genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58714915--58715153	47	5.1	47	89	2	329	34	12	28	24	1.92
58715126--58715456	48	6.9	48	93	0	522	34	7	29	29	1.84
58715304--58715384	28	3.2	28	60	26	70	35	8	29	25	1.86
58715597--58715699	37	2.8	37	93	0	170	24	20	30	25	1.99
58723794--58723836	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
58723857--58723934	34	2.3	34	82	8	97	26	21	21	29	1.99
58728109--58728140	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
58735167--58735198	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
58736514--58736543	9	3.4	9	90	9	53	56	43	0	0	0.99
58739462--58739668	67	3.2	65	78	10	183	23	28	15	31	1.96
58744655--58744715	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
58749029--58749165	38	3.6	37	84	4	148	33	27	20	18	1.96
58754099--58754171	33	2.2	33	95	0	128	24	13	20	41	1.89
58754986--58755061	26	3.0	24	77	21	75	50	0	1	48	1.09
58755010--58755058	11	4.1	11	78	17	53	51	0	2	46	1.12
58754985--58755065	11	6.7	11	72	26	51	49	0	1	49	1.08
58754985--58755065	25	3.3	24	80	11	85	49	0	1	49	1.08
58758184--58758293	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
58758184--58758333	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
58761388--58761495	26	4.2	26	89	2	164	36	24	7	32	1.83
58771538--58771709	46	3.7	46	72	10	161	24	22	25	27	1.99
58773394--58773420	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58774526--58774632	42	2.5	41	83	7	124	24	17	26	31	1.97
58774497--58774632	44	3.2	43	81	6	134	25	16	25	32	1.96
58777256--58777531	27	9.8	27	76	11	169	28	22	8	40	1.83
58777362--58777441	38	2.1	37	86	6	115	25	28	7	38	1.83
58777302--58777522	119	1.9	120	85	0	309	28	20	8	42	1.81
58777257--58777531	146	1.9	146	86	0	397	29	22	8	40	1.83
58777403--58777558	81	1.9	81	80	0	177	33	19	8	38	1.82
58777524--58777656	54	2.5	53	80	9	153	42	21	6	30	1.78
58777525--58777675	81	1.9	81	88	2	232	43	21	7	28	1.79
58777519--58777739	27	8.1	27	77	6	122	40	19	8	31	1.81
58777792--58777884	27	3.4	27	85	2	116	36	19	24	19	1.95
58779045--58779092	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
58779136--58779179	20	2.2	20	91	0	70	31	11	25	31	1.91
58779226--58779418	25	8.0	24	85	6	225	27	20	23	28	1.99
58779226--58779389	48	3.4	49	89	5	237	26	20	23	29	1.99
58779225--58779416	73	2.7	72	80	11	223	27	20	23	28	1.99
58779610--58779673	31	2.1	31	90	0	101	39	15	20	25	1.92
58782478--58782639	52	3.1	52	81	5	184	29	24	8	37	1.84
58782505--58782772	27	9.8	27	78	14	212	29	23	7	39	1.82
58782505--58782644	26	5.4	25	87	6	165	27	24	7	40	1.81
58782554--58782728	89	2.0	88	85	5	237	28	24	6	40	1.80
58782603--58782676	37	2.0	36	89	2	112	25	32	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58782580--58782700	62	2.0	61	86	6	172	28	28	4	38	1.77
58782643--58782772	52	2.5	53	83	2	163	30	23	7	39	1.82
58782751--58782887	27	5.2	27	80	10	149	41	22	6	29	1.79
58782765--58782913	27	5.7	27	82	7	150	43	21	6	28	1.78
58782765--58782941	80	2.2	79	80	11	193	43	20	6	29	1.77
58782925--58782976	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
58783029--58783120	27	3.4	27	85	5	116	35	19	25	19	1.95
58783041--58783121	26	3.1	26	87	7	110	32	20	25	20	1.98
58784273--58784320	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
58784367--58784422	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
58784357--58784422	20	3.3	20	93	2	116	34	12	19	33	1.89
58784357--58784441	40	2.3	38	86	11	115	34	11	21	32	1.89
58784487--58784649	22	7.0	23	86	11	219	28	22	22	26	1.99
58784488--58784621	47	2.9	46	93	4	220	26	22	23	27	1.99
58784840--58784903	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
58786933--58787035	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
58795012--58795114	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
