genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50198468--50198492	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
50198608--50198706	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
50202573--50202721	79	1.9	80	83	6	196	24	28	21	26	1.99
50202533--50202724	40	4.8	39	73	8	145	23	27	23	25	2.00
50203866--50203900	11	3.0	12	83	8	54	20	42	0	37	1.52
50203861--50203896	11	3.2	11	84	7	54	22	47	0	30	1.52
50205407--50205480	28	2.6	28	89	4	105	28	13	25	32	1.94
50209716--50209780	32	2.0	32	93	0	112	47	15	9	27	1.76
50216898--50216938	21	2.0	20	95	4	73	43	19	0	36	1.51
50220959--50221009	10	5.3	10	77	13	54	50	0	11	37	1.39
50221934--50222050	56	2.1	56	91	3	191	28	16	23	32	1.96
50229563--50229741	80	2.2	81	86	3	245	25	25	22	26	2.00
50229563--50229742	40	4.5	40	82	4	195	26	25	22	26	2.00
50232859--50233018	43	3.7	42	74	9	126	28	25	18	28	1.98
50232911--50233018	44	2.5	42	79	10	121	30	25	17	25	1.97
50238822--50238865	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
50239350--50239382	16	2.0	17	94	5	59	39	0	6	54	1.25
50243607--50243798	40	4.7	40	86	6	278	27	27	21	23	1.99
50243577--50243798	83	2.8	80	84	5	281	26	26	22	24	2.00
50249242--50249280	17	2.3	17	95	0	69	28	33	7	30	1.85
50251733--50251964	49	4.7	49	87	4	304	28	28	18	25	1.98
50251733--50251957	99	2.3	100	86	3	303	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50258674--50258765	34	2.8	34	80	3	89	26	22	23	27	2.00
50259680--50259728	23	2.1	23	88	0	71	42	24	18	14	1.87
50262321--50262390	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
50262321--50262402	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
50267325--50267401	23	3.3	23	81	0	100	49	22	12	15	1.78
50272367--50272551	40	4.6	40	79	5	171	23	27	23	26	2.00
50276623--50276764	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
50276662--50276790	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
50284605--50284771	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
50295686--50295869	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
50295726--50295914	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
50303648--50303831	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
50303688--50303876	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
50331722--50331850	40	3.2	39	83	6	143	24	22	27	24	2.00
50338851--50339112	49	5.3	49	95	0	470	27	9	33	29	1.88
50339223--50339374	37	4.1	37	95	0	277	28	19	30	22	1.98
50349119--50349287	43	4.0	42	74	7	144	30	27	17	24	1.97
50352720--50352752	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
50355596--50355739	40	3.6	39	84	1	153	23	27	22	25	2.00
50355628--50355783	40	3.9	41	84	6	158	22	26	22	28	1.99
50365121--50365437	46	6.7	49	72	14	165	24	28	18	28	1.98
50369998--50370188	40	4.8	39	77	7	163	24	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50369997--50370181	79	2.3	82	82	7	220	24	23	27	24	2.00
50371691--50371821	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
50371691--50371879	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
50378324--50378481	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
50378324--50378511	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
50386391--50386548	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
50386391--50386578	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
50393333--50393470	39	3.5	38	82	3	150	25	23	28	22	1.99
50401309--50401466	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
50401309--50401496	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
50408286--50408423	39	3.5	38	82	3	150	25	23	28	22	1.99
50412112--50412200	27	3.3	26	78	4	88	35	16	20	26	1.94
50412337--50412453	27	4.4	26	77	7	110	23	21	18	36	1.95
50424185--50424286	29	3.6	29	80	4	100	20	16	33	29	1.95
50428045--50428094	25	2.0	25	96	0	91	32	14	28	26	1.94
