genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29062005--29062050	19	2.3	20	85	3	58	45	17	13	23	1.83
29062034--29062071	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
29073063--29073166	42	2.5	42	85	1	120	33	25	13	26	1.93
29078256--29078549	38	7.0	38	71	18	201	30	25	14	29	1.95
29078271--29078469	85	2.3	85	94	0	353	30	26	14	28	1.95
29078303--29078512	47	4.6	47	79	11	258	31	24	15	29	1.95
29078381--29078519	48	2.9	48	86	1	199	31	23	15	30	1.95
29079211--29079237	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
29089324--29089539	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
29089274--29089539	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
29094570--29094690	38	2.9	40	85	12	156	38	16	24	20	1.93
29094615--29094739	46	2.7	46	87	2	162	41	16	23	19	1.90
29105706--29105731	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
29109840--29110069	50	4.6	50	82	4	250	29	26	18	24	1.98
29112930--29112984	26	2.1	27	80	16	62	32	12	9	45	1.74
29117314--29117493	51	3.6	50	80	6	188	30	26	19	24	1.98
29121575--29121693	42	2.8	42	84	0	139	31	24	16	26	1.96
29145335--29145478	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
29145336--29145518	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
29153405--29153548	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
29153406--29153588	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
29161931--29162556	48	13.0	48	93	0	1036	37	6	25	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29162686--29162836	37	4.1	37	93	1	250	24	17	31	26	1.97
29163828--29163875	23	2.1	23	92	0	78	33	2	25	39	1.67
29163834--29163887	23	2.3	23	83	0	63	33	7	24	35	1.83
29169913--29170051	42	3.2	41	77	7	125	28	18	25	28	1.98
29169972--29170061	43	2.1	42	80	10	94	27	22	26	23	1.99
29173837--29173866	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
29174083--29174207	39	3.2	38	82	5	142	23	27	20	29	1.98
29178655--29178811	43	3.7	42	73	9	122	26	15	23	34	1.95
29183094--29183207	35	3.3	35	84	9	151	28	9	19	42	1.83
29191683--29191712	12	2.5	12	94	0	51	13	30	33	23	1.93
29192652--29192744	24	3.8	24	69	18	66	30	19	24	25	1.98
29208492--29208654	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	35	1.94
29223341--29223394	27	2.0	27	96	0	99	9	29	12	48	1.73
29231470--29231506	13	2.8	13	87	0	56	10	27	43	18	1.83
29240010--29240079	25	2.7	26	82	8	81	31	14	25	28	1.95
29243455--29243720	133	2.0	133	97	0	505	31	18	21	28	1.97
29247825--29247927	25	4.2	24	73	13	84	33	13	27	25	1.93
29247836--29247927	23	3.7	26	79	11	86	30	15	27	27	1.96
29251747--29251810	32	2.0	32	100	0	128	59	18	3	18	1.51
29255986--29256301	46	6.8	46	73	12	238	24	31	18	25	1.98
29255986--29256342	46	7.7	46	73	12	218	23	30	19	26	1.98
29255988--29256342	139	2.5	138	77	11	334	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29271417--29271766	46	7.5	46	72	13	204	24	31	17	27	1.97
29271406--29271766	94	3.9	93	75	14	309	24	31	17	26	1.97
29273519--29273549	14	2.1	15	94	5	55	35	3	0	61	1.12
29273760--29273800	21	2.0	21	85	0	55	48	9	14	26	1.75
29274618--29274651	13	2.6	13	95	0	59	32	0	20	47	1.51
29282495--29282595	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
29282524--29282599	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
29290358--29290458	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
29290387--29290462	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
29293639--29293825	48	3.9	48	87	1	259	28	17	24	29	1.97
29293772--29293888	42	2.8	42	76	2	110	27	17	24	30	1.97
29297456--29297525	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
29299335--29299518	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29299375--29299563	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29307450--29307633	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29307490--29307678	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29311964--29312081	42	2.8	42	79	2	130	28	12	24	33	1.92
