genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26806430--26806467	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
26810854--26810909	25	2.2	25	81	6	69	32	26	16	25	1.96
26815025--26815049	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26816146--26816302	42	3.7	42	76	10	160	25	19	24	31	1.98
26820227--26820398	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26820220--26820395	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26827779--26827950	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26827772--26827947	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26846028--26846155	42	3.0	42	82	2	148	32	24	12	30	1.92
26853556--26853676	43	2.9	42	81	2	143	30	25	14	29	1.94
26861832--26861893	30	2.1	30	87	0	88	51	0	29	19	1.47
26861935--26861971	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
26862021--26862055	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
26870894--26870931	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26871416--26871492	19	4.1	19	78	11	86	53	1	5	40	1.32
26878575--26878622	22	2.2	22	81	7	53	22	31	20	25	1.98
26880405--26880521	51	2.3	51	91	2	182	33	27	17	22	1.96
26885406--26885458	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
26886944--26887051	26	4.2	26	95	0	180	36	23	7	33	1.83
26898045--26898320	96	2.9	96	80	1	329	23	27	21	27	1.99
26898051--26898332	48	5.9	48	77	1	242	24	28	20	26	1.99
26900700--26900773	37	2.0	37	84	7	96	35	24	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26901659--26901698	20	2.0	20	100	0	80	70	5	0	25	1.08
26904772--26905033	46	5.6	46	77	9	214	27	16	31	24	1.96
26904769--26905033	92	2.9	90	81	10	279	27	16	31	24	1.97
26904819--26905129	46	6.6	48	74	16	176	27	16	30	24	1.97
26914711--26914847	39	3.5	39	81	2	168	28	21	23	27	1.99
26915666--26916026	46	7.7	45	73	11	223	27	17	30	24	1.97
26915752--26916027	146	1.9	140	82	5	338	27	18	31	23	1.97
26915851--26916024	49	3.6	47	80	6	154	26	18	31	24	1.98
26922121--26922167	21	2.2	21	81	11	60	21	10	6	61	1.50
26922543--26922616	35	2.1	35	87	5	105	29	20	29	20	1.97
26922672--26922736	33	2.0	32	85	11	89	13	7	13	64	1.48
26926800--26926834	17	2.1	17	89	10	54	54	0	2	42	1.15
26930410--26930535	55	2.3	55	83	2	155	29	30	16	23	1.96
26931300--26931515	48	4.6	47	77	10	201	22	29	21	26	1.99
26931300--26931570	141	1.9	141	83	8	347	23	29	19	27	1.98
26936946--26937190	40	6.1	40	90	2	343	26	27	22	22	1.99
26940656--26940746	37	2.4	37	92	1	155	25	31	17	25	1.97
26940842--26941108	49	5.5	49	91	3	391	29	31	8	29	1.88
26946856--26947059	79	2.6	80	92	2	331	25	27	23	22	1.99
26946856--26947059	40	5.1	40	92	2	322	25	27	23	22	1.99
26953749--26953798	20	2.5	21	78	12	61	46	0	2	52	1.12
26953750--26953799	18	2.5	20	78	9	59	46	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26954688--26954737	23	2.2	23	82	7	57	34	10	32	24	1.88
26956394--26956420	6	4.5	6	100	0	54	33	14	33	18	1.92
26958095--26958140	15	3.2	15	81	6	51	36	4	0	58	1.18
26960943--26961052	40	2.8	40	87	0	148	21	29	22	26	1.99
26960945--26961095	40	3.8	40	80	3	115	22	26	22	28	1.99
26964958--26965119	43	3.8	43	73	6	166	32	23	15	29	1.95
26965579--26965619	20	2.0	20	100	0	82	19	21	0	58	1.39
26967535--26967581	23	2.1	22	84	11	60	31	19	4	44	1.70
26967787--26967933	57	2.6	58	81	8	176	31	22	18	27	1.97
26976298--26976376	31	2.5	31	95	0	140	27	26	17	27	1.98
26976400--26976491	42	2.2	42	92	3	150	38	21	11	28	1.89
26976636--26976784	26	5.8	26	91	0	230	28	22	22	26	1.99
26976837--26976909	20	3.8	20	89	8	107	34	19	9	36	1.84
26976851--26976889	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
26976936--26976983	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
26977607--26977670	27	2.4	27	84	5	76	23	23	15	37	1.93
26977811--26978018	27	7.8	27	77	5	199	28	9	22	39	1.85
