Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  2  of  325  ( 38914 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
289370--289448
28
2.8
28
86
0
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11
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1.91
293089--293256
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4.2
40
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28
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1.99
294749--294899
28
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3
140
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19
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1.94
294773--294908
29
4.8
29
74
2
123
18
19
34
27
1.95
294743--294929
57
3.2
57
89
3
268
18
17
34
28
1.94
299860--299938
28
2.8
28
86
0
104
34
11
25
29
1.91
301947--302003
18
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18
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33
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1.9
21
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2
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0
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100
0
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0
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18
51
63
10
0
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1.26
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1.9
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3
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2.7
260
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3
900
29
15
18
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322206--322375
58
2.9
58
78
9
191
34
14
24
27
1.94
323191--323229
16
2.4
17
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8
62
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10
20
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2.2
16
100
0
70
11
11
22
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0
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2.3
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100
0
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0
0
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2
0
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3.1
17
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21
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1
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1.18
326472--326550
31
2.6
31
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6
81
34
17
11
36
1.86
331394--331470
22
3.6
21
65
18
52
49
5
5
40
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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19
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0
0
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2
15.0
2
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0
51
46
0
3
50
1.18
333184--333253
36
2.0
35
91
2
113
40
2
20
37
1.67
335186--335245
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
335668--335796
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2.8
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206
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20
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340404--340500
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2.3
43
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146
7
26
7
58
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132
2.0
131
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370
35
19
16
29
1.93
354747--355249
130
3.7
130
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422
35
19
15
29
1.93
354749--355249
274
1.9
264
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9
600
35
19
15
28
1.93
365327--365357
14
2.2
14
100
0
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6
19
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371152--371194
18
2.4
17
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11
50
46
6
4
41
1.51
378571--378603
15
2.2
15
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10
50
51
18
30
0
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2.6
31
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4
90
32
20
22
25
1.98
388927--388972
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
388934--388978
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
392571--392826
87
2.9
87
85
3
336
24
12
16
46
1.81
401759--401821
25
2.5
25
78
2
63
61
4
6
26
1.40
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32
2.0
32
100
0
130
55
15
0
29
1.41
418126--418177
25
2.0
28
85
11
74
46
1
3
48
1.31
424341--424407
25
2.6
27
72
15
70
28
22
16
32
1.95
431829--431932
34
3.2
34
68
18
112
43
11
9
35
1.74
431813--431914
29
3.3
29
68
17
89
47
10
7
34
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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63
2.0
63
100
0
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11
9
37
1.73
433978--434070
47
2.0
46
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2
159
47
18
6
27
1.73
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31
2.1
31
85
5
85
20
7
18
53
1.69
437606--437666
31
2.0
31
93
0
104
16
6
21
55
1.63
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2.4
24
78
5
68
26
1
24
47
1.61
440974--441407
176
2.5
175
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1
602
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19
12
22
1.85
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18
2.2
17
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4
67
31
5
0
63
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175
4.1
175
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2
909
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20
12
22
1.86
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175
3.1
175
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43
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12
23
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175
4.1
173
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3
898
43
20
12
22
1.85
449510--450047
175
3.1
175
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4
687
43
20
12
23
1.85
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175
4.1
173
85
3
898
43
20
12
22
1.85
451716--452253
175
3.1
175
85
4
687
43
20
12
23
1.85
452730--453445
175
4.1
173
84
3
851
43
19
12
23
1.85
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20
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20
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0
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61
4
2
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0
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99
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2.0
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0
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2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
465327--465353
2
13.5
2
100
0
54
51
0
48
0
1.00
468889--469417
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4.5
114
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10
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52
12
12
22
1.73
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204
3.5
203
86
2
949
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11
15
18
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11
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12
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31
0
0
68
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24
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1
5
54
1.35
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18
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4
55
40
0
5
55
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0
50
58
0
2
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19
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19
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12
72
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6
2
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1.38
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2.2
35
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44
13
14
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70
95
0
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6
1
39
1.36
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2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
486194--486236
20
2.2
20
95
0
77
48
11
13
25
1.77
488547--488575
2
15.0
2
92
7
51
51
0
0
48
1.00
491526--491568
14
3.2
14
74
12
54
58
0
2
39
1.11
495188--495344
85
1.9
83
80
7
183
36
5
10
47
1.61
495258--495438
82
2.2
83
75
8
181
37
8
13
40
1.75
496681--496723
21
2.0
21
100
0
86
25
9
9
55
1.61
497502--497608
52
2.1
52
89
1
162
42
24
11
22
1.86
498084--498129
23
2.0
24
83
8
60
54
0
4
41
1.20
499757--499816
31
2.1
29
81
12
70
43
1
5
50
1.34
505253--505736
257
1.9
257
93
0
835
37
18
15
27
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
509779--509820
15
2.8
16
85
10
61
0
26
0
73
0.83
509779--509843
15
4.5
14
79
9
51
4
16
0
78
0.91
509779--509818
5
8.0
5
86
10
55
0
25
0
75
0.81
509797--509844
9
5.1
9
89
2
51
6
10
0
83
0.81
513625--513666
22
1.9
23
85
9
61
38
7
7
47
1.58
522587--522617
15
2.1
15
93
0
53
41
16
6
35
1.74
525267--525346
39
2.1
39
90
4
126
20
3
43
32
1.69
525414--525443
3
10.0
3
100
0
60
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0
66
0
0.92
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29
2.0
29
100
0
114
42
15
10
31
1.81
536478--536506
13
2.3
13
94
5
51
24
0
6
68
1.13
550697--550756
31
1.9
31
83
6
77
23
8
11
56
1.61
551391--551419
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
552345--552405
31
2.0
31
90
0
95
44
13
11
31
1.79
552747--552787
20
2.0
21
85
4
57
58
0
0
41
0.98
552950--552987
2
19.0
2
89
10
60
47
0
2
50
1.15
556430--556458
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
556767--556811
2
22.5
2
100
0
90
51
0
0
48
1.00
559888--560158
137
2.0
137
97
0
515
20
18
22
38
1.93
562653--562711
27
2.2
27
87
0
82
49
23
1
25
1.60
563512--563561
24
2.1
24
92
0
82
12
14
28
46
1.79
564955--565010
28
2.0
28
100
0
112
35
21
3
39
1.71
569727--569937
113
1.9
112
95
1
386
39
15
24
21
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
571979--572025
23
2.0
23
100
0
94
55
12
4
27
1.56
578628--578665
18
2.2
17
95
4
67
31
21
21
26
1.98
583723--583968
119
2.1
119
100
0
492
45
19
10
24
1.81
583960--584020
13
4.7
13
83
0
86
29
6
27
36
1.82
583960--584020
26
2.3
26
88
0
104
29
6
27
36
1.82
584979--585050
25
2.8
25
76
17
76
36
1
1
61
1.14
584976--585016
21
1.9
22
85
5
57
31
0
0
68
0.90
588416--588473
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2.1
27
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6
82
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10
0
24
1.23
597462--597500
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3.0
13
100
0
78
53
0
15
30
1.42
608434--608489
28
2.0
28
85
0
76
42
3
14
39
1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325