genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12489048--12489072	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
12489068--12489120	26	2.0	26	100	0	106	30	7	26	35	1.84
12489070--12489126	26	2.3	24	91	8	89	31	7	28	33	1.84
12497168--12497223	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
12500746--12500821	18	4.3	18	76	3	73	35	17	13	34	1.88
12502086--12502122	8	4.5	8	90	6	56	0	32	0	67	0.91
12502083--12502116	17	2.0	17	100	0	68	0	35	0	64	0.94
12502147--12502193	19	2.5	18	86	6	67	8	14	4	72	1.24
12502356--12502397	20	2.0	22	90	9	70	50	0	0	50	1.00
12514442--12514603	26	6.2	26	96	0	288	37	24	4	33	1.77
12518550--12518586	14	2.6	14	91	0	56	21	24	27	27	1.99
12526560--12526597	14	2.5	15	87	8	51	2	18	0	78	0.86
12530807--12530889	41	2.0	41	97	0	157	13	12	19	55	1.68
12533414--12533508	49	1.9	50	91	2	156	53	11	17	16	1.72
12534348--12534425	37	2.1	39	95	4	142	52	0	5	42	1.23
12534462--12534507	21	2.2	21	84	0	56	19	15	13	52	1.75
12534569--12534606	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
12534986--12535050	20	3.1	20	84	6	76	58	10	12	18	1.62
12535018--12535113	20	4.7	20	73	14	79	57	3	18	20	1.54
12535018--12535127	42	2.6	41	76	12	116	57	5	17	20	1.59
12536581--12536645	20	3.3	19	85	8	85	63	4	12	20	1.46
12536582--12536764	20	9.2	20	68	10	72	56	8	12	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12537101--12537142	18	2.3	18	84	12	50	64	7	14	14	1.48
12537313--12537349	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
12540031--12540069	18	2.2	18	85	0	51	53	0	17	28	1.44
12540074--12540270	3	66.0	3	72	15	99	61	1	7	29	1.32
12540161--12540274	20	5.8	19	71	16	72	62	0	8	28	1.31
12540886--12542064	88	13.4	88	84	3	1295	20	21	21	35	1.96
12541117--12541966	44	19.3	43	63	19	220	20	21	22	35	1.96
12544939--12545046	50	2.1	52	94	3	193	35	5	23	36	1.78
12544939--12545046	26	4.2	26	91	4	175	35	5	23	36	1.78
12546830--12547116	138	2.1	136	97	1	538	24	19	25	31	1.98
12550873--12550980	51	2.1	51	94	3	191	33	4	25	37	1.76
12550873--12550980	25	4.2	26	94	4	184	33	4	25	37	1.76
12552756--12553041	137	2.1	136	98	0	545	24	19	25	31	1.98
12559632--12559675	22	2.0	22	82	8	54	15	22	4	56	1.57
12562639--12562663	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
12576546--12576575	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
12582395--12582433	20	2.0	20	85	5	53	2	38	0	58	1.12
12589689--12589723	18	1.9	18	88	11	54	65	5	2	25	1.28
12590441--12590465	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
12590485--12590538	26	2.0	26	85	7	72	57	0	0	42	0.98
12590495--12590593	31	3.1	31	75	11	85	50	1	1	47	1.14
12594455--12594480	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12599306--12599375	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
12607216--12607285	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
12611464--12611506	14	3.3	14	78	18	56	37	0	4	58	1.19
12611468--12611505	11	3.1	12	79	20	51	36	0	5	57	1.21
12615007--12615062	22	2.4	23	82	8	69	62	3	1	32	1.23
12615008--12615065	24	2.4	25	80	8	75	63	3	1	31	1.21
12615143--12615182	18	2.2	19	86	13	57	57	0	2	40	1.12
12615297--12615375	40	2.0	40	82	7	97	32	6	5	55	1.47
12624795--12624860	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
12625158--12625234	12	6.1	12	70	18	50	70	2	25	1	1.08
12625193--12625253	11	5.4	11	74	12	52	72	0	22	4	1.04
12625190--12625234	22	2.0	22	91	8	74	75	0	24	0	0.80
12625189--12625251	27	2.6	25	85	14	87	71	0	22	6	1.08
12626980--12627008	15	1.9	15	100	0	58	24	6	6	62	1.45
12630654--12630750	44	2.2	43	81	3	104	22	16	26	34	1.95
12630744--12630825	43	1.9	43	87	5	121	30	17	21	30	1.96
12640053--12640155	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
