Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  272  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84366837--84366869
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
84370106--84370153
25
1.9
25
82
0
60
56
4
18
20
1.58
84371929--84372006
21
3.6
21
69
16
59
32
11
26
29
1.91
84371916--84372082
45
3.7
45
83
1
210
34
11
23
30
1.90
84372147--84372263
34
3.4
34
82
4
146
41
17
13
28
1.87
84372149--84372291
68
2.1
67
84
3
180
41
16
13
27
1.87
84374891--84374930
20
2.0
20
85
4
55
55
0
2
42
1.13
84375165--84375202
18
2.1
19
85
5
51
36
0
0
63
0.95
84387224--84387265
22
1.9
22
85
9
59
38
2
2
57
1.25
84389310--84389372
31
2.0
32
81
3
74
22
15
28
33
1.95
84390311--84390452
65
2.2
65
82
6
173
42
4
16
36
1.68
84397758--84397811
19
2.8
19
100
0
108
53
5
5
35
1.48
84397848--84397905
27
2.1
27
96
0
107
20
29
39
10
1.86
84397995--84398036
22
1.9
22
90
9
68
69
0
28
2
1.01
84399943--84400003
30
2.0
30
100
0
122
29
9
22
37
1.87
84404729--84404763
12
2.9
12
82
0
52
17
0
5
77
0.96
84404448--84405600
143
8.1
144
85
7
1504
27
5
7
59
1.48
84404446--84405600
283
4.0
289
87
6
1592
27
5
7
59
1.48
84406131--84406193
3
21.3
3
75
15
60
0
39
0
60
0.97
84406138--84406193
22
2.6
21
76
18
60
0
39
0
60
0.97
84406311--84406363
27
2.0
27
100
0
106
7
37
33
20
1.81
84406633--84406706
38
1.9
38
88
0
112
54
1
0
44
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84407568--84407651
44
1.9
44
85
0
114
32
26
7
34
1.83
84409822--84409890
25
2.8
25
78
12
70
27
21
21
28
1.99
84409794--84409889
50
1.9
50
85
4
131
25
23
20
30
1.99
84409792--84409902
50
2.2
50
80
6
127
26
21
21
30
1.98
84409844--84409907
25
2.6
25
80
9
76
28
23
20
28
1.99
84417746--84417839
28
3.4
28
97
2
174
43
6
6
43
1.55
84418419--84418452
16
2.1
16
88
0
50
23
41
0
35
1.55
84419285--84419315
13
2.4
13
94
0
53
32
6
6
54
1.51
84420369--84420434
6
10.5
6
75
6
51
16
1
7
74
1.12
84420364--84420433
24
3.2
21
77
16
70
17
1
7
74
1.11
84422090--84422146
27
2.1
28
93
3
98
43
5
7
43
1.54
84422644--84422678
18
1.9
18
88
0
52
65
2
14
17
1.38
84423574--84423615
10
4.1
10
87
3
57
33
0
19
47
1.49
84427879--84427911
16
2.0
17
94
5
59
45
0
0
54
0.99
84429095--84429124
11
2.8
11
95
5
53
56
0
0
43
0.99
84429108--84429145
20
1.9
20
88
0
58
55
2
5
36
1.37
84429092--84429196
9
11.0
9
69
21
63
61
1
1
34
1.18
84429843--84429935
10
10.1
9
73
15
57
37
1
2
59
1.17
84429843--84429952
18
5.8
18
72
19
82
36
0
1
60
1.13
84429828--84429923
26
3.6
26
81
14
99
32
2
2
63
1.18
84429843--84429957
10
12.0
10
68
25
54
37
0
1
60
1.13
84430197--84430299
9
11.6
9
71
17
65
32
0
4
63
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84430197--84430259
19
3.4
19
76
8
60
31
0
4
63
1.15
84431613--84431654
3
14.0
3
100
0
84
66
0
0
33
0.92
84437458--84437501
17
2.4
19
85
7
56
63
4
2
29
1.26
84438817--84438858
18
2.4
18
88
11
61
45
0
2
52
1.13
84438781--84438858
17
4.6
16
74
16
59
47
1
2
48
1.23
84440051--84440080
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
84441730--84442104
177
2.1
177
90
0
588
26
21
21
30
1.98
84442023--84442358
44
7.6
45
65
17
157
30
21
19
28
1.97
84442008--84442403
133
3.0
132
91
1
630
30
20
18
29
1.97
84453686--84453740
25
2.1
26
83
6
67
65
7
1
25
1.28
84456000--84456044
23
2.0
22
82
4
54
71
0
20
8
1.12
84456493--84456592
37
2.6
37
85
3
119
33
19
6
42
1.75
84456514--84456592
37
2.1
38
92
2
133
35
18
6
39
1.77
84456998--84457022
12
2.1
12
100
0
50
60
16
8
16
1.58
84459258--84459298
21
1.9
22
90
5
66
4
9
2
82
0.89
84459518--84459559
13
3.1
14
82
3
50
