genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21240811--21240857	22	2.1	22	100	0	94	25	27	8	38	1.85
21243363--21243405	21	2.0	21	95	0	77	20	6	20	51	1.71
21246973--21247021	19	2.6	19	96	3	91	32	12	0	55	1.37
21264534--21264627	49	1.9	49	95	0	170	39	14	10	35	1.81
21267466--21267504	21	1.9	21	89	5	62	7	28	7	56	1.55
21268058--21268090	12	2.8	12	86	13	50	48	3	9	39	1.50
21269809--21269843	18	1.9	18	88	0	52	62	11	5	20	1.48
21272143--21272271	46	2.8	46	92	0	204	29	27	22	20	1.98
21274656--21274738	28	2.9	28	82	10	96	56	15	16	10	1.66
21274652--21274729	15	5.4	15	77	13	83	58	12	17	10	1.61
21274663--21274738	15	5.2	15	75	12	77	56	14	17	11	1.67
21277645--21277818	93	1.9	93	93	0	303	27	30	21	20	1.98
21277637--21277812	46	3.8	46	81	7	212	28	29	21	21	1.98
21277688--21277831	46	3.1	46	74	14	152	29	29	20	20	1.98
21283709--21283835	28	4.6	27	78	7	123	30	27	13	28	1.94
21283741--21283807	26	2.5	28	80	7	84	35	26	10	26	1.89
21287890--21287921	15	2.1	16	94	5	57	62	0	3	34	1.11
21287888--21287921	16	2.1	16	88	0	50	61	0	2	35	1.11
21291181--21291208	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
21295785--21295809	13	1.9	13	100	0	50	0	36	16	48	1.46
21297885--21298043	79	2.0	79	98	0	309	41	11	24	22	1.86
21301050--21301342	50	5.8	50	78	2	282	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21301100--21301342	101	2.4	99	82	2	299	26	19	24	29	1.98
21301063--21301376	150	2.1	153	83	4	404	26	17	25	30	1.97
21302254--21303357	552	2.0	552	98	0	2118	29	10	23	36	1.88
21305952--21306074	49	2.5	49	84	2	158	23	28	17	30	1.97
21310260--21310285	9	2.9	9	100	0	52	23	11	0	65	1.25
21314335--21314400	33	2.0	33	100	0	132	24	21	15	39	1.91
21319077--21319124	25	1.9	25	83	8	62	29	29	14	27	1.95
21320736--21320764	12	2.5	12	94	5	51	55	17	10	17	1.69
21320758--21320786	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
21321132--21321272	29	4.9	29	75	6	126	50	7	17	24	1.71
21321132--21321270	58	2.4	56	77	8	154	50	7	17	24	1.71
21326490--21326539	20	2.6	18	81	12	55	38	4	14	44	1.63
21332620--21332689	20	3.5	20	73	5	54	37	8	10	44	1.69
21334830--21334857	13	2.2	13	100	0	56	46	7	17	28	1.75
21337258--21337477	49	4.6	49	74	10	161	25	29	18	27	1.98
21337399--21337519	46	2.6	48	84	2	147	23	29	17	28	1.97
21340179--21340241	31	2.0	31	100	0	126	34	17	12	34	1.88
21341308--21341344	13	2.8	13	87	4	56	45	0	0	54	1.00
21341472--21341519	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
21342618--21342659	20	2.0	21	90	4	68	54	2	0	42	1.13
21343185--21343728	270	2.0	272	93	1	932	33	13	17	35	1.89
21345404--21345482	41	1.9	41	100	0	158	22	12	25	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21353815--21354091	138	2.0	138	100	0	554	26	12	17	42	1.85
21356343--21356376	18	1.9	18	88	5	52	17	11	26	44	1.83
21357590--21357617	6	4.7	6	100	0	56	35	17	32	14	1.90
21358052--21358110	26	2.4	24	83	8	73	69	1	0	28	0.98
21358098--21358140	21	2.0	21	90	4	68	72	6	2	18	1.19
21358186--21358218	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
21358420--21358445	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21361460--21361520	25	2.4	25	88	2	86	54	0	8	37	1.31
21370316--21370369	27	2.0	27	100	0	108	18	11	14	55	1.68
21373116--21373159	22	2.0	22	95	0	79	54	20	0	25	1.45
21374071--21374143	36	2.0	36	100	0	146	8	38	8	45	1.64
21377128--21377189	26	2.4	25	76	10	63	53	1	1	43	1.20
21377792--21378067	137	2.0	137	93	0	471	34	10	9	45	1.72
21384895--21385000	41	2.5	41	89	3	149	25	16	25	33	1.96
21384895--21385043	43	3.5	41	81	7	140	27	16	24	31	1.96
21389547--21389604	26	2.3	26	93	3	100	29	25	15	29	1.96
21393374--21393550	47	3.8	46	80	5	171	31	27	19	22	1.97
