genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15801552--15801611	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
15802395--15802476	26	3.2	26	89	0	137	32	8	24	34	1.86
15804262--15804539	134	2.1	136	96	2	517	24	16	25	32	1.96
15808292--15808372	26	3.2	26	91	1	137	33	6	24	35	1.81
15810164--15810440	136	2.0	136	97	0	527	23	17	25	32	1.96
15811235--15811315	18	4.5	18	90	3	119	37	12	11	39	1.78
15811798--15811943	78	1.9	78	92	2	249	33	20	8	36	1.84
15811977--15812179	82	2.5	82	92	0	325	50	16	5	27	1.68
15813580--15813616	9	4.0	9	89	3	56	21	0	10	67	1.21
15817315--15817371	25	2.3	25	81	6	71	52	1	0	45	1.11
15817769--15817836	32	2.1	32	97	0	127	30	19	5	44	1.74
15818676--15818733	30	1.9	30	92	0	98	31	5	10	53	1.57
15818856--15818897	11	3.8	11	93	0	75	66	0	0	33	0.92
15818849--15818895	11	4.2	12	89	8	64	63	0	0	36	0.94
15821928--15822099	43	4.0	43	76	10	154	24	16	26	32	1.96
15821938--15822059	42	2.9	42	80	9	149	22	18	27	31	1.97
15828660--15828880	40	5.6	40	90	2	313	27	23	26	22	1.99
15837665--15837741	38	2.0	38	94	0	136	31	15	10	42	1.81
15844365--15844403	20	2.0	20	85	10	53	61	17	2	17	1.46
15844617--15844664	25	1.9	25	83	8	62	37	2	0	60	1.09
15846112--15846272	34	4.9	34	83	5	186	41	12	13	32	1.82
15846965--15846999	13	2.8	13	86	4	54	62	0	34	2	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15847550--15847656	20	5.8	18	70	22	62	52	3	2	41	1.34
15847550--15847657	37	2.9	36	78	16	107	52	3	2	40	1.33
15850124--15850173	12	4.1	12	72	23	50	48	0	2	50	1.12
15850129--15850169	21	2.0	21	85	4	57	46	0	2	51	1.14
15850243--15850319	37	2.1	37	83	9	95	54	2	2	40	1.28
15853231--15853279	10	4.9	10	80	9	64	67	2	10	20	1.30
15853964--15854142	99	1.8	99	88	0	277	31	26	15	26	1.95
15855351--15855426	10	6.6	11	73	19	50	73	0	3	22	0.99
15855350--15855416	25	2.6	25	88	2	89	73	0	2	23	0.97
15858075--15858139	10	6.3	10	74	13	51	69	4	3	23	1.21
15858501--15858545	19	2.4	19	96	0	81	60	6	6	26	1.47
15860412--15860440	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
15861195--15861226	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15863143--15863175	15	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
15865619--15865646	13	2.2	13	100	0	56	46	14	0	39	1.44
15870304--15870473	41	4.2	40	71	18	134	30	27	21	21	1.98
15872573--15872626	26	2.1	26	82	6	65	38	11	22	27	1.88
15876626--15876676	20	2.5	20	84	6	68	35	0	5	58	1.22
15881795--15881992	98	2.0	98	98	0	378	35	15	18	30	1.92
15887399--15887453	24	2.3	24	76	17	60	41	9	5	43	1.59
15889998--15890037	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
15902637--15902718	39	2.1	40	90	2	130	31	10	18	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15902643--15902739	39	2.5	36	75	21	97	29	12	21	36	1.90
15902698--15902849	78	1.9	78	89	2	234	32	13	21	32	1.92
15905800--15906016	40	5.5	40	92	4	352	25	28	22	23	1.99
15905800--15906016	79	2.7	78	93	3	355	25	28	22	23	1.99
15913763--15913937	40	4.5	40	92	5	279	24	28	22	24	1.99
15913763--15913937	79	2.2	78	90	7	275	24	28	22	24	1.99
15916713--15916918	40	5.2	39	80	5	209	25	25	22	26	2.00
15916713--15916917	79	2.6	79	80	7	220	25	25	22	25	2.00
15924591--15924800	40	5.3	39	84	1	222	26	25	22	25	2.00
15924591--15924796	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
15935090--15935191	50	2.0	50	98	0	195	52	9	10	26	1.67
15944586--15944675	6	14.8	6	69	19	62	50	12	16	21	1.78
15944586--15944644	30	2.0	30	90	6	93	50	11	15	22	1.76
15944793--15944874	27	3.1	27	76	11	80	37	24	21	15	1.93
15945031--15945089	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
15945178--15945256	27	3.0	26	85	7	97	34	21	22	21	1.97
15945458--15945653	27	7.3	27	86	0	230	26	19	19	34	1.96
