genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57262238--57262386	42	3.5	42	82	8	158	24	18	27	29	1.98
57265254--57265323	24	2.9	24	93	2	113	34	2	35	27	1.72
57266721--57266828	27	4.0	27	78	8	112	16	24	20	38	1.92
57271166--57271230	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
57271336--57271425	27	3.2	28	81	7	112	17	24	24	33	1.96
57271336--57271450	55	2.1	56	83	8	146	17	24	22	35	1.95
57282753--57282849	47	2.1	47	96	0	176	28	20	21	28	1.98
57282732--57282850	24	5.0	24	90	5	179	27	21	21	28	1.99
57282908--57282964	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
57282896--57282966	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
57282901--57282955	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
57284185--57284262	27	2.9	27	79	11	88	21	19	21	37	1.95
57284300--57284518	27	8.0	27	77	6	163	32	9	18	39	1.83
57284393--57284518	54	2.3	54	87	2	182	30	7	19	41	1.80
57284509--57284694	27	6.9	27	88	3	155	40	8	22	29	1.82
57284512--57284694	54	3.4	54	82	6	201	40	8	22	28	1.83
57284510--57284694	81	2.3	81	83	5	214	40	8	22	28	1.82
57284574--57284694	27	4.5	27	90	2	172	39	9	25	25	1.85
57284699--57284788	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
57284683--57284788	54	2.0	53	81	9	126	31	10	19	38	1.86
57284699--57284803	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
57293136--57293170	16	2.2	16	89	0	52	48	17	22	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57294398--57294751	47	7.4	48	93	2	574	28	31	7	32	1.85
57294398--57294751	96	3.7	95	93	3	579	28	31	7	32	1.85
57299567--57300067	255	2.0	256	93	0	851	29	16	31	22	1.96
57305090--57305379	24	12.1	24	97	0	519	36	25	17	20	1.94
57313142--57313427	24	12.1	24	94	3	483	36	25	17	20	1.95
57315407--57315454	23	2.1	23	100	0	96	25	29	16	29	1.97
57316250--57316619	47	7.7	47	95	2	607	29	29	7	32	1.86
57316250--57316619	96	3.9	96	93	3	615	29	29	7	32	1.86
57319907--57320067	40	4.1	40	90	0	252	24	29	21	24	1.99
57320121--57320195	38	2.0	38	84	5	98	24	25	18	32	1.97
57322422--57322886	48	9.8	48	94	3	764	29	29	7	33	1.86
57322422--57322886	97	4.9	97	93	3	777	29	29	7	33	1.86
57326178--57326323	40	3.7	40	95	1	258	23	28	21	25	1.99
57327741--57327841	29	3.5	28	76	8	87	27	33	17	20	1.96
57329558--57329632	38	2.0	38	84	5	98	24	25	18	32	1.97
57337607--57337657	21	2.3	22	83	6	59	15	7	15	60	1.56
57339308--57339349	21	2.0	21	100	0	66	28	19	28	23	1.98
57340127--57340272	27	5.4	27	86	0	202	24	20	18	36	1.95
57347819--57347875	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
57348295--57348443	42	3.5	42	75	11	142	28	18	24	28	1.98
57348339--57348451	43	2.7	42	77	9	122	26	20	24	28	1.99
57368003--57368187	50	3.6	50	80	3	165	24	14	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57368050--57368217	51	3.3	51	81	0	149	25	16	26	31	1.96
57368140--57368269	51	2.5	51	80	2	127	26	15	27	30	1.96
57371635--57371829	49	4.0	48	79	8	221	27	25	19	27	1.99
57378226--57378270	20	2.3	20	92	3	74	48	11	8	31	1.69
57383006--57383064	10	5.8	10	82	4	64	22	23	13	40	1.89
57383004--57383064	20	3.0	20	83	4	77	21	24	13	40	1.88
57383004--57383060	21	2.8	21	86	2	71	21	24	14	40	1.90
57386555--57386624	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57394299--57394368	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57397584--57397653	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57400768--57400858	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
57400767--57400880	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
57401585--57401628	21	2.1	21	100	0	88	65	9	4	20	1.38
57401624--57401658	18	2.1	16	89	10	52	57	0	14	28	1.38
57408577--57408650	29	2.6	29	97	0	139	24	14	32	28	1.95
57408633--57408720	24	3.7	24	96	0	158	19	17	27	36	1.94
57408632--57408745	48	2.4	48	85	2	140	23	16	25	34	1.95
57410523--57410556	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
