genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23731718--23731806	44	2.0	44	97	0	169	26	17	10	44	1.81
23743930--23743964	17	2.1	17	100	0	70	40	11	0	48	1.39
23751407--23751614	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
23751433--23751614	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
23759434--23759641	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
23759460--23759641	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
23763676--23763882	40	5.2	40	90	2	303	23	21	28	26	1.99
23771739--23771945	40	5.2	40	88	2	285	23	21	28	26	1.99
23775980--23776048	15	4.7	15	75	8	61	62	18	8	10	1.52
23783262--23783318	28	2.0	28	93	0	96	28	10	21	40	1.86
23785924--23785976	21	2.6	21	79	8	56	45	15	3	35	1.64
23788870--23788896	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
23790905--23790937	15	2.2	15	100	0	66	27	6	18	48	1.71
23797547--23797751	47	4.4	47	89	0	311	28	29	9	32	1.88
23797725--23797860	48	2.8	48	95	2	236	34	25	6	33	1.82
23797575--23797860	94	3.0	95	83	9	302	30	28	8	32	1.87
23800880--23800943	29	2.2	29	94	0	110	15	34	34	15	1.90
23803427--23803484	22	2.7	22	81	2	64	1	12	18	67	1.31
23807933--23808271	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
23808240--23808483	40	6.1	40	87	1	292	24	21	26	27	1.99
23810423--23810453	15	2.1	15	93	0	53	16	0	32	51	1.44
23810947--23811009	27	2.3	27	83	0	72	36	6	19	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23811251--23811489	49	4.8	49	79	5	246	25	18	25	29	1.98
23811353--23811436	28	3.2	27	65	25	72	25	16	29	28	1.97
23811251--23811531	150	1.9	150	83	4	370	27	18	25	28	1.98
23818993--23819025	16	2.1	16	94	5	59	51	9	0	39	1.34
23819797--23819845	20	2.5	20	72	0	53	71	6	2	20	1.18
23822910--23823087	46	3.8	46	78	4	205	29	28	20	21	1.98
23822918--23823088	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	21	1.98
23825512--23825536	12	2.1	12	100	0	50	32	8	36	24	1.84
23826333--23826370	16	2.3	16	95	4	67	18	13	26	42	1.87
23829599--23829643	18	2.7	16	86	10	63	37	2	4	55	1.32
23829814--23829888	31	2.5	30	85	6	116	34	1	0	64	1.02
23829852--23829888	18	2.0	18	89	5	56	37	0	0	62	0.96
23836579--23836635	15	3.7	15	83	4	51	64	17	8	8	1.46
23836588--23836631	16	2.8	16	89	3	72	63	18	6	11	1.48
23837409--23837469	17	3.8	17	76	18	51	37	6	1	54	1.37
23838126--23838718	296	2.0	296	97	0	1132	29	22	15	32	1.95
23841472--23841501	14	2.1	14	93	0	51	36	13	3	46	1.60
23849826--23850787	75	12.5	75	86	6	1166	31	17	18	32	1.94
23851014--23851098	29	2.8	31	80	7	95	36	24	0	38	1.56
23851306--23851361	15	3.7	15	83	6	51	64	17	8	8	1.48
23851315--23851358	16	2.8	16	89	3	72	63	18	6	11	1.48
23851892--23851925	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23852824--23853419	296	2.0	296	97	0	1120	29	21	15	32	1.95
23855182--23855450	46	5.7	46	75	13	180	23	30	18	27	1.98
23860802--23860930	50	2.7	46	80	9	125	40	6	10	42	1.65
23867020--23867064	22	2.0	22	100	0	90	33	22	26	17	1.96
23869407--23869454	24	2.0	25	83	4	62	25	14	20	39	1.91
23870930--23871012	26	3.2	26	93	3	141	37	24	4	33	1.77
23875135--23875186	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
23876663--23876745	26	3.2	26	96	1	150	37	25	3	33	1.73
23879784--23879828	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
23879877--23879947	19	3.6	19	76	22	67	42	4	2	50	1.36
23879981--23880043	10	6.0	10	80	9	63	23	0	4	71	1.05
23879994--23880031	12	3.2	12	89	10	53	18	0	2	78	0.86
23879982--23880044	22	3.0	20	80	11	72	23	0	6	69	1.11
23881887--23881956	33	2.1	33	97	0	131	50	14	5	30	1.66
23883467--23883501	16	2.2	16	100	0	70	45	25	5	22	1.74
23883933--23883972	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
23885366--23885416	13	3.8	13	78	14	59	39	0	3	56	1.18