26977812--26978017	79	2.6	81	83	3	238	28	9	22	39	1.85
26977701--26978113	27	15.3	27	76	7	133	31	9	21	37	1.86
26977814--26978059	133	1.8	133	79	1	287	30	9	22	37	1.86
26978011--26978300	27	10.7	27	90	0	373	39	9	22	28	1.85
26984077--26984261	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26984070--26984261	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
26992085--26992269	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
26992078--26992269	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
26995954--26995986	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27003841--27003925	27	3.2	27	77	1	73	35	28	11	24	1.91
27009317--27009370	21	2.5	22	87	3	74	20	31	29	18	1.96
27010400--27010436	18	2.1	18	100	0	74	43	18	16	21	1.88
27010729--27010868	57	2.5	57	82	4	158	29	22	17	31	1.96
27028388--27028420	15	2.2	15	89	10	50	57	0	30	12	1.35
27031408--27031574	43	3.9	43	79	6	187	34	25	13	26	1.93
27046405--27046483	39	2.0	40	80	11	92	32	2	3	60	1.28
27052268--27052406	40	3.5	40	84	4	158	25	30	20	24	1.99
27058798--27058917	37	3.3	37	94	3	208	21	33	19	25	1.97
27059019--27059282	49	5.4	49	97	0	438	28	32	9	29	1.88
27063193--27063328	40	3.4	39	86	7	168	25	30	20	24	1.99
27075666--27075832	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
27075682--27075832	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
27077027--27077134	56	1.9	56	83	7	139	28	16	18	36	1.93
27087798--27087980	39	4.6	39	83	9	212	24	21	28	25	1.99
27087794--27087978	79	2.4	79	83	9	227	25	21	28	25	1.99
27098443--27098536	43	2.2	43	86	0	125	34	23	15	26	1.95
27106335--27106522	40	4.7	40	89	1	261	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27106315--27106526	80	2.7	79	87	3	300	27	27	20	23	1.99
27111709--27111778	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
27119625--27119694	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
27122911--27123024	43	2.7	42	77	11	133	30	16	23	28	1.96
27132687--27132773	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
27132665--27132776	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
27140458--27140544	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
27140436--27140547	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
27149554--27149633	30	2.7	29	84	3	106	30	16	26	27	1.97
27149556--27149665	29	3.8	29	80	3	123	30	14	26	29	1.95
27160038--27160107	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
27163993--27164044	27	1.9	27	88	7	79	21	23	23	32	1.98
27169849--27169876	9	3.1	9	100	0	56	35	10	21	32	1.88
27175450--27175523	28	2.6	28	87	4	105	31	14	22	31	1.94
27184183--27184232	21	2.4	21	93	0	82	26	26	26	22	2.00
27184773--27184807	17	2.1	17	100	0	70	54	17	17	11	1.71
27194932--27195008	39	2.0	40	86	2	111	19	15	32	32	1.93
27199106--27199153	23	2.0	24	96	4	89	43	8	12	35	1.73
27205481--27205624	75	1.9	75	86	0	207	34	19	20	25	1.96
27205568--27205657	34	2.6	35	85	5	112	31	24	21	23	1.98
27211844--27211871	13	2.2	13	100	0	56	32	21	32	14	1.93
27213653--27213679	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220850--27220894	22	2.0	22	95	0	81	42	11	26	20	1.85
27223255--27223364	7	16.1	7	94	3	190	14	12	0	72	1.12
27225841--27225919	42	1.9	41	92	5	133	21	11	2	64	1.38
27225847--27225941	42	2.3	41	85	7	131	17	9	4	68	1.33
27230317--27230543	120	1.9	120	81	7	273	36	18	16	27	1.93
27231216--27231295	40	2.0	38	83	9	97	52	6	7	33	1.55
27234538--27234744	75	2.8	75	89	2	301	27	15	22	35	1.94
27239480--27239548	30	2.3	30	89	0	102	30	26	4	39	1.75
27240688--27240712	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27244608--27244645	18	2.1	18	90	0	58	28	18	10	42	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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