genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52905053--52905084	16	2.0	16	93	0	55	31	9	18	40	1.83
52905154--52905221	28	2.4	28	78	4	75	26	10	14	48	1.76
52908330--52908385	29	2.0	28	82	3	67	5	17	1	75	1.09
52908350--52908401	15	3.2	16	78	15	54	0	15	1	82	0.75
52908349--52908435	23	3.9	23	82	8	108	2	17	2	78	0.97
52908350--52908401	17	3.2	17	81	15	65	0	15	1	82	0.75
52908349--52908410	17	3.6	16	77	14	61	1	16	1	80	0.87
52908349--52908431	6	13.7	6	73	22	59	2	16	2	78	0.97
52910419--52910462	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
52915479--52915511	13	2.7	13	90	9	52	9	9	9	72	1.28
52917073--52917116	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
52918977--52919008	10	3.2	10	90	0	55	9	18	25	46	1.79
52920686--52920724	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
52920742--52920791	18	2.8	18	90	0	82	16	26	0	58	1.38
52923258--52923323	20	3.3	19	70	10	51	34	18	27	19	1.95
52925146--52925248	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
52936101--52936203	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
52941156--52941219	18	3.7	18	72	16	55	6	29	1	62	1.29
52947223--52947319	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
52949432--52949514	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
52949465--52949520	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
52949490--52949514	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52949517--52949547	12	2.6	12	94	0	53	25	19	12	41	1.87
52949595--52949642	5	9.0	5	86	13	53	2	16	0	81	0.79
52949608--52949642	6	6.2	6	93	6	56	0	17	0	82	0.66
52949597--52949642	22	2.1	22	88	8	67	2	15	0	82	0.76
52950557--52950610	11	4.7	11	80	13	56	16	5	5	72	1.23
52950569--52950612	23	1.9	23	90	0	70	18	4	6	70	1.27
52960067--52960163	30	3.2	30	71	8	81	27	16	27	27	1.97
52970557--52971092	27	19.9	27	78	6	244	33	21	10	34	1.87
52970556--52970748	80	2.4	81	84	2	262	34	20	11	32	1.89
52970562--52970720	53	3.0	51	77	8	156	37	20	11	30	1.89
52970710--52970948	81	3.0	81	88	0	334	28	23	8	38	1.85
52970710--52970948	54	4.4	54	90	0	325	28	23	8	38	1.85
52970683--52970957	81	3.4	81	84	0	280	30	24	8	37	1.85
52971083--52971351	27	10.0	27	90	0	405	34	20	21	23	1.97
52971554--52971623	25	2.8	25	88	0	95	27	22	22	27	1.99
52981563--52981723	46	3.4	47	78	6	159	29	18	27	24	1.98
52983142--52983170	13	2.2	13	100	0	58	31	0	6	62	1.22
52991926--52992080	44	3.7	42	77	9	138	34	25	13	25	1.93
52995893--52995936	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
52997729--52997797	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
53000065--53000120	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
53005808--53005866	9	6.4	9	86	2	82	55	20	1	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53005911--53006009	37	2.8	34	77	8	108	44	16	6	33	1.72
53005911--53006013	34	2.9	34	79	8	116	43	15	7	33	1.75
53007237--53007280	23	1.9	23	100	0	88	40	20	6	31	1.79
53008921--53008960	10	3.9	10	96	3	71	22	0	10	67	1.20
53009998--53010038	9	4.4	9	84	3	55	58	19	0	21	1.39
53010106--53010143	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
53011774--53011866	27	3.4	27	91	5	143	44	25	9	20	1.82
53013006--53013104	37	2.8	34	79	8	117	43	16	7	33	1.75
53013006--53013108	34	2.9	34	80	8	125	42	15	8	33	1.78
53021374--53021603	50	4.6	49	79	5	221	29	25	19	25	1.98
53028345--53028577	49	4.7	49	76	12	217	31	26	16	25	1.97
53033925--53034088	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
53033925--53034122	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
53038688--53038854	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53044758--53044859	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
53051937--53052011	28	2.6	29	77	6	82	21	34	21	22	1.97
53051995--53052068	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
