genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  101  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29731526--29731713	40	4.8	40	88	1	190	23	31	21	22	1.98
29731570--29731714	37	3.9	34	87	10	139	22	31	21	25	1.98
29731570--29731723	38	4.0	37	88	5	227	22	31	20	25	1.98
29731570--29731723	75	2.0	78	89	3	242	22	31	20	25	1.98
29734493--29734660	47	3.8	43	78	11	155	23	15	29	32	1.95
29756400--29756567	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
29756400--29756567	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
29768858--29768990	57	2.3	57	85	0	176	27	12	16	44	1.83
29770537--29770639	25	4.2	26	82	12	153	32	6	24	36	1.82
29770552--29770622	22	3.1	22	85	6	88	33	7	21	38	1.80
29776194--29776277	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
29778062--29778348	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	32	1.97
29780094--29780267	45	3.9	45	80	3	134	22	19	15	42	1.89
29784588--29784731	37	3.9	37	92	1	236	25	33	18	22	1.97
29784590--29784731	73	1.9	74	92	1	241	23	33	19	23	1.97
29784938--29785224	47	6.1	47	89	0	432	27	29	11	32	1.91
29784938--29785225	140	2.0	141	93	0	497	27	29	11	31	1.91
29792175--29792251	39	2.0	39	97	0	145	22	25	28	23	1.99
29793565--29793736	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
29793557--29793732	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
29796072--29796160	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
29796072--29796151	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29796083--29796160	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
29799113--29799283	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
29799105--29799285	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
29804030--29804105	40	1.9	40	94	0	134	18	21	26	34	1.96
29813728--29813848	55	2.2	55	79	5	129	18	30	26	24	1.98
29820505--29820690	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
29828584--29828777	76	2.5	77	86	9	261	25	26	21	26	1.99
29828537--29828777	40	6.1	39	84	10	246	25	26	21	26	1.99
29831081--29832915	625	2.9	625	97	0	3429	32	12	19	35	1.90
29836499--29836765	126	2.1	126	89	0	399	35	16	17	29	1.92
29839778--29839804	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
29840026--29840082	21	2.7	21	76	10	64	10	10	42	36	1.74
29840322--29840364	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
29840418--29840515	30	3.3	30	89	0	142	13	17	39	29	1.87
29842177--29842222	21	2.1	22	84	4	58	39	2	28	30	1.69
29842184--29842222	11	3.6	11	93	3	62	38	0	25	35	1.56
29843040--29843077	17	2.2	18	85	4	51	68	0	0	31	0.90
29843962--29843987	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
29844070--29844112	20	2.2	20	91	0	68	27	9	9	53	1.63
29846389--29846420	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
29847602--29847634	12	2.6	13	85	4	50	30	0	0	69	0.88
29847762--29847797	18	2.0	18	94	0	63	63	5	0	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29855018--29855147	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
29858940--29859009	28	2.4	28	78	4	77	58	4	0	37	1.18
29859105--29859175	33	2.3	29	78	11	70	66	4	5	23	1.31
29864394--29864427	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
29864882--29864971	9	9.7	9	71	14	58	62	3	5	28	1.34
29864882--29864971	19	4.8	18	72	15	58	62	3	5	28	1.34
29866772--29866814	22	2.0	22	90	0	68	37	16	2	44	1.60
29868543--29868594	27	1.9	27	88	0	77	50	1	11	36	1.50
29869124--29869157	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
29870977--29871249	55	5.0	55	89	1	370	39	17	11	30	1.86
29871229--29871261	13	2.4	14	85	10	50	60	6	12	21	1.53
29871198--29871912	163	4.2	173	83	11	776	35	19	17	27	1.94
29871432--29871913	79	5.9	79	80	11	555	34	19	17	28	1.95
29888398--29888430	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
29889004--29889037	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