21404883--21404911	14	2.0	15	93	6	51	51	13	13	20	1.75
21409283--21409320	17	2.2	17	90	0	58	68	0	2	28	1.03
21411318--21411374	5	11.4	5	100	0	114	40	0	0	59	0.97
21412153--21412233	40	2.0	40	85	0	108	35	9	16	38	1.81
21412446--21412541	45	2.1	45	90	3	149	22	18	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21412446--21412552	45	2.4	45	88	3	144	22	18	18	40	1.92
21421623--21421703	40	2.0	40	85	0	108	35	9	16	38	1.81
21421916--21422020	45	2.3	45	86	3	149	20	19	19	40	1.91
21422004--21422038	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
21426576--21426623	23	2.0	24	92	8	80	12	8	45	33	1.72
21426619--21426684	12	5.6	12	78	8	55	15	15	46	22	1.82
21426607--21426687	23	3.4	23	72	9	65	17	14	45	22	1.84
21428077--21428381	152	2.0	152	98	0	594	51	10	12	25	1.71
21433219--21433260	12	3.3	13	83	9	52	16	9	0	73	1.08
21434563--21434605	22	2.0	22	86	8	63	48	4	27	18	1.68
21436003--21436178	46	3.8	46	82	4	228	20	21	30	27	1.98
21435999--21436170	93	1.8	93	94	0	308	20	22	30	26	1.98
21443509--21443546	3	12.7	3	94	0	67	0	34	0	65	0.93
21449427--21449567	57	2.4	60	82	8	166	34	19	17	29	1.94
21452692--21452740	20	2.4	20	83	10	64	42	22	24	10	1.84
21461272--21461304	17	1.9	17	100	0	66	33	18	0	48	1.48
21464187--21464407	108	2.0	110	91	6	360	52	4	12	31	1.57
21464901--21464997	19	5.3	19	69	16	53	37	1	5	56	1.28
21469041--21469078	15	2.6	14	84	8	58	18	0	5	76	0.97
21470614--21470650	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21478732--21478833	27	3.8	27	82	10	120	34	20	23	21	1.97
21478942--21479015	28	2.8	26	85	4	85	31	9	22	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480458--21480565	26	4.2	26	96	0	189	36	24	7	32	1.83
21486017--21486107	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
21486147--21486250	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
21486242--21486432	49	3.9	49	97	0	346	30	27	8	32	1.87
21501192--21501353	69	2.3	69	90	0	243	29	14	27	29	1.95
21504422--21504475	27	2.0	26	83	16	67	20	1	9	68	1.27
21505870--21505916	21	2.2	21	88	0	67	40	12	2	44	1.54
21513813--21513979	40	4.2	40	79	2	167	24	28	22	25	1.99
21515172--21515297	63	2.0	60	82	13	150	25	15	15	43	1.86
21525439--21525489	5	9.8	5	80	19	52	76	0	1	21	0.88
21525445--21525483	13	3.1	13	85	14	55	76	0	2	20	0.90
21525439--21525492	19	2.7	20	81	18	67	75	0	1	22	0.89
21530280--21530346	21	3.2	21	82	0	80	13	38	32	14	1.86
21530671--21530709	14	2.8	14	92	0	60	33	35	7	23	1.83
21532172--21532248	40	1.9	40	83	0	100	16	16	32	33	1.92
21532168--21532256	40	2.3	38	75	7	88	16	19	31	32	1.94
21534131--21534208	34	2.3	34	86	4	104	30	20	16	32	1.95
21534323--21534389	14	4.8	14	74	7	55	26	17	16	38	1.91
21534326--21534390	28	2.3	28	81	5	78	29	16	16	36	1.92
21535253--21535417	68	2.4	66	85	6	206	46	21	6	25	1.74
21539994--21540038	22	2.0	22	86	0	63	28	37	6	26	1.82
21541529--21541695	43	3.9	43	81	3	185	32	24	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21543662--21543849	100	1.9	100	93	0	322	28	26	19	25	1.99
21543662--21543851	49	3.9	48	80	6	202	27	27	19	25	1.99
21552137--21552196	28	2.2	27	82	8	68	68	0	6	25	1.14
21553191--21553243	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
21561779--21561819	18	2.3	18	100	0	82	36	9	24	29	1.87
21570456--21570559	34	3.1	34	80	5	120	43	15	10	30	1.80
21574750--21574783	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21575151--21575237	29	3.0	29	79	3	95	48	13	4	33	1.63
21582291--21582335	21	2.1	22	88	8	67	57	0	0	42	0.98
21582300--21582347	21	2.2	21	81	3	51	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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