57413755--57413779	11	2.3	11	100	0	50	36	28	0	36	1.58
57415458--57415495	18	2.0	20	85	10	53	65	7	5	21	1.38
57416346--57416469	44	2.8	44	80	9	146	25	20	26	27	1.99
57418874--57418914	22	1.9	22	95	5	75	19	29	41	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57421567--57421785	40	5.5	40	91	2	336	23	22	28	26	1.99
57426462--57426571	39	2.8	39	88	2	150	22	24	26	26	2.00
57428509--57428599	46	1.9	48	84	4	123	24	31	19	24	1.98
57436057--57436180	47	2.6	49	82	10	141	22	31	19	26	1.98
57436564--57436641	38	2.1	38	87	2	113	28	21	11	38	1.88
57447700--57447881	40	4.6	40	92	2	287	23	26	23	26	2.00
57449624--57449817	39	5.0	39	96	0	343	23	23	28	24	1.99
57458300--57458324	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57459414--57459592	63	2.8	65	79	9	181	23	29	17	29	1.97
57460324--57460384	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57462185--57462302	31	3.5	35	88	11	128	22	23	16	37	1.93
57462208--57462302	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
57462493--57462659	24	7.0	24	93	4	259	25	22	22	29	1.99
57462710--57462769	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
57462812--57462859	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57464071--57464238	54	3.1	54	81	2	149	41	7	19	31	1.80
57464098--57464442	27	12.8	27	87	4	383	41	7	22	29	1.81
57464393--57464589	27	7.3	27	82	2	166	31	9	20	38	1.85
57466963--57467080	31	3.5	35	88	11	128	22	23	16	37	1.93
57466986--57467080	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
57467272--57467414	24	6.0	24	91	5	211	25	22	22	29	1.99
57467271--57467414	47	3.0	47	90	7	211	25	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57467271--57467414	71	2.0	72	89	6	222	25	22	22	29	1.99
57467465--57467524	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
57467567--57467614	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57468850--57469195	27	12.8	27	88	3	401	40	8	22	28	1.82
57469119--57469342	27	8.3	27	84	2	184	32	8	20	37	1.84
57472210--57472315	40	2.7	40	90	0	167	25	27	20	26	1.99
57482463--57482500	17	2.2	17	100	0	76	18	18	34	28	1.95
57482430--57482541	57	2.0	56	91	1	179	22	20	30	26	1.98
57485878--57486251	49	7.8	49	91	3	598	33	8	29	28	1.86
57487629--57488399	384	2.0	384	96	0	1416	33	18	19	28	1.95
57491896--57492003	32	3.4	31	72	10	85	28	25	15	29	1.96
57495478--57495782	49	6.3	49	91	3	474	29	29	8	32	1.87
57495478--57495782	100	3.1	98	91	3	474	29	29	8	32	1.87
57495489--57495782	149	2.0	147	91	1	480	29	29	8	32	1.87
57497376--57497419	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
57503620--57503777	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
57503620--57503807	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
57508869--57509048	48	3.8	48	83	7	204	27	17	28	26	1.98
57514527--57514655	48	2.7	47	81	4	152	30	17	26	25	1.98
57514527--57514675	48	3.1	47	75	12	142	30	17	26	26	1.97
57516022--57516192	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
57516017--57516189	46	3.7	46	80	13	210	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57523564--57523734	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
57523559--57523731	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
57529638--57529744	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
57529752--57529821	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
57536850--57536956	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
57536964--57537033	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
57540629--57540845	46	4.7	46	78	10	203	26	20	31	21	1.98
57540628--57540942	46	6.7	49	74	13	200	25	19	31	23	1.98
57542703--57542831	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
57542738--57542884	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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