12654025--12654056	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
12657743--12657846	55	1.9	55	87	0	154	26	30	25	17	1.97
12665485--12665655	93	1.8	92	82	6	220	26	20	25	26	1.99
12668312--12668459	39	3.8	38	76	11	147	27	24	27	21	1.99
12668313--12668459	78	1.9	79	84	4	199	27	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12668309--12668500	78	2.4	78	79	5	190	25	23	28	22	2.00
12678645--12678828	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
12682609--12682637	13	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
12683052--12683102	21	2.4	21	87	6	77	31	19	49	0	1.49
12683354--12683420	31	2.2	31	83	5	82	16	7	17	58	1.61
12683474--12683607	43	3.1	40	78	10	124	26	23	22	27	1.99
12683493--12683617	43	2.9	42	83	1	142	27	23	18	31	1.97
12685488--12685543	26	2.2	26	96	0	103	39	17	12	30	1.87
12687718--12687786	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
12691138--12691176	18	2.2	18	95	0	69	61	10	5	23	1.48
12695435--12695476	21	2.0	21	95	0	75	21	33	14	30	1.93
12697316--12697423	54	2.0	55	96	1	200	45	10	17	26	1.80
12699964--12700107	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
12703179--12703230	21	2.7	20	73	11	54	40	15	13	30	1.86
12705964--12706118	83	1.9	83	90	1	247	34	13	27	23	1.93
12707404--12707558	83	1.9	83	91	1	256	34	13	28	23	1.93
12708843--12708996	84	1.9	83	90	2	247	34	13	27	24	1.93
12710282--12710436	83	1.9	83	91	1	256	34	13	28	23	1.93
12711722--12711876	83	1.9	83	90	1	247	34	13	27	23	1.93
12718168--12718200	13	2.3	15	90	10	52	81	0	0	18	0.68
12718511--12718551	13	3.4	13	74	19	52	36	2	0	60	1.10
12718485--12718551	23	3.0	23	88	2	91	37	2	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12721020--12721179	43	3.7	42	78	8	144	21	17	26	33	1.96
12721020--12721136	42	2.7	43	82	8	132	21	17	26	34	1.96
12725324--12725366	9	4.7	9	80	5	50	18	0	34	46	1.50
12725524--12725557	13	2.6	13	95	0	59	14	0	47	38	1.45
12725773--12725808	18	2.0	18	100	0	72	38	22	16	22	1.93
12726174--12726230	30	1.9	30	88	0	87	33	8	24	33	1.86
12726566--12726734	48	3.6	48	79	9	193	28	17	28	25	1.97
12726569--12726928	48	7.6	47	71	9	151	27	17	28	26	1.98
12728921--12729042	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
12729144--12729308	49	3.4	49	94	1	287	29	32	9	29	1.89
12732954--12732991	20	1.9	20	88	0	58	28	23	18	28	1.98
12736231--12736379	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
12736272--12736379	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
12744367--12744514	39	3.8	39	78	9	133	22	27	23	27	1.99
12767342--12767367	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
12770474--12770507	17	2.0	17	100	0	68	52	17	0	29	1.45
12787888--12788044	42	3.7	42	77	5	140	29	16	25	28	1.97
12789052--12789089	8	4.8	8	87	12	60	52	39	0	7	1.31
12790314--12790365	16	3.3	16	78	2	52	53	19	19	7	1.68
12790314--12790364	24	2.1	24	88	0	75	54	19	17	7	1.67
12790587--12790690	29	3.6	29	74	6	95	29	14	30	25	1.95
12792612--12792651	19	2.0	20	85	9	55	32	5	17	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12793356--12793513	27	5.9	27	79	13	132	26	14	20	38	1.91
12793367--12793543	54	3.3	54	80	7	175	24	15	20	39	1.91
12793422--12793536	27	4.3	27	83	7	112	22	14	20	41	1.89
12793367--12793541	81	2.2	81	77	10	180	24	15	20	39	1.91
12802601--12802748	48	3.1	48	89	0	224	38	7	24	29	1.83
12804657--12804775	40	3.0	40	95	1	204	19	23	31	26	1.98
12805058--12805158	29	3.5	28	71	9	87	23	19	26	29	1.98
12805055--12805165	57	1.9	58	89	5	172	23	18	28	28	1.98
12807248--12807682	27	16.2	27	81	3	502	27	21	9	40	1.85
12807687--12807883	27	7.3	27	81	2	198	37	18	18	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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