29889041--29889081	19	2.0	21	90	9	68	68	4	7	19	1.32
29890862--29890912	26	2.0	26	84	0	66	50	0	3	45	1.20
29895503--29895678	46	3.8	48	78	8	168	27	23	28	20	1.99
29895500--29895717	94	2.3	95	83	8	286	27	21	28	22	1.99
29895503--29895868	47	7.7	47	71	15	195	28	19	28	23	1.98
29916150--29916267	44	2.8	41	79	8	103	21	17	29	31	1.96
29918953--29919051	27	3.6	28	80	9	107	39	20	10	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29918953--29919059	54	2.0	54	80	10	121	37	20	10	31	1.86
29919048--29919115	27	2.5	27	80	0	82	26	29	5	38	1.80
29919058--29919180	65	1.9	65	81	3	149	25	27	8	39	1.84
29919108--29919189	27	3.0	28	89	3	114	25	25	9	39	1.86
29919167--29919388	27	8.1	27	77	7	128	40	18	8	32	1.80
29919167--29919305	54	2.6	55	84	7	194	40	19	7	32	1.80
29919167--29919388	54	4.1	53	75	11	164	40	18	8	32	1.80
29919450--29919514	27	2.4	27	82	5	78	36	20	23	20	1.95
29920750--29920806	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
29920748--29920818	20	3.5	20	90	0	115	33	11	22	32	1.90
29920865--29921030	23	7.1	23	91	2	269	27	22	21	27	1.99
29920865--29921032	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
29920863--29921030	70	2.4	71	92	2	277	27	23	21	27	1.99
29921172--29921263	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
29921287--29921350	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
29924191--29924289	27	3.7	28	76	9	89	39	21	9	30	1.84
29924285--29924352	27	2.5	27	82	0	91	26	30	5	36	1.80
29924295--29924417	65	1.9	65	81	3	149	25	27	8	39	1.84
29924345--29924426	27	3.0	28	89	3	114	25	25	9	39	1.86
29924404--29924571	27	6.2	27	75	6	108	39	20	8	30	1.84
29924404--29924542	54	2.6	54	85	4	190	39	20	8	31	1.83
29924404--29924571	54	3.1	54	78	8	146	39	20	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29924687--29924751	27	2.4	27	82	5	78	36	20	23	20	1.95
29925987--29926043	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
29925985--29926055	20	3.5	20	90	0	115	33	11	22	32	1.90
29926102--29926267	23	7.1	23	91	2	269	27	22	21	27	1.99
29926102--29926269	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
29926100--29926267	70	2.4	71	92	2	277	27	23	21	27	1.99
29926409--29926500	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
29926524--29926587	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
29930879--29931018	51	3.0	44	76	14	129	20	15	30	33	1.93
29936254--29936301	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
29936316--29936398	42	2.0	42	90	0	130	32	6	14	46	1.69
29945331--29945540	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
29952554--29952723	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
29953811--29953978	82	2.0	82	96	0	309	36	8	22	32	1.85
29961978--29962031	21	2.7	21	80	11	60	40	1	33	24	1.66
29961978--29962022	18	2.5	18	78	7	56	42	2	35	20	1.64
29963352--29963502	43	3.5	42	83	8	171	26	17	24	31	1.97
29967511--29967546	18	2.0	18	100	0	72	38	27	5	27	1.79
29970105--29970196	47	2.0	46	89	2	139	18	25	23	32	1.97
29970151--29970382	39	5.9	39	91	1	340	19	23	27	30	1.98
29976587--29976809	38	5.5	39	85	12	292	18	23	28	29	1.98
29976611--29976742	46	3.0	46	86	12	176	17	23	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29976586--29976796	84	2.6	85	86	11	300	18	22	28	29	1.97
29980619--29980679	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29985028--29985218	24	8.1	23	91	2	283	28	21	22	27	1.99
29985026--29985220	47	4.1	47	90	3	302	27	21	22	28	1.99
29985028--29985220	71	2.7	70	92	2	323	27	21	22	27	1.99
29985277--29985333	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
29985270--29985335	20	3.3	20	95	0	123	31	19	12	36	1.89
29985270--29985324	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
29987625--29987650	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
29993234--29993347	40	2.8	39	84	5	147	18	30	17	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325