genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13473709--13473750	17	2.4	18	84	8	59	45	38	0	16	1.48
13473818--13473852	15	2.3	15	90	9	54	88	2	8	0	0.61
13473848--13473883	16	2.3	16	95	4	65	61	33	0	5	1.19
13473805--13473924	43	2.7	42	74	18	109	72	17	5	4	1.21
13474477--13474507	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
13474752--13474783	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
13476507--13476542	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
13483422--13483843	70	6.2	68	76	12	399	24	14	22	39	1.91
13483564--13483809	121	2.0	124	89	3	383	24	13	22	39	1.90
13483255--13483846	262	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
13483684--13483849	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
13484074--13484218	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
13483914--13484392	165	2.9	166	90	3	707	29	18	20	31	1.96
13484249--13484755	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
13484248--13484965	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
13484607--13484642	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
13483909--13484755	399	2.1	392	80	9	931	29	17	19	33	1.95
13484737--13484798	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
13484388--13484966	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
13485610--13485645	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
13485612--13485645	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
13485641--13485673	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13485595--13485720	57	2.2	57	81	7	139	73	15	5	4	1.19
13489952--13490009	21	2.8	21	86	0	80	31	27	13	27	1.94
13497171--13497212	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13497571--13498234	334	2.0	328	91	2	1078	30	25	15	29	1.96
13530562--13530734	47	3.7	46	78	9	165	26	17	30	24	1.97
13531598--13531724	55	2.3	55	81	0	155	20	22	33	24	1.97
13537441--13537657	47	4.7	46	77	9	201	26	21	28	23	1.99
13537441--13537657	94	2.4	91	83	6	251	26	21	28	23	1.99
13538521--13538647	55	2.3	55	79	2	148	21	22	30	25	1.99
13541536--13541577	18	2.3	18	84	8	50	50	21	2	26	1.61
13542887--13542930	20	2.2	20	87	0	61	36	13	2	47	1.56
13551035--13551135	50	2.0	50	100	0	202	23	15	25	34	1.95
13567037--13567092	26	2.2	26	100	0	112	33	14	33	17	1.90
13572335--13572503	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
13576438--13576535	50	2.0	50	97	0	187	33	11	26	28	1.91
13584846--13584902	6	9.7	6	78	3	53	33	1	3	61	1.23
13589355--13589437	41	2.0	41	92	0	139	28	15	31	24	1.96
13590903--13590945	18	2.4	18	88	0	59	32	9	13	44	1.76
13599185--13599254	31	2.3	31	85	5	88	42	10	17	30	1.81
13599254--13599335	41	2.0	41	97	0	155	31	13	17	37	1.88
13603100--13603132	16	2.0	17	88	5	50	36	9	3	51	1.49
13605535--13605685	53	2.8	53	88	4	205	30	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13613035--13613185	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
13618172--13618202	14	2.2	14	100	0	62	45	29	0	25	1.54
13620931--13621022	10	9.4	9	72	20	53	63	1	4	31	1.21
13622717--13622775	31	1.9	31	96	0	109	27	25	15	32	1.95
13622714--13622785	31	2.3	30	86	6	108	26	25	16	31	1.96
13622813--13622900	42	2.1	42	91	0	140	36	19	13	30	1.90
13623045--13623189	26	5.8	26	86	8	212	26	23	23	26	2.00
13623075--13623164	47	1.9	47	100	0	180	26	24	21	27	1.99
13623050--13623189	73	1.9	72	92	1	235	25	23	23	27	2.00
13623993--13624050	27	2.1	27	93	0	98	18	25	18	36	1.95
13624106--13624362	27	9.4	27	73	9	101	33	10	18	36	1.85
13624103--13624271	54	3.1	52	79	9	135	33	10	17	38	1.84
13624196--13624335	54	2.6	54	84	4	192	31	10	20	38	1.85
13624287--13624446	54	3.0	55	85	1	146	40	9	20	30	1.83
13624314--13624550	27	8.8	27	86	2	298	39	8	24	28	1.83
13624287--13624516	81	2.8	82	84	3	209	40	9	20	29	1.84
13624556--13624654	27	3.6	27	80	9	103	34	11	16	38	1.84