29313233--29313290	24	2.4	24	80	11	64	25	20	22	31	1.98
29313253--29313315	25	2.5	24	84	5	72	25	23	23	26	2.00
29313518--29313723	27	7.6	27	90	1	297	24	21	18	35	1.96
29313737--29313890	54	2.9	54	78	1	148	31	8	20	39	1.82
29313737--29313890	27	5.7	27	78	0	128	31	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29313879--29314160	27	10.4	27	90	0	393	40	8	21	28	1.83
29317506--29317556	25	2.0	25	100	0	102	31	11	3	52	1.56
29329644--29329716	36	2.0	36	94	0	128	35	9	20	34	1.85
29331593--29331713	49	2.5	49	85	8	149	30	17	27	24	1.97
29332958--29332997	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
29336434--29336661	40	5.7	40	90	3	361	24	21	27	26	1.99
29336434--29336694	120	2.2	119	87	4	375	25	21	27	26	1.99
29336841--29336868	14	2.0	14	100	0	56	14	14	28	42	1.84
29342189--29342349	44	3.5	48	78	8	181	27	20	28	23	1.99
29345434--29345487	13	4.2	13	76	11	58	16	0	33	50	1.46
29345466--29345506	16	2.8	15	85	10	50	24	0	29	46	1.53
29345522--29345709	64	2.9	65	76	17	178	44	1	11	43	1.48
29345545--29345709	65	2.6	64	84	4	224	44	1	10	44	1.46
29345735--29345993	127	2.1	125	87	2	367	38	15	18	27	1.91
29348999--29349158	40	4.0	40	79	6	180	26	20	26	26	1.99
29351346--29351497	39	3.9	39	92	0	241	24	22	30	22	1.99
29360329--29360492	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
29372474--29372631	68	2.3	71	77	8	164	34	15	29	20	1.94
29386640--29386670	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
29387713--29387764	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
29391001--29391063	31	2.0	30	82	17	76	52	7	17	22	1.70
29392388--29392485	34	2.9	35	74	10	96	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29395132--29395157	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
29397910--29397941	10	3.2	10	90	0	55	25	0	21	53	1.46
29397958--29397983	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29398716--29398768	20	2.5	21	78	6	63	41	18	16	22	1.90
29401953--29401999	22	2.1	22	100	0	94	25	21	21	31	1.98
29403863--29403922	30	2.0	29	90	3	93	50	8	3	38	1.49
29408762--29408814	23	2.2	26	77	16	60	9	16	1	71	1.21
29409415--29409470	21	2.7	21	80	5	60	17	32	28	21	1.96
29415582--29415630	19	2.6	19	81	12	57	8	16	2	73	1.16
29418261--29418491	40	5.7	40	79	5	187	29	20	20	29	1.98
29418413--29418498	43	2.0	43	83	0	109	29	20	24	25	1.99
29419085--29419152	30	2.3	30	100	0	136	25	0	20	54	1.45
29427307--29427345	18	2.2	18	86	9	53	23	2	2	71	1.10
29428395--29428543	3	52.0	3	74	15	93	23	6	2	67	1.26
29428520--29428553	16	2.0	18	88	11	54	23	5	11	58	1.55
29434407--29434557	39	3.8	39	88	0	212	23	29	21	25	1.99
29434388--29434557	78	2.2	79	90	1	261	23	28	21	25	1.99
29439835--29439899	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
29439972--29440192	39	5.6	39	89	2	284	19	21	28	30	1.97
29444386--29444435	25	2.0	25	100	0	100	36	32	12	20	1.89
29445221--29445279	30	2.0	30	86	0	82	28	25	6	38	1.81
29450138--29450490	67	5.4	64	85	5	334	23	29	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29450180--29450419	131	1.8	131	84	5	331	22	29	15	32	1.94
29450983--29451043	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
29455031--29455078	26	1.9	25	83	8	62	10	12	2	75	1.14
29456814--29457034	112	2.0	112	95	1	399	28	17	20	33	1.95
29457434--29457493	29	2.1	29	90	0	93	25	33	8	33	1.86
29457918--29457959	10	4.2	10	80	20	52	28	0	2	69	1.01
29457916--29457965	19	2.6	19	72	12	57	34	2	2	62	1.18
29458074--29458102	13	2.2	13	100	0	58	17	6	13	62	1.52
29460478--29460577	42	2.4	42	80	8	105	50	0	18	32	1.47
29460478--29460540	21	3.0	21	83	9	74	52	0	15	31	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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