15945657--15946235	27	21.4	27	85	3	693	40	9	22	27	1.85
15958462--15958506	18	2.5	18	81	0	54	17	24	31	26	1.97
15961050--15961104	10	5.5	10	81	12	60	76	1	0	21	0.88
15964565--15964608	20	2.1	21	88	12	65	45	2	6	45	1.42
15964902--15965091	95	2.0	95	82	8	231	38	8	16	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15972171--15972354	92	2.0	92	95	2	334	40	9	18	31	1.83
15974676--15975218	268	2.0	269	94	0	953	43	12	10	32	1.78
15975185--15975237	24	2.2	24	82	0	61	50	9	7	32	1.62
15975381--15975442	18	3.4	18	68	16	56	22	22	27	27	1.99
15975376--15975448	36	2.0	36	89	0	110	21	20	30	27	1.98
15978668--15978851	40	4.6	39	77	6	147	29	22	25	23	1.99
15982851--15982903	24	2.2	24	86	0	70	50	9	7	32	1.62
15987869--15987978	26	4.2	26	95	0	175	33	5	23	37	1.78
15989418--15989487	25	2.7	25	84	6	77	37	22	10	30	1.87
15989595--15989707	27	4.2	27	86	3	138	15	24	23	36	1.94
15989593--15989707	54	2.1	54	90	3	178	15	24	23	36	1.94
15989769--15989808	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
15995884--15995937	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
16001315--16001378	30	2.1	31	91	2	103	26	3	10	59	1.46
16001503--16001535	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
16010278--16010494	35	6.2	35	86	4	249	35	21	11	31	1.90
16013130--16013155	11	2.4	11	100	0	52	61	7	0	30	1.24
16013424--16013448	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16014787--16014906	37	3.3	34	73	16	98	47	14	14	24	1.80
16015769--16015907	71	2.0	71	85	2	190	43	8	7	40	1.65
16016401--16016437	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
16018816--16018842	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16021891--16022045	42	3.7	42	89	1	204	29	10	19	40	1.86
16021893--16022045	83	1.8	83	85	0	216	28	11	19	40	1.86
16022139--16022182	23	1.9	23	95	0	79	20	15	27	36	1.93
16022137--16022280	62	2.3	62	85	2	191	23	20	25	31	1.98
16022515--16022618	52	2.0	52	100	0	208	42	9	25	23	1.84
16028883--16029249	46	7.8	49	72	15	192	25	28	17	27	1.98
16028877--16029135	96	2.8	97	79	11	256	25	28	18	27	1.98
16033722--16033764	18	2.4	18	88	0	68	41	18	13	25	1.88
16034186--16034281	16	6.2	16	71	8	56	41	0	1	57	1.06
16035630--16035760	47	2.8	47	82	0	163	25	16	27	31	1.96
16037596--16037666	37	1.9	37	94	0	124	38	22	1	38	1.63
16046305--16046353	13	3.8	13	81	2	55	32	0	26	40	1.56
16046752--16046789	12	3.0	13	84	3	51	36	0	0	63	0.95
16046969--16047012	22	2.0	22	82	8	54	68	11	9	11	1.40
16053323--16053354	16	2.0	16	93	0	55	53	3	0	43	1.16
16059019--16059235	40	5.5	40	90	3	316	24	28	23	23	2.00
16061828--16061868	19	2.2	19	100	0	82	14	29	26	29	1.95
16061921--16061974	28	1.9	28	85	7	74	20	42	20	16	1.89
16064491--16064661	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
16064486--16064658	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
16070520--16070583	21	3.1	21	72	4	67	39	17	26	17	1.91
16073831--16073888	21	2.9	21	92	5	93	12	25	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16079874--16080115	122	2.0	122	98	1	468	35	22	11	31	1.89
16086145--16086268	43	2.9	43	89	1	178	21	31	21	25	1.98
16086146--16086309	86	1.9	84	79	10	181	23	30	21	24	1.99
16086194--16086300	43	2.4	46	86	7	134	25	28	20	25	1.99
16093930--16094150	40	5.6	40	90	2	322	20	27	24	27	1.99
16102047--16102072	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
16115560--16115678	49	2.4	49	86	6	161	26	16	31	25	1.97
16123844--16123877	17	2.1	16	88	5	50	14	14	0	70	1.17
16126990--16127065	35	2.1	36	79	11	86	42	5	3	48	1.44
16127859--16127892	17	1.9	18	88	5	52	23	14	0	61	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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