53058007--53058225	40	5.6	40	84	3	266	25	26	23	24	2.00
53066182--53066365	40	4.6	40	82	2	235	25	25	23	26	2.00
53071119--53071248	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
53071135--53071285	40	3.8	39	80	6	144	23	27	23	26	2.00
53071119--53071285	80	2.1	79	82	7	196	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53073369--53073408	21	1.9	21	89	0	62	35	15	5	45	1.68
53092522--53092558	19	2.1	18	90	10	58	35	0	21	43	1.53
53097197--53097298	28	3.5	30	80	6	111	28	15	27	28	1.96
53097226--53097301	29	2.7	28	76	13	75	28	15	26	28	1.96
53104317--53104417	28	3.5	30	79	6	109	29	15	26	27	1.96
53109516--53109616	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
53117450--53117550	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
53123304--53123328	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
53124201--53124270	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
53126135--53126344	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
53134568--53134784	40	5.5	40	91	4	334	24	28	23	23	2.00
53136481--53136639	57	2.8	57	84	1	221	31	16	8	42	1.79
53140161--53140251	27	3.6	27	64	24	72	48	10	9	30	1.71
53140145--53140269	47	2.7	46	87	4	189	52	11	8	28	1.65
53143476--53143937	47	9.7	47	89	5	644	32	7	30	29	1.85
53143476--53143937	96	4.8	95	89	5	657	32	7	30	29	1.85
53143476--53143937	145	3.2	145	95	1	792	32	7	30	29	1.85
53145867--53146078	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
53146061--53146323	43	6.1	43	95	0	456	13	22	32	31	1.93
53146056--53146323	128	2.1	129	94	0	475	13	22	32	32	1.93
53150016--53150477	47	9.7	47	89	5	644	32	7	30	29	1.85
53150016--53150477	96	4.8	95	89	5	657	32	7	30	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53150016--53150477	145	3.2	145	95	1	792	32	7	30	29	1.85
53152133--53152168	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
53153145--53153368	27	8.3	27	81	3	204	38	20	8	32	1.83
53153319--53153716	80	4.9	80	88	3	512	28	23	8	39	1.84
53153319--53153716	27	14.8	27	85	2	505	28	23	8	39	1.84
53154957--53155004	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
53155047--53155107	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
53155157--53155279	24	5.2	24	95	2	203	30	21	21	26	1.98
53155157--53155279	47	2.6	47	93	2	201	30	21	21	26	1.98
53155491--53155554	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
53157111--53157316	27	7.7	27	84	3	195	41	21	7	29	1.80
53157111--53157315	81	2.5	82	82	5	222	41	21	7	29	1.80
53157274--53158274	27	37.2	27	85	2	1226	36	17	19	26	1.94
53158668--53158727	22	2.7	22	82	5	68	21	23	21	33	1.97
53160120--53160263	51	2.9	49	82	4	173	27	25	20	26	1.99
53162351--53162401	15	3.5	14	77	17	59	62	13	11	11	1.54
53165395--53165535	51	2.8	49	81	4	176	27	26	19	25	1.99
53165395--53165528	49	2.7	49	83	4	171	28	26	19	26	1.99
53167126--53167232	27	4.0	27	80	6	110	18	20	21	39	1.93
53167126--53167232	54	2.0	53	83	5	135	18	20	21	39	1.93
53167372--53167460	37	2.7	31	72	21	81	19	16	14	49	1.80
53167373--53167451	37	2.1	37	90	0	122	20	15	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53167400--53167474	6	12.3	6	73	8	62	20	17	13	49	1.79
53167381--53167464	37	2.3	37	87	0	114	19	17	13	50	1.78
53169431--53169520	27	3.3	26	84	9	110	40	15	11	33	1.83
53169431--53169537	54	2.0	54	80	7	119	38	18	11	31	1.86
53169515--53169576	27	2.3	27	88	0	88	35	29	6	29	1.82
53169526--53169720	27	6.8	27	75	12	120	28	24	8	39	1.84
53169526--53169720	54	3.4	54	72	14	156	28	24	8	39	1.84
53169550--53169631	38	2.2	38	88	0	119	24	29	6	40	1.79
53169588--53169722	27	5.0	27	82	3	164	28	20	8	42	1.82
53169672--53169866	27	7.2	27	79	5	117	38	22	7	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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