genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89207462--89207887	87	4.9	87	90	2	626	36	18	16	27	1.93
89215768--89215812	19	2.4	19	96	0	81	22	15	42	20	1.89
89220330--89220402	23	3.1	23	73	16	60	54	6	6	31	1.53
89220445--89220469	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
89227744--89227869	48	2.6	48	82	2	146	33	17	24	24	1.96
89234631--89234659	15	1.9	15	100	0	58	48	0	34	17	1.47
89234656--89234680	7	3.6	7	100	0	50	48	36	0	16	1.46
89235821--89236739	131	7.0	131	85	1	1117	32	14	15	38	1.87
89235821--89236739	390	2.3	391	84	2	1200	32	14	15	38	1.87
89237210--89237239	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
89241098--89241142	6	8.0	6	85	14	69	64	0	0	35	0.94
89248170--89248213	23	1.9	23	86	9	63	36	0	25	38	1.56
89251949--89252038	45	2.0	45	95	0	162	36	8	24	30	1.86
89253180--89253237	25	2.2	27	84	6	75	32	0	0	67	0.91
89253295--89253358	27	2.4	27	94	0	110	18	35	32	12	1.89
89253687--89253760	36	2.1	36	97	0	139	31	12	8	48	1.69
89253899--89254023	27	4.2	29	67	30	79	53	0	2	43	1.19
89254186--89254260	38	2.0	38	94	0	132	34	13	12	40	1.81
89256250--89256285	2	17.5	2	94	5	63	47	0	2	50	1.15
89256819--89256877	28	2.1	27	81	12	66	22	3	5	69	1.23
89256953--89256997	23	2.0	22	86	4	63	57	0	0	42	0.98
89256958--89257003	11	4.2	11	86	5	58	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89256915--89256995	19	4.3	19	67	17	60	54	4	0	40	1.22
89256958--89257004	23	2.0	23	84	8	60	61	0	0	38	0.96
89257946--89257983	20	1.9	20	88	0	58	50	0	0	50	1.00
89258009--89258041	17	2.0	17	88	5	50	57	3	3	36	1.29
89272002--89272033	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89273480--89273533	25	2.2	25	96	0	99	33	3	29	33	1.75
89275668--89275738	28	2.5	28	90	0	106	30	28	14	26	1.95
89279367--89279707	3	112.0	3	67	14	137	59	3	7	29	1.41
89283381--89283483	21	4.8	21	75	14	102	57	1	4	35	1.31
89283377--89283479	23	4.5	22	70	18	77	57	1	4	35	1.31
89283445--89283483	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
89283377--89283495	21	5.2	22	73	17	84	56	1	5	36	1.34
89283781--89283850	32	2.1	34	84	10	92	67	0	4	28	1.10
89285539--89285701	73	2.2	74	89	2	258	35	19	15	29	1.93
89285499--89286000	161	3.1	159	81	7	579	33	20	16	28	1.95
89285853--89286018	72	2.3	71	84	7	226	40	20	14	24	1.89
89285892--89286141	122	2.0	126	86	4	348	40	22	13	23	1.89
89286018--89286212	72	2.8	71	89	3	295	40	24	12	22	1.89
89285870--89286382	194	2.7	194	91	1	807	38	23	13	25	1.91
89286087--89286332	122	2.0	123	86	3	345	40	22	12	24	1.89
89286212--89286386	70	2.5	70	87	2	237	34	22	13	29	1.92
89298732--89298836	21	4.8	21	74	22	99	58	0	4	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89298753--89298837	25	3.5	25	70	20	81	60	1	3	35	1.22
89298728--89298835	46	2.3	45	84	12	139	58	0	4	36	1.25
89302678--89302727	18	2.7	18	75	3	55	32	20	12	36	1.89
89303906--89303947	21	2.0	20	86	13	59	4	19	2	73	1.12
89304938--89304967	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
89307981--89308031	22	2.4	21	87	6	75	47	23	21	7	1.77
89309182--89309244	27	2.3	27	80	0	72	36	14	25	23	1.93
89309291--89309416	27	4.7	27	74	13	89	28	17	31	22	1.96
89310455--89310511	27	2.1	27	87	6	80	24	24	35	15	1.95
89314211--89314249	21	1.9	20	84	5	51	15	10	23	51	1.73
89315218--89315299	42	2.0	42	100	0	164	50	28	0	21	1.49
89317440--89317480	22	1.9	21	85	5	55	51	0	4	43	1.23
89317474--89317504	12	2.6	12	94	0	53	80	3	0	16	0.83
89323935--89324051	58	2.0	58	88	0	171	34	25	15	24	1.95
89324959--89324990	14	2.2	15	94	5	57	3	12	6	78	1.06
89325005--89325121	5	23.6	5	72	23	63	54	1	1	41	1.20
89325005--89325072	13	5.3	13	81	15	79	60	1	1	36	1.15
89325011--89325079	13	5.4	13	77	20	51	59	1	1	37	1.15