13626881--13626958	31	2.5	31	86	10	115	25	25	17	30	1.97
13626982--13627073	42	2.2	42	90	3	141	35	21	13	29	1.91
13627218--13627336	26	4.8	26	82	11	169	25	23	24	26	2.00
13627223--13627315	47	2.0	46	91	2	150	24	23	24	26	2.00
13628135--13628226	27	3.4	27	87	3	105	19	25	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13628166--13628226	27	2.3	27	97	0	113	16	31	18	34	1.93
13628279--13628561	27	10.4	27	80	3	147	34	10	19	35	1.85
13628367--13628507	54	2.6	54	86	4	203	31	8	21	38	1.84
13628367--13628572	54	3.8	54	81	2	171	35	9	20	34	1.85
13628459--13628687	81	2.9	81	82	5	225	41	9	21	28	1.84
13628485--13628693	27	7.9	27	86	5	257	41	8	23	26	1.83
13628699--13628788	27	3.3	27	81	3	92	32	11	17	38	1.85
13628721--13628797	27	2.8	27	84	5	93	33	11	14	40	1.82
13632328--13632421	32	3.0	32	74	12	97	36	11	23	28	1.90
13635157--13635260	51	2.0	51	98	0	199	44	7	17	30	1.77
13641296--13641348	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
13642859--13642920	32	1.9	32	83	6	81	43	4	17	33	1.71
13643261--13643310	20	2.5	20	83	6	66	26	14	16	44	1.85
13643272--13643315	20	2.4	19	85	11	56	25	15	13	45	1.83
13646846--13646876	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
13646846--13646882	9	4.3	9	86	13	51	37	5	0	56	1.22
13651740--13651876	68	2.0	68	100	0	274	38	20	21	18	1.93
13662568--13662626	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
13662597--13662656	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
13666558--13666597	16	2.5	16	83	0	53	52	0	42	5	1.23
13668109--13668181	33	2.2	33	83	11	89	49	15	6	28	1.70
13671636--13671676	21	2.0	21	90	0	64	39	26	12	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13672259--13672299	19	2.2	19	86	0	55	65	0	14	19	1.26
13673086--13673124	20	1.9	21	89	5	62	43	5	20	30	1.73
13674359--13674462	18	5.8	18	71	14	63	59	0	4	34	1.25
13678404--13678442	21	1.9	20	84	5	51	30	20	30	17	1.96
13679108--13679173	23	2.9	23	72	14	57	72	6	18	3	1.18
13679115--13679189	15	4.9	15	72	9	53	73	4	20	2	1.12
13683283--13683525	40	6.1	40	87	2	301	27	26	21	24	1.99
13683612--13683800	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
13683494--13683832	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
13690696--13690939	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
13691026--13691215	64	3.0	64	59	16	144	34	26	11	28	1.90
13690908--13691354	123	3.8	122	92	5	706	34	25	10	29	1.89
13694865--13694994	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
13694865--13695031	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
13700080--13700321	40	6.1	40	85	4	285	27	26	21	24	1.99
13700408--13700596	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
13700290--13700627	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
13702632--13702660	14	2.1	14	100	0	58	48	13	17	20	1.81
13707494--13707734	40	6.0	40	87	2	297	27	26	20	24	1.99
13707706--13708043	123	2.8	123	94	0	579	33	25	10	30	1.90
13709409--13709445	19	1.9	19	88	0	56	37	2	21	37	1.68
13710019--13710099	7	11.0	7	78	15	65	41	0	1	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13710021--13710097	23	3.4	24	74	17	74	41	0	1	57	1.07
13710907--13711082	70	2.4	74	82	11	191	40	1	19	38	1.62
13713003--13713062	26	2.3	26	88	0	93	41	23	18	16	1.90
13721981--13722023	21	2.0	21	100	0	86	27	30	13	27	1.95
13727599--13727633	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
13734833--13735509	335	2.0	336	97	0	1284	32	17	22	27	1.96
13735834--13735941	26	4.2	26	96	0	198	30	5	26	37	1.79
13737426--13737478	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
13737647--13737671	13	1.9	13	100	0	50	16	8	44	32	1.76
13741311--13742612	94	13.9	94	79	9	1098	31	19	20	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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