genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873042--873147	24	4.3	25	73	11	94	33	19	28	18	1.96
873093--873195	24	4.3	24	77	4	100	35	20	27	16	1.94
873179--873266	25	3.5	24	71	18	70	32	19	26	21	1.97
873322--873396	24	3.1	25	72	11	66	37	20	24	18	1.94
873349--873404	24	2.3	24	81	3	58	41	21	21	16	1.90
874218--874257	18	2.2	19	90	4	64	0	30	0	70	0.88
877556--877602	20	2.6	17	78	18	58	31	2	0	65	1.04
877567--877599	10	3.3	10	84	16	50	36	3	0	60	1.12
877671--877699	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
881127--881257	48	2.8	48	86	1	201	32	16	22	29	1.95
881221--881297	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
883855--883900	22	2.2	21	81	14	51	43	8	10	36	1.71
883860--883908	22	2.3	21	83	13	57	40	10	12	36	1.77
887120--887187	34	2.0	34	91	0	109	32	20	30	16	1.94
895895--895958	28	2.2	29	81	10	78	51	6	0	42	1.27
895895--895969	29	2.6	29	77	12	73	52	5	0	42	1.24
895961--895990	15	1.9	16	93	6	53	63	3	0	33	1.11
897344--897632	129	2.2	131	80	7	322	34	21	19	24	1.96
897569--897941	132	2.8	132	80	3	385	32	19	19	28	1.96
902434--902465	15	2.1	16	88	11	50	37	0	0	62	0.95
903635--903714	21	3.8	21	68	14	65	15	28	28	27	1.96
907049--907116	31	2.2	31	86	5	93	47	11	10	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909019--909051	4	8.2	4	93	0	57	69	0	3	27	1.03
909546--909634	21	4.2	21	89	0	106	19	28	33	19	1.96
912470--912579	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
917261--917289	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
921394--921419	11	2.4	11	100	0	52	46	7	7	38	1.61
921415--921466	18	2.9	18	81	13	56	59	3	1	34	1.27
921591--921625	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
938668--938872	38	4.8	43	78	16	214	22	24	16	37	1.94
938712--938868	38	3.9	38	85	12	233	24	24	17	33	1.96
938668--938879	84	2.5	84	92	3	338	23	24	16	36	1.94
940992--941036	11	3.9	11	80	11	54	60	4	0	35	1.17
940989--941068	27	3.0	27	72	18	76	55	5	0	40	1.22
940986--941041	24	2.3	24	84	3	76	57	3	0	39	1.16
942218--942251	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
942803--942843	16	2.7	15	82	17	50	70	0	2	26	0.99
942907--942976	2	36.5	2	74	18	60	57	0	2	40	1.14
943004--943063	3	19.0	3	74	16	50	61	1	1	35	1.16
942927--943057	20	6.6	20	73	20	71	60	0	5	33	1.25
942911--943057	10	14.1	10	68	20	56	59	0	4	35	1.24
942907--943079	17	10.0	16	68	22	61	58	0	4	36	1.21
943001--943084	42	2.1	41	82	12	104	61	1	1	35	1.11
944557--944802	84	3.0	83	87	1	339	26	18	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944557--944823	83	3.2	83	86	1	345	28	18	19	33	1.96
944750--945194	119	3.7	119	94	0	746	31	18	15	34	1.92
956524--956557	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
957307--957366	3	19.0	3	74	16	50	61	1	1	35	1.16
957266--957360	20	4.9	20	74	18	69	60	1	5	33	1.26
957304--957387	42	2.1	41	82	12	104	61	1	1	35	1.11
957288--957445	54	2.9	52	75	16	135	61	1	4	32	1.24
957287--957375	17	5.1	17	74	20	60	60	1	2	35	1.16
957406--957445	21	1.9	21	89	0	62	60	0	7	32	1.25
958557--958593	17	2.0	20	85	15	53	8	10	43	37	1.69
969654--969694	15	2.7	15	82	17	50	29	0	2	68	1.03
969649--969695	16	2.8	17	76	23	55	29	0	2	68	1.02
973057--973107	25	2.0	25	100	0	102	47	0	19	33	1.50
976232--976258	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
978208--978253	21	2.1	22	88	4	67	30	30	30	8	1.87
978747--978780	11	2.8	12	86	13	52	26	0	0	73	0.83
978754--978781	11	2.5	11	100	0	56	25	0	0	75	0.81
978936--978973	19	2.0	20	85	15	53	55	5	5	34	1.45