66
0
4
28
1.12
84460724--84460753
6
5.0
6
100
0
60
50
16
16
16
1.79
84468324--84468357
4
8.5
4
100
0
68
26
0
23
50
1.50
84472340--84472369
15
2.0
15
93
0
51
73
10
0
16
1.09
84475427--84475628
46
4.9
38
83
13
217
35
16
24
23
1.95
84475505--84475662
46
3.4
47
88
3
232
41
14
23
20
1.89
84475932--84475978
25
2.0
25
83
8
62
53
4
14
27
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84478452--84478491
2
20.5
2
84
5
55
52
5
0
42
1.23
84478452--84478491
16
2.6
16
96
4
73
52
5
0
42
1.23
84484782--84484812
11
2.7
12
95
5
55
67
0
0
32
0.91
84484781--84484818
19
2.0
19
85
10
51
68
0
0
31
0.90
84484902--84484984
34
2.4
34
95
2
148
40
13
1
44
1.51
84488262--84488301
18
2.1
18
86
9
53
52
0
0
47
1.00
84488440--84488465
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
84488683--84488729
19
2.5
19
89
6
69
44
0
0
55
0.99
84488793--84488830
18
2.1
18
90
9
60
42
0
5
52
1.24
84494699--84494750
26
2.0
26
100
0
104
50
7
19
23
1.73
84496770--84496890
38
3.2
37
82
4
145
14
19
26
40
1.89
84496873--84496913
22
1.9
22
90
5
66
17
14
24
43
1.86
84498221--84498277
12
4.5
13
74
14
57
36
0
3
59
1.14
84504246--84504279
12
2.8
12
90
0
50
26
47
20
5
1.73
84509377--84509401
7
3.6
7
100
0
50
72
28
0
0
0.86
84511095--84511133
20
2.0
20
84
0
51
61
2
0
35
1.10
84534451--84534511
26
2.4
23
75
21
59
42
3
0
54
1.17
84536536--84536584
25
2.0
24
92
4
80
55
2
0
42
1.11
84536898--84536951
25
2.2
24
87
6
81
42
0
1
55
1.10
84536934--84536959
12
2.2
12
100
0
52
61
0
0
38
0.96
84537047--84537108
10
6.2
10
71
14
56
33
0
1
64
1.03
84536961--84537104
48
3.0
47
69
17
116
31
2
3
61
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84544199--84544451
107
2.4
107
82
3
280
26
17
30
25
1.98
84559360--84559399
15
2.7
15
92
0
62
17
15
10
57
1.64
84565492--84565525
16
2.2
16
89
5
52
50
14
8
26
1.72
84565730--84565767
18
2.2
17
86
9
51
42
2
18
36
1.64
84569138--84569200
24
2.6
24
100
0
126
34
26
17
20
1.95
84570408--84570437
15
2.0
15
100
0
60
40
6
26
26
1.81
84573811--84573851
16
2.7
15
85
10
57
41
7
0
51
1.30
84581583--84581734
40
3.8
40
80
6
155
23
22
28
25
1.99
84589581--84589733
40
3.8
40
81
4
164
22
23
28
25
2.00
84597709--84597782
27
2.7
27
80
0
85
25
27
9
37
1.87
84597763--84597831
27
2.6
27
88
0
93
20
23
18
37
1.94
84597784--84597858
27
2.8
27
93
0
123
18
18
21
41
1.91
84600447--84600814
46
7.8
46
71
14
204
28
17
29
24
1.98
84600595--84600812
48
4.6
47
79
10
196
27
17
30
24
1.97
84600447--84600815
94
3.9
93
76
9
258
28
17
29
24
1.98
84612519--84612561
18
2.4
18
92
0
68
27
27
23
20
1.99
84618785--84619005
46
4.8
44
73
15
153
28
19
28
24
1.98
84621261--84621419
35
4.5
35
80
3
167
30
8
18
41
1.81
84634690--84634724
17
1.9
19
88
11
56
42
8
0
48
1.33
84634743--84634822
11
7.1
11
69
25
60
33
3
1
61
1.22
84634759--84634826
14
4.6
15
71
20
54
32
1
1
64
1.11
84634900--84634934
17
2.1
17
94
0
61
34
8
0
57
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84634932--84634987
20
2.8
19
80
17
60
37
1
3
57
1.27
84634924--84634988
12
6.2
10
73
19
53
36
1
3
58
1.23
84634930--84634987
21
2.7
21
80
17
66
37
1
3
56
1.26
84638646--84638696
17
2.9
17
72
13
50
70
1
1
25
1.08
84638652--84638743
9
10.3
9
70
19
59
65
3
0
31
1.09
84638654--84638807
27
5.7
27
69
12
77
62
3
1
32
1.22
84638782--84638851
31
2.2
32
82
12
83
64
1
5
28
1.25
84639086--84639169
8
10.0
8
74
13
71
27
3
2
66
1.20
84639077--84639134
18
3.2
18
87
7
73
25
5
1
67
1.21
84639103--84639164
24
2.5
24
94
5
106
27
3
3
66
1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325