23887426--23887474	17	2.9	17	96	0	89	26	34	20	18	1.95
23893472--23893583	6	18.3	6	78	14	113	49	16	16	17	1.81
23893472--23893593	31	4.0	31	85	7	160	49	15	17	18	1.80
23893743--23893844	27	3.8	26	83	5	114	37	20	22	19	1.95
23894003--23894067	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23894521--23894950	27	15.9	27	87	1	533	25	19	20	35	1.95
23894963--23895159	27	7.3	27	81	5	211	41	7	22	28	1.80
23894967--23895148	80	2.3	80	89	0	247	41	6	22	30	1.78
23894963--23895179	81	2.7	80	86	0	281	40	6	21	30	1.80
23895238--23895418	27	6.7	27	83	1	220	30	7	20	40	1.81
23895211--23895418	81	2.6	81	84	5	260	30	7	20	41	1.79
23896247--23896950	362	1.9	362	93	1	1205	36	16	21	25	1.94
23910257--23910306	23	2.3	22	79	6	57	34	6	8	52	1.55
23910714--23910749	17	2.1	18	90	10	58	75	5	13	5	1.17
23915762--23916019	47	5.5	46	75	18	198	28	20	29	21	1.98
23915762--23916019	140	1.8	140	86	4	378	28	20	29	21	1.98
23915803--23916023	47	4.7	47	83	8	247	27	20	30	21	1.98
23918958--23919106	42	3.5	42	80	5	149	28	25	14	30	1.95
23925477--23925626	42	3.5	42	83	7	187	29	26	14	30	1.95
23926387--23926466	38	2.1	38	95	2	144	26	11	27	35	1.90
23927617--23927645	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23931052--23931093	17	2.5	17	81	18	52	38	2	4	54	1.34
23936801--23936930	30	4.4	30	86	8	169	28	25	13	32	1.94
23936801--23936930	58	2.2	58	86	4	172	28	25	13	32	1.94
23942634--23942672	14	2.8	14	88	0	51	41	5	17	35	1.72
23942646--23942673	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
23942781--23942820	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23942776--23942820	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
23942859--23942894	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
23951210--23951360	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
23959223--23959389	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
23963346--23963379	14	2.4	14	85	0	50	50	11	0	38	1.39
23963556--23963586	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
23965773--23966005	48	4.9	48	83	1	263	27	29	17	25	1.98
23967439--23967851	137	3.0	137	97	0	754	31	18	20	29	1.96
23983274--23983609	48	7.0	48	78	9	274	27	28	16	26	1.97
23983276--23983608	144	2.3	144	79	8	345	27	28	17	26	1.97
23983276--23983610	96	3.5	96	76	5	343	28	28	17	26	1.97
23987467--23987506	21	1.9	21	85	10	55	42	2	2	52	1.28
23988333--23988372	18	2.1	20	86	9	57	60	2	15	22	1.47
23988371--23988554	96	1.9	97	85	7	259	51	7	22	19	1.72
23989009--23989038	14	2.1	14	93	0	51	56	16	0	26	1.40
23992490--23992554	33	2.0	33	88	11	98	40	21	13	24	1.90
23998138--23998345	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
23998140--23998345	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
23999829--23999955	41	3.1	42	83	3	159	35	24	18	22	1.95
24001965--24002000	12	3.0	12	91	0	63	47	0	25	27	1.52
24002527--24002597	34	2.1	34	97	0	133	50	5	0	43	1.25
24007993--24008177	40	4.6	39	89	5	239	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24007993--24008177	79	2.3	81	85	7	245	24	20	27	27	1.99
24007993--24008209	79	2.7	79	79	12	225	25	20	27	26	1.99
24013151--24013190	20	2.0	21	85	14	57	47	17	0	35	1.48
24013922--24013960	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
24017527--24017560	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24027401--24027457	13	4.4	13	76	13	55	73	7	1	17	1.14
24039580--24039627	23	2.1	23	100	0	96	33	16	8	41	1.78
24045142--24045237	48	2.0	48	100	0	192	43	16	6	33	1.73
24055555--24055614	29	2.1	30	87	6	88	26	0	6	66	1.16
24061206--24061262	3	19.0	3	82	13	73	35	0	1	63	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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