58801094--58801442	49	7.1	49	97	0	626	32	8	28	30	1.86
58801513--58801599	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
58805939--58806011	26	2.8	26	93	0	128	24	21	26	27	2.00
58806057--58806096	20	2.1	19	90	9	64	35	22	10	32	1.87
58814121--58814187	9	6.6	11	77	16	74	32	19	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58814121--58814176	20	2.8	20	100	0	112	33	19	10	35	1.87
58819444--58819501	10	5.7	10	78	13	57	22	1	18	56	1.50
58819446--58819502	23	2.7	21	84	10	73	22	1	17	57	1.49
58819444--58819502	9	5.9	9	78	18	55	22	1	18	57	1.49
58833287--58833341	25	2.3	24	93	6	94	32	9	14	43	1.77
58837084--58837153	27	2.6	27	90	2	104	30	27	14	28	1.95
58844736--58844801	24	2.6	25	90	7	98	28	27	15	28	1.96
58846812--58846938	62	2.0	64	96	3	240	22	27	28	21	1.99
58854335--58854412	34	2.3	33	82	4	93	29	24	24	21	1.99
58855853--58855912	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
58860465--58860615	43	3.5	42	78	8	126	24	17	23	33	1.96
58860478--58860622	42	3.4	42	76	10	134	24	19	24	32	1.97
58861675--58861790	58	2.0	58	98	0	223	20	21	29	28	1.98
58868073--58868166	49	1.9	49	95	0	170	35	9	27	27	1.88
58870005--58870029	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
58874281--58874411	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
58874281--58874411	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
58877788--58877875	45	2.0	45	88	0	131	37	22	12	27	1.90
58879928--58880045	40	3.0	40	83	3	166	34	17	29	17	1.94
58887164--58887347	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58887204--58887392	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58895278--58895461	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58895318--58895506	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58902718--58902901	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58902758--58902946	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58912292--58912462	45	3.7	45	76	14	172	26	18	29	24	1.98
58918976--58919109	48	2.9	45	81	8	137	26	17	29	25	1.98
58920549--58920625	38	2.0	38	97	0	145	19	10	27	42	1.83
58925895--58925957	3	21.3	3	96	3	119	33	0	0	66	0.92
58934261--58934501	47	5.1	47	94	0	410	33	12	28	26	1.92
58934706--58934818	37	3.1	37	94	0	190	21	19	31	27	1.97
58935723--58935777	23	2.5	22	82	8	60	63	7	0	29	1.21
58935984--58936029	15	2.9	15	83	6	56	65	0	6	28	1.17
58936022--58936092	15	4.9	14	73	19	56	64	1	8	25	1.30
58945603--58945632	8	3.8	8	95	0	51	23	30	40	6	1.80
58945881--58945932	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58945948--58946010	33	1.9	32	87	3	90	23	23	15	36	1.94
58945973--58946031	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
58953388--58953415	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
58953412--58953471	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
58957045--58957113	20	3.4	20	80	9	77	11	24	20	43	1.85
58957044--58957105	21	3.0	21	77	13	74	11	25	20	41	1.86
58966446--58966509	30	2.1	31	88	2	94	34	9	21	34	1.86
58967263--58967384	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58967363--58967559	54	3.6	54	82	4	227	37	18	23	20	1.94
58967374--58967559	55	3.5	53	82	5	203	36	18	24	20	1.95
58973566--58974025	49	9.4	49	95	0	785	28	8	33	29	1.87
58974127--58974211	37	2.3	37	95	0	152	24	21	34	20	1.97
58976251--58976439	29	6.5	29	95	0	333	25	15	32	25	1.95
58979692--58980151	49	9.4	49	95	0	785	28	9	33	29	1.88
58980253--58980337	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
58984208--58984328	47	2.6	47	95	0	215	35	14	24	25	1.93
58984308--58984504	55	3.6	54	80	8	213	36	18	23	21	1.95
58990077--58990346	48	5.6	48	80	10	227	28	29	16	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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