50430925--50431010	37	2.3	37	87	0	118	38	22	2	37	1.67
50446781--50446879	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
50449752--50449821	26	2.7	26	93	0	122	34	5	25	34	1.80
50451281--50451356	26	2.8	26	80	7	82	36	21	13	28	1.91
50453544--50453688	40	3.6	40	80	9	170	27	27	20	24	1.99
50468729--50468876	40	3.7	40	90	5	212	22	26	29	21	1.99
50468685--50468908	40	5.6	39	81	6	175	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50468686--50468917	80	2.9	77	77	9	209	24	24	28	22	2.00
50468769--50468948	80	2.2	80	81	1	191	21	26	29	22	1.99
50481689--50481907	24	9.1	24	96	0	384	36	25	17	20	1.94
50489589--50489854	48	5.6	48	87	3	367	26	28	18	26	1.98
50495781--50495909	42	3.0	44	83	5	156	24	18	27	28	1.98
50500598--50500764	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
50508612--50508779	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
50514424--50514543	42	2.8	44	81	5	129	25	20	28	25	1.99
50517016--50517171	42	3.7	42	81	5	163	27	21	17	33	1.96
50521949--50521987	12	3.4	11	82	10	51	71	12	0	15	1.14
50522812--50522841	10	3.0	10	95	0	51	26	0	3	70	1.03
50525558--50525831	48	6.4	40	77	14	182	31	14	24	29	1.95
50525589--50525798	48	4.6	48	82	12	271	31	16	23	28	1.96
50525634--50525833	85	2.3	86	91	0	321	31	16	24	28	1.96
50529090--50529134	15	2.9	15	86	3	63	20	15	13	51	1.76
50531876--50532061	48	3.9	48	87	1	250	33	13	22	30	1.93
50534380--50534461	42	2.0	42	97	0	155	37	25	13	23	1.91
50543243--50543415	43	4.0	44	79	12	198	24	17	25	32	1.97
50543251--50543396	44	3.4	42	84	8	170	23	17	25	32	1.97
50543243--50543397	42	3.6	43	81	10	174	24	17	25	32	1.96
50557152--50557335	40	4.7	40	82	8	225	25	27	21	25	1.99
50557154--50557335	78	2.3	81	83	6	230	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50562508--50562626	43	2.8	43	79	12	136	33	27	17	21	1.96
50566516--50566723	40	5.2	40	83	0	209	25	23	25	25	2.00
50566517--50566723	80	2.6	80	83	4	247	25	23	26	25	2.00
50570956--50570986	11	2.7	11	95	5	53	38	25	0	35	1.56
50575245--50575282	19	2.0	19	94	0	67	47	13	0	39	1.42
50576431--50576551	56	2.2	56	90	0	188	29	14	22	33	1.93
50578968--50579143	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
50578965--50579135	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
50582092--50582160	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
50582083--50582170	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
50584533--50584708	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
50584530--50584700	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
50590838--50590980	39	3.7	38	85	3	187	24	22	28	24	1.99
50590838--50590987	77	1.9	78	83	4	196	25	22	28	24	1.99
50598548--50598679	29	4.6	29	86	0	165	25	15	34	25	1.95
50606562--50606693	29	4.6	29	86	0	165	25	15	34	25	1.95
50609022--50609075	27	2.0	27	92	0	90	46	12	7	33	1.70
50621832--50621857	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
50628187--50628238	23	2.3	23	78	18	63	53	1	7	36	1.41
50628520--50628568	25	2.0	25	95	0	89	32	12	10	44	1.75
50630985--50631023	15	2.7	15	88	4	53	53	0	0	46	1.00
50637772--50637863	40	2.3	40	96	1	166	30	10	9	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50638416--50638478	30	2.1	30	91	5	101	28	4	7	58	1.47
50644549--50644612	32	2.0	32	100	0	128	31	28	9	31	1.88
50647251--50647311	31	2.0	31	96	0	113	4	16	26	52	1.64
50647566--50647612	11	4.3	11	86	0	58	21	0	8	70	1.14
50648052--50648096	23	1.9	23	81	4	54	35	4	2	57	1.31
50648752--50648795	21	2.1	21	86	0	61	70	0	0	29	0.88
50653428--50653481	28	1.9	28	85	7	74	24	20	14	40	1.90
50656846--50657005	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
50664931--50665090	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
50668450--50668622	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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