981098--981139	21	2.1	21	82	8	52	71	0	2	26	0.98
986143--986170	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
991299--991356	29	1.9	31	93	6	102	36	18	6	37	1.78
991327--991370	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
991490--991532	23	1.9	22	85	4	59	16	2	11	69	1.28
992653--992818	79	2.1	79	86	1	226	37	7	32	22	1.83
994228--994257	12	2.5	12	100	0	60	16	23	0	60	1.36
1008982--1009028	20	2.3	20	77	19	53	46	6	0	46	1.28
1013330--1013389	26	2.4	23	77	20	59	53	0	10	36	1.35
1016947--1016990	18	2.5	18	81	3	54	45	0	0	54	0.99
1020255--1020315	2	31.0	2	93	3	106	49	1	0	49	1.10
1029394--1029420	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1029449--1029484	12	3.3	11	88	11	56	61	0	0	38	0.96
1029683--1029713	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
1029775--1029814	12	3.4	12	82	3	55	60	2	0	37	1.11
1031693--1031942	74	3.5	71	81	9	240	30	22	16	31	1.96
1044493--1044525	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1044554--1044589	12	3.3	11	88	11	56	61	0	0	38	0.96
1044788--1044818	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
1044880--1044919	12	3.4	12	82	3	55	60	2	0	37	1.11
1048059--1048104	20	2.2	20	84	3	56	8	10	8	71	1.30
1048679--1048753	31	2.4	31	81	0	96	36	8	6	49	1.59
1053071--1053110	19	2.1	19	100	0	80	50	15	0	35	1.44
1053113--1053179	23	2.9	23	68	16	57	41	19	4	34	1.72
1056506--1056542	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
1058087--1058130	16	2.8	16	86	3	63	31	2	11	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1058081--1058130	15	3.3	15	82	2	64	32	2	14	52	1.53
1075892--1075934	14	3.3	13	81	9	52	53	0	2	44	1.13
1078764--1079049	136	2.1	137	93	0	484	32	24	17	25	1.97
1080815--1080898	26	3.2	26	89	0	141	36	23	4	34	1.76
1090067--1090104	18	2.2	17	90	4	58	52	2	0	44	1.14
1094582--1094853	43	6.3	43	90	1	368	29	29	15	25	1.96
1095086--1095124	19	2.1	18	85	4	51	71	2	0	25	0.98
1099045--1099089	19	2.3	19	84	3	63	17	2	4	75	1.07
1099531--1099569	14	2.8	14	88	0	60	46	30	0	23	1.53
1099734--1099787	15	3.7	15	76	16	51	40	35	1	22	1.65
1099745--1099786	22	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
1099955--1099995	14	2.7	16	81	11	50	14	0	34	51	1.43
1099972--1100001	14	2.2	13	94	5	51	20	0	33	46	1.51
1100091--1100308	41	5.4	41	88	2	298	19	22	22	35	1.96
1100363--1100388	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
1101142--1101172	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
1101644--1101695	20	2.6	20	76	11	61	42	1	0	55	1.10
1101911--1101957	22	2.1	22	84	0	58	17	21	14	46	1.83
1102846--1102981	26	5.2	26	96	0	218	33	5	22	37	1.79
1104596--1104710	27	4.3	26	82	7	131	17	22	22	37	1.94
1104596--1104710	54	2.1	54	87	3	160	17	22	22	37	1.94
1105837--1105896	23	2.7	22	72	20	54	35	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1105827--1105892	31	2.1	31	86	5	89	36	0	3	60	1.12
1113326--1113382	21	2.7	21	94	0	96	38	14	29	17	1.89
1115954--1116291	173	2.0	173	90	1	543	23	19	33	23	1.97
1115954--1116291	43	7.8	43	92	2	525	23	19	33	23	1.97
1116366--1116446	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
1116692--1116737	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
1122357--1122564	9	22.6	9	74	10	125	38	0	12	47	1.48
1122357--1122518	71	2.3	69	84	4	191	38	1	11	48	1.48
1122357--1122563	18	11.7	18	75	11	142	39	0	12	47	1.47
1122333--1122595	114	2.3	114	88	2	368	39	1	12	47	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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