65	18	0	7	74	1.05
5960308--5960614	99	3.2	99	79	8	280	27	21	20	30	1.98
5960445--5960640	89	2.2	89	84	1	250	25	22	20	31	1.98
5961014--5961115	46	2.2	46	82	3	125	26	26	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5961525--5961662	53	2.6	53	90	0	213	53	7	16	22	1.67
5963770--5963861	38	2.4	38	78	8	98	58	4	5	31	1.40
5964081--5964144	26	2.6	24	73	9	65	51	0	4	43	1.22
5964083--5964161	24	3.2	24	75	8	70	54	0	3	41	1.18
5965691--5966412	206	3.5	204	91	2	1079	27	22	18	31	1.97
5974545--5974743	54	3.9	49	80	9	181	32	26	15	26	1.95
5974601--5974762	54	3.0	54	84	8	206	33	23	14	29	1.94
5976034--5976173	39	3.6	39	96	0	253	38	22	25	12	1.90
5983327--5983609	44	6.4	44	70	8	144	26	18	22	32	1.97
5985151--5985199	24	2.0	26	84	8	66	16	0	10	73	1.09
5985151--5985200	20	2.5	20	84	12	59	16	0	10	74	1.08
5985255--5985330	40	2.0	37	82	12	91	25	9	3	61	1.43
5985355--5985389	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
5986407--5986671	143	1.9	140	83	3	343	26	23	21	29	1.99
5986545--5986770	99	2.3	99	83	3	267	27	22	19	30	1.98
5986636--5986960	143	2.3	143	85	1	436	26	21	20	32	1.98
5986410--5986960	242	2.3	237	84	5	702	26	21	20	30	1.98
5986833--5986959	44	2.8	45	78	1	139	25	22	20	31	1.98
5987313--5987460	46	3.2	46	83	3	190	25	26	16	31	1.96
5987868--5988009	53	2.7	53	88	0	203	55	4	14	24	1.59
5989316--5989352	19	1.9	19	100	0	74	43	16	8	32	1.77
5991774--5991833	14	4.3	14	75	8	59	36	43	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5991775--5991826	21	2.5	20	84	9	77	34	44	0	21	1.52
5991835--5991882	14	3.4	14	77	11	53	45	25	2	27	1.64
5991857--5991910	22	2.5	22	88	8	76	50	24	0	25	1.50
5992289--5992363	34	2.2	36	80	9	93	28	1	29	41	1.64
5992299--5992367	34	2.0	34	88	2	102	28	1	26	43	1.63
5992326--5992466	49	2.9	49	88	4	205	19	0	36	43	1.56
5992355--5992462	7	15.4	7	81	11	84	15	0	39	43	1.53
5992355--5992474	14	8.5	14	74	18	99	16	0	39	43	1.54
5992401--5992485	28	3.0	27	78	13	75	16	1	36	45	1.55
5992343--5992485	49	2.9	48	82	8	173	17	1	34	46	1.57
5993292--5993324	16	2.1	16	94	0	57	15	12	15	57	1.65
5995204--5995262	20	2.9	21	94	5	111	44	8	0	47	1.33
5995822--5995860	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
5995860--5995905	3	15.0	3	95	4	83	0	0	32	67	0.91
5996330--5996359	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
5996361--5996442	9	9.1	9	77	5	76	43	20	2	32	1.65
5996343--5996433	45	2.0	45	89	0	137	46	18	2	32	1.62
6002001--6002047	21	2.2	21	88	0	67	31	21	46	0	1.51
6002409--6002542	43	3.1	42	75	10	119	30	25	17	26	1.98
6002431--6002594	43	3.9	42	82	4	186	25	24	18	32	1.97
6008204--6008253	22	2.2	23	79	13	59	34	14	12	40	1.82
6011195--6011253	28	2.1	28	81	12	68	30	1	6	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6011613--6011649	14	2.4	16	86	13	51	51	0	5	43	1.24
6014574--6014604	15	2.1	14	94	5	53	29	9	0	61	1.28
6015948--6016011	31	2.1	31	100	0	128	31	20	9	39	1.84
6025550--6025808	138	1.9	138	86	1	376	20	23	12	44	1.85
6025535--6025808	46	6.0	46	85	2	336	20	22	13	43	1.87
6027685--6027722	11	3.5	11	88	0	58	68	0	2	28	1.03
6027723--6027761	19	2.1	19	85	9	53	51	5	0	43	1.24
6042803--6042908	55	1.9	55	98	0	203	37	10	3	48	1.56
6043536--6043560	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6043701--6043794	47	2.0	47	97	0	179	28	9	19	42	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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