89325000--89325072	8	8.8	8	82	14	94	60	1	1	36	1.14
89326683--89326792	26	4.2	26	90	0	184	33	5	24	36	1.79
89328416--89328555	27	5.2	27	86	2	174	17	24	23	34	1.96
89328416--89328555	54	2.6	55	88	2	194	17	24	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89329714--89329782	21	3.3	21	70	0	66	43	15	24	15	1.87
89335367--89335419	24	2.2	24	79	0	61	47	16	15	20	1.83
89337348--89337564	25	8.4	27	64	21	74	58	5	5	30	1.44
89337415--89337443	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
89338036--89338104	33	2.2	32	87	10	97	17	28	1	52	1.53
89338318--89338352	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
89339164--89339225	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
89339281--89339319	14	2.8	14	92	0	60	58	5	20	15	1.55
89339310--89339820	71	7.1	72	76	9	429	36	22	16	24	1.94
89339820--89340083	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
89339820--89340083	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
89339585--89340250	257	2.5	262	93	2	1092	37	22	14	25	1.93
89342623--89343012	195	2.0	195	97	0	744	25	23	21	30	1.99
89349570--89349640	34	2.2	33	87	10	101	16	28	1	53	1.52
89349859--89349894	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
89349859--89349892	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
89360127--89360197	35	2.0	35	100	0	142	26	14	28	30	1.95
89361113--89361173	30	2.0	30	90	6	97	57	11	4	26	1.54
89363653--89363695	14	3.3	13	87	6	52	37	4	0	58	1.19
89363662--89363696	14	2.6	14	90	4	54	42	5	0	51	1.25
89369255--89369339	42	2.0	42	97	0	161	38	12	18	29	1.88
89371583--89371650	33	2.1	33	91	0	109	27	10	7	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89374336--89374377	22	1.9	22	85	0	57	26	21	38	14	1.91
89376837--89376861	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
89383158--89383201	21	2.0	22	82	4	54	43	11	0	45	1.40
89384657--89384716	26	2.3	26	91	0	93	40	10	16	33	1.82
89385808--89385845	18	2.1	19	90	5	60	60	0	18	21	1.36
89387562--89387610	17	2.9	17	80	17	57	61	6	0	32	1.21
89394661--89394693	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
89394742--89394808	21	3.2	20	80	15	75	61	0	7	31	1.24
89394823--89394871	22	2.3	21	83	13	64	46	8	8	36	1.63
89394945--89394987	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
89395483--89395549	26	2.5	26	83	9	82	65	1	10	22	1.31
89395558--89395639	19	4.5	19	64	21	50	58	2	7	31	1.38
89396751--89396836	23	3.8	22	85	3	82	17	0	34	47	1.48
89396780--89396833	23	2.3	23	96	0	99	20	0	35	44	1.52
89399406--89399497	46	2.0	46	100	0	184	26	4	10	58	1.50
89399947--89399998	26	2.0	26	88	0	77	32	23	21	23	1.98
89404387--89404445	28	2.2	27	87	6	84	64	3	0	32	1.10
89404387--89404445	26	2.2	28	88	11	88	64	3	0	32	1.10
89404396--89404452	26	2.2	25	84	9	80	64	3	0	31	1.10
89404565--89404602	20	1.9	20	88	0	58	68	0	2	28	1.03
89407418--89407474	3	19.0	3	92	7	98	31	1	0	66	1.02
89407661--89407696	16	2.2	17	90	5	56	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89414924--89414964	3	14.0	3	85	14	59	31	2	0	65	1.05
89420498--89420638	49	2.9	49	75	0	129	26	14	29	30	1.95
89420882--89420973	48	1.9	48	90	0	148	32	4	21	41	1.73
89430445--89430485	10	4.3	10	75	12	50	51	7	0	41	1.30
89430445--89430485	14	2.9	14	79	13	57	51	7	0	41	1.30
89430476--89430519	21	2.0	22	86	4	63	43	9	4	43	1.56
89435582--89435618	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
89435871--89435916	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
89435871--89435947	22	3.7	21	77	14	70	40	16	6	36	1.75
89435901--89435998	35	2.7	37	86	12	141	34	16	11	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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